七夕の短冊に願いを書くと何でも叶うと勘違いしたピポパたちは、早速七夕サイトに行って、短冊にいろんな願い事を書くのだが......？

機能停止した『サメの巣』も、今やネットゴーストの遊び場になっていた。そこを舞台に、再びビボバたちがピポパたちに挑戦！　果たして今回のバトルは！？

夏休み。ひかるは、両親と一緒に海に行く約束を楽しみにしていた。しかし、二人とも忙しくて約束を忘れそうだ。ネットダイブしたひかるは、両親のパソコンにメッセージを残すのだが･･････。

ネットダイブした勇太たちは、ひかるの祖父・祖父江博士のパソコンの中に遊びに行く。すると、そこにはヘンなネットゴースト・プリリンが住んでいた。

ネットダイブのプログラムを完成させた守。これで勇太に会いに行ける。早速ネットダイブする守だが、実はそのプログラムは不完全なものだった･･････！

上舞市は恒例の花火大会で盛り上がっていた。そんな折、カズシゲは、ひょんなことから勇太とひかると一緒に、ネット世界にネットダイブしてしまう！

謎の衝撃波によりバラバラになってしまった勇太たち。みんなを探す勇太とピットは、不思議なネットゴーストと出会う。自分の名前も知らないその子は、何故か勇太たちにくっついてきて･･････。

ネット世界をさ迷うヒカルとパットは、ネットクエイクにより機能停止したゴミ処理場サイトを発見。早速修理に向かうが、そこにはやたらと生意気なネットゴースト・エコロンがいた。

ポエムサイトに辿り着いたカズシゲは、ネットゴーストのビボバたちと出会う。両者はすっかり意気投合。カズシゲのアドバイスを元に、ビボバはピポパたちに勝負を挑む！

ようやく再会を果たした勇太たち。しかし、そこにネットヴィーナスが現れ、いきなりプーを襲ってきた！　「この子はネット世界の魔女よ」　一体プーにどんな秘密が？

プーはどこかに連れ去られてしまった。ピットはネット世界を探し回るが、手掛かりすら見つからない。困った勇太たちは、ネットに詳しい祖父江博士に相談することに・・・。

ついに発動する『セイレーン・プログラム』。ネット世界に危機が迫まっていた！　勇太とピットは、囚われているプーを救い出そうと、ＤＦ社のサイトに潜入するのだが・・・・・・。

勇太とピポパは、プーを連れて、ＤＦ社の追手からネット世界を逃げ回る。しかし、プーのせいでネット世界がおかしくなったと怒るネットゴーストたちは、誰もピポパを助けてくれない。そこへ、新たな追手が迫ってきた！