コピーセイレーンに追われる勇太たちを、トラベンたちネットゴーストが助けてくれた。みんなの優しい気持ちが嬉しい勇太たち。そして、プーの中に眠っていた『ある秘密』が、ついに目覚める･･････。

ネットダイブが出来なくなった勇太は、ピポパたちのいない普通の生活に戻っていた。でも思い出すのは、ピポパたちとのネット世界での冒険ばかり。それは、勇太と会えなくなったピポパたちも同じだった･･･。

ディバインたちが、ネット世界で新たな暗躍を開始する。０１コンパスという羅針盤を使って、ネット世界に隠された『あるもの』を捜し集めているのだ。それは、伝説のプログラム『オリハルコン』に繋がるヒントの欠片だった。

ディバインの企みを知った勇太たち。ディバインより先に『オリハルコン』のヒントの欠片を見つけなくちゃ。でも、どうやって？　その時ひかるに名案が浮かぶ。「ネット世界を守る、ネット探偵団の結成よ！」

ディバインの意識の中で、守は葛藤していた。勇太たちの敵となってネット世界を危機に陥れる･･････でも、本当にこれがオレの望んでいたことなのか？　さらに守は思い出す。あの『運命の出会い』のことを。

今日はバレンタインデー。誰にチョコをあげようかと考えるエリコ先生は、何故か相沢の顔を思い浮かべる。同じ頃、久しぶりに休日となった相沢も、エリコ先生のことを思い出していた。

ヒントの欠片の影響で、花梨がネット世界にダイブしてしまう。初めて見る不思議な世界に、花梨は「夢を見ている」と勘違い。いろんなサイトで楽しく遊びまわる花梨を、急いで追いかける勇太とピポパたちだが･･･。

宿題で自分たちが赤ん坊だった頃を調べることになった勇太たちは、早速『赤ちゃんサイト』へネットダイブ。だが、オリハルコンの欠片の力のせいで、何とみんな赤ん坊に変身してしまった！

ディバインの集めるオリハルコンの欠片も、残すは勇太の持つ欠片だけとなった。そんな折、上舞市の河川を管理する『ダムサイト』がランガとフランソワに襲われる。しかし、それは勇太を誘き出すディバインの罠だった！

情報管理局の相沢によって、携帯電話を取り上げられて、ドリームフューチャー社に軟禁されてしまう勇太たち。これではネットダイブできない。その頃、オリハルコンの欠片を全て手に入れたディバインは、次なる行動を開始していた。

次元の扉を開くため、ネット世界の崩壊を目論むディバイン。それを止められるのは、勇太たちネットチャイルドとピポパたちしかいない！　みんな揃ってネットダイブする勇太たち。ディバインの手からネット世界を守るために！

ついに次元の扉は開かれた！　そこで、オリハルコンと対峙する勇太とピポパ。果たしてサンクチュアリとは？　オリハルコンとは？　ドクターフォレストの野望とは？　勇太と守の運命は？　ネット世界の未来は？　すべての謎が今解き明かされる！！！