クロナとの共同戦線でギリコを止めようとするマカ。だが突如、一切動けなくなってしまう事態に。なんと彼女の体に無数の"糸"が絡み付き、動きを封じ込めてしまったのだ。一方、独自にゴーレム騒動の原因を調べるシュタインは、800年前、レーフ村を中心に起きた集団幻視事件、そしてその背後に潜む異端の魔女・アラクネの存在を突き止める。そのレーフ村では、マカ達を救うべく、デスサイズスの一人・ジャスティンが姿を現していた･･･。

復活した巨大組織アラクノフォビア。彼らが、その昔歴史に名を馳せた"大魔導師エイボン"の技術を使い、魔道具「道徳操作機」を開発しているという。早速シド・ナイグス・梓たちが動き出し、ブラック☆スターもマカ達の仇を討つべく秘密裏にその研究施設へと向かうが、彼の前には、魔女アンジェラの庇護を条件に、アラクネ達へ力を貸すことになった用心棒・ミフネが立ち塞がった･･･。

何故こんなことになってしまったのだろう･･･。
テレビを見ていた時？あの野良犬に触った時？
･･････わからない。
でもある瞬間から娘は変わってしまった、まるで何者かに体を乗っ取られてしまったかのようにすっかり別人に･･･。
そして今日娘は私の元を去った－「隙があるから入り込むのよ、蛇も蜘蛛もね」という言葉を残して･･･。
――あの滅びし希代の魔女・メデューサが今ここに蘇る！

レールのない砂漠の上を、100年間一度も停まらず走り続けているという伝説の暴走特急。その動力である魔道具をアラクノフォビアが狙っているという情報を受け、回収に向かったキッド一行。しかし一足早くそこにはアラクノフォビアの刺客・フィッシャーキングとメデューサ一味の一人・ミズネがいて･･･。砂漠の中、暴走列車を舞台に三つ巴の魔道具争奪戦が始まった！

死武専に仮入学中のクロナ。まだぎこちなさは残るが、マカ・ソウルをはじめ、周囲の者たちがパーティーを開いたりと積極的にクロナと関わることで、ようやく周りに笑顔を見せ始める。だが、そこへ忍び寄るメデューサの影。彼女はクロナに死武専へのスパイと、シュタインの現パートナー・マリーに盗聴器を仕掛けることを持ちかけた･･･。

ある日ある時死武専に、一人の職人がおりました。彼は一見どこにでもいる普通の少年。でも、ただ一つ他とは違うところが･･･彼は並外れた「へっぽこ」職人だったのです！いつもみんなにパシらされる日々。どうしても断れない自分にすっかり嫌気がさした彼は、ある日一冊の文献を見て決意します･･･「自分を変えるため、僕は絶対に聖剣を手に入れる！！！」と。――己を変えたい少年・ヒーロの野望が、今死武専に大嵐を巻き起こす！

アラクノフォビアへの"対抗授業"の一環として、"チームでの魂共鳴＝共鳴連鎖"を練習するマカ組・ブラック☆スター組・キッド組。だが、彼らの魂はなかなか共鳴しない。ブラック☆スターの波長が先行し過ぎて、周りが追いつかないのだ。焦りにより「みんなに合わせろ」と責めるマカに、強くなることへの苛立ちから「クソみたいな馴れ合いはゴメンだ」と返してしまうブラック☆スター。二人の間には不穏な空気が流れ、ついにマカはブラック☆スターを殴ってしまう。

大魔道士エイボンの最高傑作・魔道具"BREW"。「波乱」の名を持つその魔道具を巡り、ロスト島にて死武専とアラクノフォビアが激突した。各所でジャスティンとギリコ、シドとミフネらが死闘を繰り広げる一方、シュタインとマリーはBREWを獲得すべく、島の中心部にある特殊な磁場の嵐の中へ突入する。磁場の中にいられる限界は２０分。だが約束の時間になっても彼らは戻らない。様子を見るべく磁場の中へ入るマカ・ブラック☆スター・キッド達だったが、そこには今までとは違う世界が広がっていた･･･。

混戦極めるＢＲＥＷ争奪戦。磁場内の世界で、マカ達はマリーと、狂気に囚われて苦しむシュタインを発見する。彼らに代わり、ＢＲＥＷを見つけようとするマカ達だったが、一足早くＢＲＥＷを持ち出したアラクネの執事・モスキートと遭遇、戦闘になる。だが、時を遡り、「一番硬かった」時代の身体を取り戻したモスキートの猛攻の前に、マカ達の攻撃は全く歯が立たない。勝機が見えない状況の中、ソウルの耳に再び、あの小鬼の声が聞こえ始める･･･。

黒血の力を借りた７人の「共鳴連鎖」が始まった！ソウルのピアノに合わせ、威力の増大した技を次々とモスキートに炸裂させるブラック☆スターとキッド。その圧倒的な攻撃はモスキートを確実に追い詰め、破壊していく。そして最後、マカの"魔女狩り"は新たなる姿へと変わり･･････。果たしてＢＲＥＷは誰のものになるのか？！激闘のＢＲＥＷ争奪戦、ここに完結！

BREW争奪戦後の死武専。マカは死神様に、戦いの最中で出した"魔人狩り"について尋ね、そこで自分の母親が持っていたという力"退魔の波長"を知る。一方、なんの説明もなく魔道具回収を進める死神様に不信の感情が拭えないキッド。一体、父上は何を考えているのか？大魔導師エイボンと父上の関係は？？その謎を解明すべく、キッドは独自に調査を開始するのだが･･･。

死武専に現れた一人の男―死武専技術開発部顧問Ｂ・Ｊ（ぶっ叩きジョー）。その男に死神様は、魔道具を使ったある計画を秘密裏に遂行するよう申し伝える。一方、鬼神戦以降の度重なる敗北の数々に、ブラック☆スターの焦りと苛立ちは極限にあった。「神を超えるべき自分が何故負ける？！」―思い余った彼が取った行動は、なんと神であるキッドに決闘を挑む事だった･･･。