魔女アラクネが鬼神・阿修羅と接触した。彼女は阿修羅に「死神を倒すため共に手を携えよう」と言葉巧みに誘惑する。その頃死武専では、いつもの様に優しく接してくるマカ達の笑顔に、日に日に罪悪感を募らせるクロナの姿があった。母か友か、裏切りか贖罪か―そしてついにクロナは･･･。

突如死武専に投降してきた魔女メデューサ。その行動は、クロナを想うマカや狂気感染が進んだシュタインに大きな衝撃を与える。メデューサは言う―「私は取り引きに来たの」。魔道具ＢＲＥＷと引き換えに、死神様との直接対談を果たしたメデューサはその取引内容―鬼神・阿修羅の居場所の情報提供と自らの保身の確約を持ちかける。時同じく、アラクノフォビアにて阿修羅に取り付けられた「狂気増幅装置」が発動。世界中にその強力な狂気の波長が蔓延する。

突如消えたシュタイン。彼の前には数々の、奇妙で異様な世界が繰り広げられる。番犬のデスサイズ、自らを誘う謎の少女、そして屋根より飛び降りようとするマリー。これは夢か現（うつつ）か幻か―帰るべき場所へ戻るため、出口を求めて扉を開け続けるシュタインだったが、彼を取り巻く不思議な世界は尽きない。やがて彼の前に、一人の少年が現れる。

アラクノフォビアの居城ババ・ヤガーへの死武専総攻撃が始まった。だが、マカの心は晴れない。死武専、引いては大人達の真意がわからないのだ。死武専のやっている事は正しい、だがどうしても、クロナやメデューサに対する死武専の対応は納得いかない！･･･そんな彼女の元へ、なんとクロナがマリーと共に死武専を出て行ったとの情報が入る。このまま自分はクロナやシュタイン博士を放っておいてよいのか･･･迷いに迷ったマカは、進撃への道すがら、遂にある一つの決断を下す･･･。

死神様の命により、鬼神掃討作戦から外れて "魔道具"回収に向かったキッド一行。向かった先は「石棺」と呼ばれる謎のエリア。ある日突然暮らしていた人間が全て消え、原因究明に向かった者達も誰一人戻らなかったという死の村だ。人間が入れないエリアなため、リズとパティを外に置き、一人魔道具が眠る遺跡へ向かうキッド。予想に反し、いとも容易く魔道具を手に入れるが、その瞬間遺跡内がサーカスの如く変化し、魔道具を守る敵・ピエロが現れた･･･。

死武専を出たクロナとマリー。行き先はシュタインを連れ去ったメデューサのアジトだ。裏切った者と裏切られた者の二人旅。その心情は複雑だ。アジトにて早速メデューサの急襲を受けるクロナ達。だが「もう友達を裏切りたくない」というクロナの固い決意は、今まで逃れられなかった母の呪縛をもはねのける。･･･ここにクロナの戦いが始まった！

間一髪、クロナを助けたマカ。ソウルの黒血が奏でるピアノにのせて、マリーと共に４人で共鳴連鎖を始めるが、どうしても少女レイチェルの体を持つメデューサやシュタインを前に、劣勢へと立たされてしまう。そして、ついにメデューサのベクトルアローがマカを襲った！だがそれをクロナが身を呈し庇ってしまい･･･。

ミフネとブラック☆スター、因縁の戦いが始まった。勝つため、命の危険すら顧みず妖刀を使いまくるブラック☆スターの姿に、ミフネは過去に出会ったある男の姿を思い出す。―その名はホワイト☆スター、ブラック☆スターの父でありミフネにはじめて恐怖という感情を教えた男。一方、最後の魔道具を持って死武専に帰還したキッドは、その魔道具の名前が「エイボン」であること、そして魔道具と伝説の大魔道師にまつわるすべての過去について知る。

妖刀に捕らわれたブラック☆スター。そこは、志半ばで倒れた武人達の魂が集う、妖刀の世界であった。多数の亡者の魂に飲み込まれるブラック☆スター。そして彼の前には再びあの大鹿が姿を現す。一方、エイボンの協力で遂に起動した魔道具BREW。BREWの能力とは、使った者の欲望を具現化するものだった。それを手にした死神様の願いとはなんと･･･。

デスルームへ捕獲された鬼神・阿修羅。キッド達が見守る中、封印のブランクを脱した阿修羅と、デスサイズを持った死神様の戦いが始まった。熾烈な戦闘、その最中阿修羅は、封印されていた時に考えていた事―想像から来る底知れぬ、無限の不安と恐怖について語り出す。「死神が築く秩序などとても脆いもの。足を引っ張る道具でしかない」―その言葉の真意が体現された時、死神と阿修羅、そして世界が大きく変わった。

アラクネの魂を食らった阿修羅。彼はその場に巨大な結界を張り、その中へ引き篭もろうとする。結界が完成すればもはや誰も阿修羅と接触することはできない、そのまま狂気は世界に蔓延し続けてしまう･･･。だが完成直前、３つの影がそこへ飛び込んだ。マカ、ブラック☆スター、キッドたちだ。それぞれの決意のもと最後の戦いに赴いた３組だったが、そこにいたのは余りにも大きく変わり果てた阿修羅の姿。ソウルの黒血を媒介に共鳴連鎖で攻撃するマカたちだったが、そこには黒血がもたらした思わぬ落とし穴が待ち受けていた･･･。

阿修羅に猛攻をかけるキッドとブラック☆スター。だがダメージを与えるどころか、逆にキッドを戦闘不能にされてしまう。しかしその時彼の体に変化が･･･。一方、ソウルを取り戻すべく黒血の中へ潜ったマカは、そこでニヒルに笑うソウルと出会う。ソウルは一つの箱を示して言う―「黒血から戻るためには、この箱を開ければいいんだ」。けれどもその箱の中には、ギリギリ黒血の侵食より逃れた本物のソウルの心が入っていて―。

倒れ果てた仲間たち。頼りにすべき大人たちもおらず、そこには自分と相棒、そして真の姿を現した神クラスの化物のみ。それでも彼女は立ち向かう、たとえすべての切り札が覆され、腕ごと武器を吹き飛ばされ、あらゆる恐怖に襲われようとも。――「鬼神阿修羅、お前の魂いただくよ！」果たしてマカたちの運命は？そして世界の行く末は？？