度重なる試練を乗り越え、新西暦を迎えた人類。だが地球には新たなる危機が迫っていた・・・。時は新西暦186年、青年リュウセイ・ダテは、アーケードゲームの大会に出場するが、そこで謎の機動兵器と遭遇する。絶体絶命となる彼の前に、地球連邦軍のパーソナルトルーパー、ゲシュペンストMｋ‐?が現れる。

「量産型ゲシュペンストMｋ‐?タイプTT」に乗り込み、謎の機動兵器を撃退したリュウセイ。彼は連邦軍のイングラム少佐から、敵の正体が語られ、軍への入隊を勧められる。
「地球圏は今、彼らの脅威にさらされている……」 地球に異星人の侵略の魔の手が伸びていることを知ったリュウセイは、ある決意を胸に宿す・・・。

軍に入隊したリュウセイには仲間との出会いが待っていた。紅一点のリーダー、アヤ・コバヤシ、クールなエースパイロット、ライディース・F・ブランシュタイン。だが浮き足立つリュウセイに、戦車隊のハルマ・キド中尉が非情な現実を突きつける。
「今のままで戦場に出たら、必ず死ぬぞ。それも仲間を巻き込んでな・・・」

ハルマ小隊との敗北から立ち直れないリュウセイに、再び模擬戦闘の機会が訪れる。だがその最中ハルマ小隊が、所属不明の飛行機動兵器に襲撃されたとの報が入る。窮地に立つハルマ小隊を救うべく、リュウセイたちははじめてのチーム戦闘を敢行する!!「この賭け、吉と出るか凶と出るか……」

謎の飛行機動兵器の襲撃後、リュウセイたちは“SRXチーム”に任命され、新型PT「Rシリーズ」の存在を知る。そんなリュウセイたちに南極で行われるEOTI機関の新型機動兵器「グランゾン」お披露目式典の警護命令が下された。だがそこでは、恐るべき陰謀が始まろうとしていた。 「一体、今から何がはじまるってんだ……!?」

EOTI機関の新型機「グランゾン」のお披露目式典は、異星人と地球連邦政府による会談の隠れ蓑だった。だが会談が始まろうとしたその時、突如「グランゾン」が異星人の母艦を攻撃。異星人は機動兵器を出撃させてSRXチーム、そしてATXチームに襲いかかる！
「この一撃が新たなる戦いの幕開けとなるのです……」

ビアン・ゾルダーク博士率いるEOTI機関は、DC（ディバイン・クルセイダーズ）を名乗り、地球連邦政府に対し反旗を翻した。 「もはや人類は逃げ場を失った。我々に必要なものは方舟ではなく剣なのだ!!」
時同じくして、キョウスケらATXチームと「ヒリュウ改」は、DCに呼応して決起したコロニー統合軍の砲火の渦中にあった……。

DCとコロニー統合軍の決起により、世界は戦火に包まれた。DCの攻撃から基地と多くの人々を守れずに落胆するリュウセイだが、新たな力となる「R‐1」との邂逅を果たす。一方、連邦軍伊豆基地司令レイカーとダイテツ中佐は、戦況を打開すべく、ある賭けに出ようとしていた。

「ハガネ」の発進準備が進むなか、リュウセイは看護兵として軍に入隊したクスハと再会を果たす。そしてエルザム率いるDCのアーマードモジュール部隊は「ハガネ」奪取のため、伊豆基地を襲撃。リュウセイ達は「ハガネ」が発進するまでの時間を稼ぐため、出撃するが……。

DCの本拠地アイドネウス島を目指す「ハガネ」。SRXチームに下された新たな命令はウェーク島基地の制圧だった。調整中の「R‐1」に代わり「ビルトラプター」に乗って出撃するリュウセイ。だが、敵の新型アーマードモジュールに苦戦を強いられる。その前に、南極で彼を救った白い機動兵器が再び現れ……。

謎の人型機動兵器サイバスターのパイロットはマサキ・アンドーという日本人だった。そして、彼の目的はシュウ・シラカワと関わり合いを持つＤＣ総帥ビアン・ゾルダークの居場所を突き止めることであった。サイバスターの戦闘能力に着目したイングラムは、お互いの目的の為に行動を共にするようマサキに提案する。そんな中、ハガネは敵の攻撃を受ける。

ハガネ艦内でＴ‐ＬＩＮＫシステム（念動力感知増幅装置）とのリンクを行うアヤ。だが、彼女はその最中に倒れてしまう。そこにＤＣのトーマス・プラット率いるアーマードモジュール部隊が攻撃を仕掛けてくる。その中にはリュウセイやテンザンと同じく、対戦型ロボットアクションゲーム「バーニングＰＴ」のプレイヤーだったリョウト・ヒカワの姿があった。

ハガネへ向かっていた連邦軍の輸送機が、トーマスやテンザン達のアーマードモジュール部隊の襲撃を受ける。輸送機を救助するため、出撃するハガネのパーソナルトルーパー部隊。戦いの中、リュウセイとテンザンはついに互いの存在を認識する。テンザンに圧倒され、窮地に陥るリュウセイ。はたして、勝負の行方は…？