オペレーション・ムルロアの成功により、制宙権を掌握したコロニー統合軍。その総司令官であるマイヤー・Ｖ・ブランシュタインは、艦隊を率いて連邦政府の中枢・ジュネーブへの降下作戦を敢行する。それに立ち向かうのはハガネとヒリュウ改。はたして、たった２隻でマイヤーの艦隊を打ち破ることが出来るのか…？

ハガネはＤＣの本拠地であるアイドネウス島に対し、超高空から攻撃を仕掛ける。艦首トロニウム・バスターキャノン発射までの時間を稼ごうとするリュウセイ達。そこへテンペスト率いるアーマードモジュール隊が現れる。はたして、リュウセイ達はハガネを守りきることが出来るのか？

リュウセイ達はＤＣ本拠地アイドネウス島へ降下し、敵アーマードモジュール隊と激戦を繰り広げる。ダイテツの策により、優勢に立ったかと思われたリュウセイ達だが、彼らの前にＤＣ総帥ビアン自らが駆る大型機動兵器『ヴァルシオン』が現れる。

アイドネウス島での決戦後、ハガネはＤＣ残党の討伐任務についていた。そんな中、特別自治区のリクセント公国がＤＣ残党の襲撃を受けていることが判明。リュウセイ達はリクセント公国へ急行する…。

Ｌ５宙域で発生した異常現象…それは数年前の隕石メテオ３出現時のものと酷似していた。地球連邦軍宇宙艦隊は警戒態勢に入り、ハガネとヒリュウ改もＬ５宙域付近へ派遣される。そして、彼らの前に１機の人型機動兵器が現れた…。

ビアン博士が示唆した脅威が現実のものとなった。Ｌ５宙域には異星人エアロゲイターの巨大要塞が出現し、連邦軍基地がバグスと呼ばれる小型機動兵器群の襲撃を受ける。そして、リュウセイ達がバグスとの戦いの中で見たものは…。

アードラー率いるDC残党は、エアロゲイター襲撃による混乱を利用し、地球連邦政府の中枢であるジュネーブの制圧に乗り出す。連邦軍はＤＣ残党の進撃を阻止するため、南欧に戦線を展開。リュウセイ達もそこへ向かう。そして、彼らの前に２機のヴァルシオンが現れる……。

エアロゲイターの攻撃により、地球圏はさらなる混乱に陥る。そんな中、連邦軍統合参謀本部のノーマン・スレイはエアロゲイターの本拠地ホワイトスターの強襲作戦「オペレーションＳＲＷ」を立案。一方、リュウセイやブリットはクスハがグルンガスト弐式のパイロットに選ばれたことを知り、驚く。そして、リュウセイはイングラムの意図に疑問を抱き始める…。

ロールアウトした新型機のテストを行うため、中国地区の演習場を目指すハガネ。だが、北京郊外にエアロゲイターの大部隊が現れ、ハガネはその迎撃に向かう。圧倒的な戦力差を見せつけられ、苦戦するハガネのパーソナルトルーパー隊。戦局を打開するため、イングラムはリュウセイ、ライ、アヤにある命令を下す。

連邦軍によるホワイトスター強襲作戦の決行が間近に迫る。エアロゲイターとの戦いに終止符を打つため連邦軍宇宙艦隊はＬ５宙域へ結集する。

エアロゲイターとの決戦の火蓋が切って落とされた。ハガネとヒリュウ改は宇宙要塞ホワイトスターへ突撃するが、圧倒的な数の敵機に押され苦戦する。

「ディバイン・ウォーズ」エアロゲイターの猛攻によって絶対絶命の危機に陥る地球連邦軍宇宙艦隊。ハガネやヒリュウ改も窮地に立たされる。彼らの運命は！？