惑星ボリスへやってきた、宇宙船「スペースペンドラゴン」は、謎の時空エネルギーを受け、不時着してしまう。
荒廃したボリスの地で、４人のクルーたちは、突如出現した大怪獣たちのはげしいバトルに巻き込まれる！
そこにあらわれた、謎の青年。
おそいかかる、どくろ怪獣レッドキングの前に、青年は、古代怪獣ゴモラをあやつって立ち向かう！

謎の青年「レイ」から、惑星ボリスで起きた出来事を聞きだそうとするヒュウガ船長。
そこに飛来する、原始怪鳥リトラ！　
レイはその一瞬の隙をついて、姿を消してしまう。
４人のクルーたちは、惑星ボリスであばれまわる大怪獣たちのバトルに巻き込まれ、絶体絶命のピンチに見舞われる。
そのとき、レイの取った行動とは･･･？

ゴモラとリトラをあやつるレイは、過去の記憶を失っていた。
そんなレイを５人目のクルーとしてスカウトするヒュウガ。
怪獣と戦えるレイの力を借りるかわりに、失われた記憶をさがす手伝いをしようという取引なのだが、副長のハルナはレイを警戒して、あくまで反対を唱える。
そんなペンドラゴンに、透明怪獣ネロンガの見えない脅威が迫っていた！

補助エンジンを修理し、飛行能力を取り戻したペンドラゴン。
当面の目的地である、惑星ボリスの首都ベラルゴシティへと向かう前に別方向にある資源輸送基地へ進路を取るように指示するヒュウガ。
だがそこに生存者は無く、基地は無残に破壊されつくしていた。
資源エネルギーを吸い尽くした宇宙大怪獣ベムスターの仕業だ！

惑星ボリスの首都、べラルゴシティも壊滅していた。
ペンドラゴンの一行は、ただひとりの生存者、アズサ・マキを救出する。
時を同じくして、レイに迫る何者かの気配と、大怪獣バトルを挑んでくる謎の声。
あらわれる超古代怪獣ファイヤーゴルザ！
レイをピンチに陥れる謎の声の正体とは？

アズサ・マキの正体はレイと同じく、バトルナイザーをあやつる怪獣使い、ケイトだった！
ケイトの謀略により、ひとりペンドラゴンを立ち去ったレイに、地中より古代怪獣ツインテールが襲いかかる！
レイはリトラで応戦するが･･･

レイとハルナを乗せたドラゴンスピーダーが謎の時空エネルギーに巻き込まれ、不時着してしまう。
ヒュウガたちは不時着エリアへと捜索に向かうが、そこでは、空間のゆがみから怪獣が出現するという怪現象が起こっていた。
ヒュウガたちと合流したレイは、ある廃墟に踏み込んでいく。
そこには、怪獣無法惑星と化したボリスの謎を解く、驚くべき記録が残されていた･･･！

惑星ボリスの探索を続けるペンドラゴンは、ある湖からの激しい放電現象に遭遇する。
それは、宇宙怪獣エレキングが放つ電撃だった！
その湖底には電気エネルギーに反応すると大爆発を起こす、ソリッド鉱石の大鉱脈が広がっていた。
エレキングを湖から引きずり出すため、ペンドラゴンとゴモラによる共同作戦が展開される・・・！

救難信号をキャッチしたスペースペンドラゴンは生存者がいると思われる、発信源のヴィンセント島をめざす。
だが、突如あらわれた正体不明の４機の円盤編隊からの攻撃を受け、ペンドラゴンは海中に沈んでしまう。
海底で動きが取れないペンドラゴンに迫る、海の大怪獣たち！
果たして、スペースペンドラゴンは海底から脱出できるのか？

ヴィンセント島に到着したスペースペンドラゴンは、ついに生存者たちを発見する！
だが、宇宙船のメインエンジンを修理しなければ、惑星ボリスからの脱出はできない。
修理に必要な物資を確保するため、グランケープ補給基地へと向かうペンドラゴン。
その基地には、再生怪獣サラマンドラ、満月超獣ルナチクス、円盤生物ノーバ、が待ち受けていた！

今まで、怪獣が近づかなかったヴィンセント島に、ミサイル超獣ベロクロンと蛾超獣ドラゴリーが上陸してくる。
レイは、ゴモラとエレキングで迎え撃つが・・・
生存者の少女、カレンは語る。
島を守っていてくれていたのは、「巨人の声」だったと。
レイとヒュウガは、カレンの導きで、ついに「巨人」と対面する！

ケイトが操る宇宙恐竜ゼットンが出現！
立ち向かう、ゴモラ、リトラ、エレキング！
最大級の大怪獣バトルがついに始まった！
そんな中、ようやく惑星ボリスにたどりついたＺＡＰ ＳＰＡＣＹの救援艦隊。
喜びに沸く一同だが、その艦隊に接近する黒い機影・・・
さらに予想もつかない危機が迫っていた！

キングジョーブラックの攻撃で、惑星ボリスの人工太陽が大気圏に向かって落下を始めていた。
人工太陽の爆発は地上のあらゆるものを焼き尽くしてしまう・・・
刻一刻とせまる、惑星脱出までのタイムリミット。
そんななか、レイはゴモラとともに、ケイトのゼットンとの最終決戦に臨む！
ついに幕を開ける、真の「レイオニクスバトル」！
レイは宿命を乗り越えて、かけがえのない仲間たちを救うことはできるのか？