「クビ」になるというウワサが広まっているクロノス平教員とナポレン教頭。そんな中、２人は鮫島校長から「出て行け～」とどなられてしまう。すっかり落ちこむ２人だったが、II社のペガサス会長を見かけ、II社に就職したいとねがい出た。しかたなく、デュエルに勝てば就職させてあげるというペガサス。そしてペガサスVSクロノスVSナポレンというトライアングル・デュエルがスタートすることに。

斎王の中では2つの人格が戦っていた。光の波動を受け、世界を破滅しようとする人格と、それをふせごうとする善良なる心をもつ人格が。善良なる心の人格は世界の破滅をふせぐべく、重要なカギを十代とエドに手わたす。だが、それを知った光の波動を受けた斎王は、カギを取りかえすべく、十代の前に明日香を送りこむのだった。斎王によって強力なデッキとなった明日香は、「白夜女王（ホワイトナイトクイーン）」で十代に攻撃を開始する。

斎王によって強化された明日香のデッキは、しだいに十代をおいこんでいく。苦戦する十代は、なんとかもとの明日香にもどるよう「心」にうったえかけるのだが、明日香はまったく十代の言葉に耳をかたむけない。そして明日香は、ついに最強のカード「白夜龍（ホワイトナイツドラゴン）」を召喚、十代はピンチとなってしまうが…。

ヘルカイザー亮に、やさしくまた尊敬できる兄さんにもどってほしいとねがう翔は、亮にデュエルを挑戦する。だが亮は、非情にもライフポイントの減少と同時に電流をあびるというデュエルの条件を出すのだった。そしてはじまる亮VS翔の兄弟デュエル。いつもどおり、相手に敬意をはらったデュエルを展開する翔だったが、亮はサイバー流裏デッキをつかっておそいかかってきて…。

光の波動をうけた斎王は、重要なカギをうばいかえすべく、またしも十代に刺客をおくりこむ。その刺客は、十代がもっとも不得意としてる理論的なデッキを組む天才物理博士ツバイン・シュタインだった。相対性フィールドを発動し、十代をむかえうつツバイン。十代は不利な立場においこまれるが…。

鮫島校長が開催したジェネックスの真の目的は「究極のDのカード」を持つ者をさがすことだった。また、エド・フェニックスは、父を殺してカードを持ち出した犯人をさがすべく、デュエルをおこなっていた。おなじころ、デュエルのプロリーグの世界タイトルマッチが開催されようとしていた。そして、プロリーグの王者で、エドの後見人でもある「DD」と、IQ200のコレクターのデュエルがはじまるが…。

世界チャンピオンDDが自分の父親を殺し、カードをうばったという真実を聞かされたエド。そしてエドは、斎王からたくされたカギをかけたデュエルをいどまれることに。Dヒーローのカードをつかって戦うエドは、世界チャンピオンであるDDと互角以上の戦いを見せていた。だが、ついにDDは究極のDのカード「ブルーD」を発動して…。

オージーン王子の秘書であるリンドから「鍵」の秘密を聞かされる十代。その「鍵」とは、レーザー衛星のコントロールキーだったのだ。斎王に「鍵」をうばうよう命じられたオージーン王子は、十代にデュエルをいどむ。「サテライトキャノン」3体を召喚し、攻撃してくる王子。ピンチになった十代は、「フレイムウイングマン」で対抗するが…。

光の波動が斎王にとりついたという父の言葉をたしかめるため、光の結社専用デュエル場にやって来たエド。だが、別の人格になっている斎王は、レーザー衛星の鍵を返すようエドに告げてきた。その言葉に決意をかためたエドは、斎王とデュエルすることに。そしてはじまった2人のデュエル。斎王はすべての運命を見ぬいているかのように、アルカナのカードをくり出し…。

エドと斎王のデュエル。斎王は21番目のアルカナフォース「ザ・ワールド」をくり出してきた。大ダメージを受けてしまうエド。それでも、光の波動に取りこまれた斎王の中に「本当の斎王」がいるとしんじて、戦いつづけるが、斎王のようしゃない攻撃に追いこまれてしまった。あきらめかけたエドだったが、その時異変が起こり…。

光の波動に取りこまれた斎王との戦いに敗れたエド。斎王はエドと引きかえに「レーザー衛星」の鍵を十代に要求する。追いこまれてしまった十代だったが、その時「ネオス」があらわれ、「鍵」が斎王にわたる前に阻止した。怒りを爆発させた斎王は、十代とデュエルし、決着をつけることに。斎王はエド戦と同じく未来を予言し、優勢にデュエルを展開する。いっぽう十代は、得意の「融合」を使いモンスターを召喚するが…。

光の波動に取りこまれた斎王は、フィールド魔法「光の結界」を発動する。この結界は「カードの精霊たち」の力も弱めるという効果があり、十代のモンスターたちを追いこんでいく。さらに斎王は、アルカナフォース「ザ・ワールド」を召喚し、十代におそいかかっていく。いっぽう、斎王にあやつられたオージーン王子は、「レーザー衛星」の鍵を2つ手に入れ、衛星を起動する。剣山が止めに入るが、時すでにおそく、レーザー衛星は地球めがけてビームを発射してしまうのだった。

十代はグローネオスを召喚し、光の結界を破壊する。形勢を逆転した十代は、邪悪な斎王にダイレクトアタックをしかけた。追いこまれた邪悪な斎王は、「ザ・マテリアル・ロード」「ザ・スピリチアル・ロード」「ザ・ヘブンズ・ロード」をいけにえとし、究極のカード「アルカナフォース・エクストラ・ザ・ライト・ルーラー」を召喚。強烈な一撃を放つ。いっぽう十代も「グランモール」と「ネオス」をコンタクト融合させ、「グラン・ネオス」を召喚するが…。