ワシントンD．C．を舞台に、NCISが海軍絡みの犯罪に個性的で魅力的なエキスパートたちが挑んでいく姿を、アクションとユーモアを絡めて描くシリーズのシーズン5。新たなチームが編成されていく中、さらなるトラブルや事件が起こる。
前期最終話で恋人の父親に会ったトニー（ウェザリー）だが、その父親とは、捜査局の局長が追い続けてきた宿敵グルヌイユ（アーマンド・アサンテ）だった。正体を知られてしまったトニーに危機が！そしてＮＣＩＳ局長のジェニーは父親の死について不審感を募らせ・・・
殺人事件やスパイ活動からテロ、盗まれた潜水艦に至るまで～
ＮＣＩＳのシーズン５が幕をあける！