セレナ、再びトライポカロンに挑戦！今回からイーブイも参加し、演技の幅も広がった！しかし肝心のイーブイは初めての大舞台に少し緊張気味。セレナは、テールナー、ヤンチャムと共にイーブイを励まし、パーティの結束はより一層強固なものになった。そして迎えた本番、イーブイ、初ステージで初勝利なるか！？

誘拐された頭領を助ける為、謎の忍者軍団を追うサトシとサンペイ達。敵のボス、カゲトモはサンペイの兄イッペイとの一騎打ちをのぞみサトシ達の下へ刺客を差し向ける。激しいバトルの最中、サトシのゲコガシラに異変が･･･そして、なんとサトシの身にも不思議な現象が･･･！！

エイセツシティへの旅を続けるサトシの下へ、サンペイとゲッコウガがやって来た。サンペイは、忍者の里でお祭りが行われるので、遊びにこないかと誘ってきた。初めて訪れる忍者の里でサンペイの兄、イッペイやニヘイ、里の人たちと交流する一行。すると、突如として謎の忍者軍団が里を襲撃、なんと里の頭領が誘拐されてしまう！

旅の途中、森の中で野宿することになったサトシ達。夜中、ピカチュウとニャースが目覚めると、そこに居たのは進化したり退化したりしたサトシ達のポケモンだった！しかも何故かニャースのように人間の言葉を話している！一体何があったのかと戸惑うピカチュウとニャース。そこへプニちゃんが現れ、助けてくれと語りかける･･･

カロスリーグ挑戦の為、最後のジムのあるエイセツシティへの旅を続けるサトシ達。ある時、１体のシシコがカエンジシの群れから離れ、一人立ちする場面に遭遇する。小さいながら、一人前になるため、必死にがんばるシシコの姿を眼にし、感動するサトシたち。しかし、そんなシシコを見つめる怪しい影が･･･

旅を続けるサトシ達。近くのポケモンセンターを目指し森を歩いていると岩に挟まってしまった風変わりなジョーイさんと出会う。このジョーイさん、何とプラターヌ博士に憧れてメガシンカの研究をしているらしい。ジョーイさんに案内され、ポケモンセンターに辿り着いたのだが･･･あれ！？ポケモンセンターに入れない！？

プニちゃんを旅の仲間に加え、エイセツジムを目指し旅を続ける一行。休憩中にトライポカロンの練習をするセレナの下に突然、野生のハリボーグがあらわれた！何とこのハリボーグ、イーブイにひとめぼれしてしまったようだ。熱烈にアピールを繰り返すハリボーグだったが、内気なイーブイにはかえって逆効果のようで･･･！？

遂に待望の新章がスタート！カロスリーグ挑戦の為、最後のジムのあるエイセツシティを目指し旅を続けるサトシ達。休憩中のサトシ達が出会ったのは、ポケモン図鑑にデータの無いプニプニした謎のポケモン！？もしかして新種のポケモンかも大興奮するサトシ達だったが、突如として謎の一団が襲い掛かってきて！？