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「ファイナルタワーチャレンジ」に挑むジョー、キラ、キャップ。ところがボルツ率いるチームに負けてしまう。続いて戦うのは、チョウキ・コウキ・サイキチーム！！しかし始まったのはデュエマではなくクイズ対決で・・・？！

3人1組のチームデュエマ「ファイナルタワーチャレンジ」。ジョーはキラ、キャップとともにチームを結成する。そんなジョー達の前に現れたのは、意外な3人組だった！予想もつかない展開に、ジョーはどう立ち向かうのか？！

「キング・オブ・デュエマッチ」二次予選を通過した面々にアバクが用意したステージが明らかに。その名も・・・ファイナルタワーチャレンジ！鬼タワーをのぼり、戦い、勝ちあがった者が頂上にたどり着くが、他にも特別なルールがあるようで・・・？

「キング・オブ・デュエマッチ」2次予選の終了が明日に迫る。次の勝負で勝利しなければ予選を突破できないジョーの前に現れたのは、ジョーに憧れる少年アン・ラッキー。ジョーとのデュエマを申し込むも、不幸なことに巻き込まれやすい体質の彼は、ことあるごとに不運な目に遭ってしまい・・・？

モモダチたちに続き、遂にパワーアップしたモモキングは、「キング・オブ・デュエマッチ」に向けてジョーの役に立ちたいと意気込んでいた。ある日、自然文明から再びやってきたももと一緒にいるジョーの姿をみたモモキング。何かを思いついたようで・・・

コウキによってポイントを奪われてしまったジョーは、「キング・オブ・デュエマッチ」第2次予選敗退のピンチに！なんとかポイントを賭けたコウキとの勝負をこぎつけたジョー。果たして、勝負の行方は？！

モモキングとモモダチたちは、ジョーがデュエマで不調なことに責任を感じていた。そこで、アバクへのリベンジへ向けてパワーアップをはかるべく、ジョー・モモキング・モモダチたちで向かったのは・・・大長老の元だった！

ジョーはアバクへのリベンジの方法について悩んでいた。そこで思いついたのは、キングマスターカードを持つデュエリストの居場所に忍びこみ、強さの秘密を盗み見ることだった！新たなジョーカーズとともに、いざ出発！

アバクへのリベンジが早くも決まったジョー。しかしその目の前に現れたのは大人気オニチューバーのカジサックだった！ジョーにデュエマを教えてほしいと懇願するカジサックだが、どうやら何か企んでいるようで・・・

地下闘技場でジョーとのデュエマに敗れたサイキが行方不明に。なんとサイキはジョーにリベンジをするべく、無人島で修行をしていた！サイキが修行で得たものとは一体・・・