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新学期を迎えたジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』1次予選の終了日を迎えようとしていた。魂ポイントを1000ポイント以上獲得したデュエリストは予選通過となるが、たくさんの戦いを勝ち抜いたはずのジョーは1000ポイントに届いていない。ジョーに何があったのか？！

夏休みが始まったジョー達は、今まで一度も行ったことがない場所へ行く計画を立てる。地図で見つけた人里離れた一軒家に興味を持ち、早速向かうことにした一行だが、村人にその家について尋ねると何やら不穏な雰囲気で・・・

見事ももちゃんを救出したジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』の戦いに熱中する。そんな中、自然文明へ戻る時が近づくももちゃんが初めてのデュエマに挑戦！ももちゃんのデュエマデビューの行方はいかに！？

大魔王の驚くべき正体を知ったジョーは、デュエマ対決に挑む。その一方でももちゃん救出に向かうキラ、ボルツ、キャップ。果たしてジョー達はももちゃんを助けることができるのか？！

『MOMOタウン』のお城にとらわれたももちゃんを救出すべく乗り込んだジョー達は、様々なアトラクションをクリアしついに最後の敵である大魔王にたどり着く。そこで待ち受ける大魔王の正体とは・・・

何者かに攫われたももちゃんを探すジョー達は、街に散らばった紙飛行機からももちゃんのメッセージを見つけるのだった。紙飛行機の飛んできた方角を探ると謎のテーマパーク『MOMOタウン』を発見するのだった・・・

ジョーからヒドい扱いをされたモモダチの三匹は、ジョー家を飛び出してラーメン屋を営む事を計画するも、ラーメン屋開店には莫大なお金が必要だった。そんな中、モンキッドがワル知恵をひらめくのだった・・・

パワーアップの為、ジョーは新たなジョーカーズ「スイート」を生み出した。
しかし、触れたものをキャンディーにできる力を持ったスイートをジョーは怒らせてしまうのだった。怒り狂うスイートは町中をキャンディーで固めていってしまう・・・

アバクに敗れたキラはパワーアップの為にキングマスターカードを手に入れるべく、ありとあらゆる勝負を挑む事になった。格闘技やスポーツなど100勝を目指すキラの激しい戦いが幕を開ける！！

キングマスターカードが欲しいキャップ。入手条件はなんと強さを示せというキングマスターカード直々のクエストだった。さらに、キングマスターカードの持主候補としてもう一人、下級生で極度のアガリ症の安賀里が選ばれるのだった。
果たしてキングマスターカードはどちらの手に！？