行方が分からなくなったボルツを未だ見つけることができないジョー達。百鬼夜城を探し回っていると、一頭のゴリラと遭遇する。槍の力によってゴリラへと姿が変えられてしまったのは・・・まさかボルツ？！元の姿に戻すため、奮闘するジョーだが・・・

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『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選突破を目指し、デュエマを練習するジョー達。そんな中、河越DOKIDOKI動物園から狼が脱走した。襲われたデッキーは絶体絶命の大ピンチ。そこに現れたのは、睨んだだけで狼をおとなしくさせてしまう男だった・・・

ジョー達の学校では、誰もいなくなった放課後に人知れず開く、秘密の地下室があるという怪談話が伝わっている。真実を確かめるべく、一行は学校へと向かうのだった・・・

遂に『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選が幕を開ける。第一試合に選ばれたのはボルツ！対戦相手となるチョウキは、1次予選で大量の魂ポイントを集めた実力者だ。果たしてボルツはチョウキに勝利することができるのか！？

『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選参加者の祝賀パーティーで盛り上がる参加者たち。そこに突如現れた謎の黒いカードを持つデュエリスト！「…お前、黒に沈めてやる…」そう呟く彼は、一体何者なのか？！

デュエルマスターズキングの座をかけた『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選がいよいよ開幕！世界中の強豪が河越に集まる中、謎の黒いカードを使って勝ち続ける正体不明のデュエリストの噂が立ち・・・？！

新学期を迎えたジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』1次予選の終了日を迎えようとしていた。魂ポイントを1000ポイント以上獲得したデュエリストは予選通過となるが、たくさんの戦いを勝ち抜いたはずのジョーは1000ポイントに届いていない。ジョーに何があったのか？！

夏休みが始まったジョー達は、今まで一度も行ったことがない場所へ行く計画を立てる。地図で見つけた人里離れた一軒家に興味を持ち、早速向かうことにした一行だが、村人にその家について尋ねると何やら不穏な雰囲気で・・・

見事ももちゃんを救出したジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』の戦いに熱中する。そんな中、自然文明へ戻る時が近づくももちゃんが初めてのデュエマに挑戦！ももちゃんのデュエマデビューの行方はいかに！？

大魔王の驚くべき正体を知ったジョーは、デュエマ対決に挑む。その一方でももちゃん救出に向かうキラ、ボルツ、キャップ。果たしてジョー達はももちゃんを助けることができるのか？！

『MOMOタウン』のお城にとらわれたももちゃんを救出すべく乗り込んだジョー達は、様々なアトラクションをクリアしついに最後の敵である大魔王にたどり着く。そこで待ち受ける大魔王の正体とは・・・