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授業で風景画の写生に出かけたジョー達のクラス。そこへ突然、火文明にあるはずのドラゴンの卵が飛んでくる。ジョーとボルツは、どこかに落ちた卵を必死に探すが…。

大会の次なるステージを目指して魂ポイントを貯めるデュエリスト達。ところがジョーは手っ取り早く魂ポイントを集めようと考え、新たなジョーカーズ「ツルーマン将軍」を生み出す。

ジョーの住む街で、人々がチェーンソーを持った男に襲われる事件が起きた。おもいがけずチェーンソー男に遭遇したジョーは、デュエマで退治しようとする。

ジョーのクラスに、なんとボルツまで転入してきた。ボルツは今、ラーメン屋の親父の所に居候しているらしい。そんな中、街では魂ポイントを狙った詐欺事件が起きていた。

『キング・オブ・デュエマッチ』の記念すべき初戦の対戦カードはアバク対キラ！保有するすべての魂ポイントを賭け、両者の切札がぶつかり合う。果たして勝利はどちらの手に！？

アバクの宣言によって幕を開けた『キング・オブ・デュエマッチ』。魂ポイントを奪い合って世界中のデュエリストが熱戦を繰り広げることになる。さっそくジョーも対戦相手を探すのだが…。

五年生に進級したジョーのクラスに、なんとキラとキャップが転入してくる。そしてもう一人、メガネと名乗る謎の転入生がいた。ある日、ジョーはメガネに呼び出され…。