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今日はフウカの誕生日。フウカはみんなからサプライズプレゼントをもらい、誕生パーティーはさらに盛り上がる。これから先5人はソロとしての活動も増え、それぞれの可能性を広げるため一層頑張る事を決意する。ソロ活動の話しもあって、いつもよりやる気のあるカノン達は公園でダンス練習をする事に。そんな彼女達の前にネガティブな黒い影が現れる。果たしてその黒い影の正体は！？

突然、アイドル戦士にふさわしいのかテストをする事になったミラクルちゅーんず！の前に、雪江さんそっくりの試験官が現れる。次々に音楽の国やアイドル戦士について問題が出される。果たして、無事、問題に答えてアイドル戦士として認めてもらえるのか！？

ミラクルミラクルは、お正月の準備で年賀状を作ることに。皆で年賀状を作りながら、これまで出会った人たちや様々なモード変身について振り返る。そして、音楽を守り、皆を笑顔にする事を強く決意するカノン達であった。

ミラクルミラクルはクリスマスライブをする事になり、気持ちが盛り上がっていた。しかし、クリスマスというのに、おもちゃ屋さんにおもちゃが届かなくて街は大混乱。ネガティブジュエラーがおもちゃを独り占めしていたのだった。ミラクルちゅーんず！はネガティブジュエラーをチューンアップして、無事にクリスマスライブができるのか！？

ミラクルミラクルは人気振付師・伊豆踊子の指導でダンスレッスンに励んでいた。しかし、カノンに合わせるためレッスン内容が簡単になった事を不満に感じるフウカは、カノンとギクシャクしてしまう。そんな時、踊子がネガティブジュエラーとなって現れる。果たして、ミラクルちゅーんず！はネガティブジュエラーをチューンアップして、カノンとフウカは仲直りできるのか？

ドラマに出演する事になったカノンの前に、雪江さんが現れる。しかし、いつもの明るく優しい雪江さんではないような…。またもデラックス毒毒団が現れ、ドラマ現場にネガティブジュエラーが立ちはだかる。果たしてミラクルちゅーんず！はネガティブジュエラーをチューンアップして、無事にドラマ撮影を終えられるか？

ミラクルちゅーんず！は魔王が生み出した魔物ウノー・サノーをチューンアップし、ついに女神様とも連絡がとれるようになった。アイドルとして活動している中、カノンがドラマに出演する事に。しばらく姿を現さなかった毒毒団は、魔物がいなくなった事で再結成し、パワーアップして再び魔王の下で動き始めるのだった。

カノンが買い物に出かけている間、マイたちは折り紙やリボンを使って、何かを作っていた。寮に忘れられていたポップンは、忘れ物の多いカノンの話しをしながら、これまで使ったスペシャルジュエルやクリスタルジュエルでの戦いを皆で振り返る。そして、話してる間にカノンが寮に戻ってきて…。

ミラクルミラクルは、ファイナルモードに変身し、魔王が生み出した魔物ウノーのチューンアップに成功する。ライブツアー初日も大成功し、次のライブも一層張り切るミラクルミラクルたちの前に、またも魔物が現れる。ミラクルちゅーんず！は、ファイナルモードに変身を試みるが、変身できない。果たしてミラクルちゅーんず！はその強力な魔物をチューンアップすることができるのか？

クリスタルジュエルが揃い、カノンたちはファイナルチューンタクトを手に入れた。ミラクルミラクルは、ファーストライブツアーチケットが売り切れるほどの人気に喜んでいた。しかし、魔王が生み出した強いネガティブオーラを放つ魔物がミラクルミラクルの前に現れる。その魔物に対抗するため、クリスタルジュエルを使って、チューンアップを試みる。