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お笑いタレントオーディションの審査員をする事になったミラクルミラクル。初めての審査員でドキドキしながらも頑張るカノン達。そんな中、毒毒団の一人がオーディションにまざってしまう。さらにコジローがネガティブジュエラーにされしまい会場は大混乱。はたしてミラクルちゅーんず！はネガティブジュエラーをチューンアップして、無事にオーディションの審査を終えられるか？

お寺に夏合宿にやってきたミラクルミラクル。全員が想像以上に厳しい内容にくたくたになってしまうが、夜になるとこっそり起きて遊んでいた。夜中、トイレに行きたくなったカノンは寝る直前に話していた怪談のせいで怖くて１人で行くことができず、みんなで一緒にトイレに行くことに。そんな時、お寺の住職がネガティブジュエラーにされてしまう。ミラクルちゅーんず！は怖がりながらもチューンアップに向かうのだった。

今日は花火大会の日。栗原リョウに誘ってもらい、ビルの屋上から花火を見られる事になったミラクルミラクル。そこに毒毒団が現れて、ビルのオーナー夫婦をネガティブジュエラーにしてしまう。ミラクルちゅーんず！はチューンアップしようとするのだが、カノンがエレベーターに閉じ込められてしまい合流できない。果たして楽しみにしていた花火を見ることができるのか？

人気演歌歌手の深大寺あやめとの共演にはりきるミラクルミラクル。あやめの大ファンでもあるフウカのおじいちゃんとおばあちゃんは大喜び。そこに毒毒団があらわれ、深大寺あやめをネガティブジュエラーにしてしまう。あやめのファン達も次々とネガティブにされてしまう。ミラクルちゅーんず！はあやめに対抗する為に演歌ジュエルを使ってチューンアップを試みる。

アイドルの聖地と言われる「かもめレコード」で新曲披露にやってきたミラクルミラクル。ライブ会場のお客さんは超満員で大盛り上がりの予感。そこにサウンドジュエルを狙って毒毒団があらわれる。レコード店の店長がネガティブジュエラーにされてしまい会場は大混乱に。ミラクルちゅーんず！はチューンアップして無事にライブを成功させられるか？

ミラクルミラクルが５人になってからの初めてのレコーディング。ヒカリの音楽へのこだわりに刺激を受けるマイ・カノン・フウカだったが、そこに毒毒団が現れレコーディングエンジニアをネガティブジュエラーに変えてしまう。ミラクルちゅーんず！はチューンアップして無事にレコーディングが出来るのか？

アカリ、ヒカリの２人は女神様からミラクルちゅーんず！の使命を聞き、一緒に戦う事を誓う。そしてカリカリの２人が加わった新生ミラクルミラクルは記者発表をすることになる。記者会見が始まると、記者達がいじわるな質問ばかりしてくる。毒毒団が記者をネガティブジュエラーにしてしまっていたのだ。５人となったミラクルちゅーんず！はチューンアップすべく変身するのだった。

「ミュージックコロシアム」の本番が始まる。ミラクルちゅーんず！の正体がミラクルミラクルだと知った毒毒団は、本番中にスタジオの外にいた女性アナウンサーをネガティブジュエラーにしてしまう。本番直前のミラクルミラクルはスタジオを抜け出す事が出来ない。その時、ライバルであるカリカリが外に飛び出していくのだった。果たしてカリカリはチューンアップする事ができるのか？そして「ミュージックコロシアム」の勝負の行方は？

ついに「ミュージックコロシアム」の収録日がやってきた。収録前にミラクルミラクルとカリカリはお互い火花を散らす。カリカリのリハーサルが終わりミラクルミラクルのリハーサルが始まろうとした時、「ワイルドフィットネス」という別の番組のスタジオに行っていたコジローから助けを求める電話が入る。フィットネスインストラクターのクリス前田がネガティブジュエラーになってしまったのだ。リハーサル直前のミラクルちゅーんず！はチューンアップに向かう。

カリカリとミラクルミラクルがTV番組「ミュージックコロシアム」で対決する事になった。対決を前に緊張するフウカ。それに対して呑気なカノン。フウカはカノンの態度にイライラをぶつけてしまう。そんな時、カノンの担任の桜井先生がネガティブジュエラーにされてしまう。保護者会に集まった人達を次々にネガティブにして、学校は大混乱に。ミラクルちゅーんず！は急いでチューンアップに向かうのだった。