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ミラクルミラクルは、自分たちのライブツアーのポスターをみて、一層張り切る。しかし、今だに音楽の国とは通信が途絶えたまま。それでも、世界から音楽を楽しむ心を取り戻すため、スーパーネガティブジュエラーがいるという、町はずれの研究所へ向かう。そして、向かった先には…。

ミラクルミラクルはスーパーネガティブジュエラーをチューンアップし、無事に山での撮影を終えた。今度は「ぎゅーっとミラクル」の撮影で海に行くことに。村の人たちから大歓迎され撮影は順調に進むが、村の人達の話し方がアカリ・ヒカリに似ているような…。そこにスーパーネガティブジュエラーが現れる。ミラクルちゅーんず！はチューンアップして無事に村を救いだせるのか？

ミラクルミラクルは雑誌の撮影で山に登る事になった。しかし、その山には新たなスーパーネガティブジュエラーがいるという。音楽を楽しむ心が消え始めた世界を救うため、意気込むヒカリは一人で、スーパーネガティブジュエラーと遭遇してしまう事に。ミラクルちゅーんず！はスーパーネガティブジュエラーをチューンアップして、無事に撮影を終えられるか？

魔王がついに、新たな魔物を生み出した。音楽の国に通じる鏡も壊され、ミラクルちゅーんず！は女神様との連絡もできなくなってしまう。毒毒団は新たな魔物によって、アジトを追い出されてしまう。さらに、より強力なネガティブジュエラーまで現れてしまう。果たしてミラクルちゅーんず！はその強力なネガティブジュエラーをチューンアップすることができるのか？

クリスタルメロディボックスが修復され、ミラクルちゅーんず！は新たなステージへ。そんな時、ミラクルちゅーんず！との戦いに何度も負けてきた毒毒団は、ついに寮にまで押しかけてきた。そして雪江さんをネガティブジュエラーにしてしまう。果たして雪江を無事に取り戻す事ができるのか？

今日はマイの誕生日。マイはみんなから祝福され、さらに父から母安祐美のCDをプレゼントにもらい、すごく喜んでいた。その夜、みんなが出会った時の事を語り合い、アイドル活動やミラクルちゅーんず！としての活動をみんなで振り返る。そして絆がさらに深まるカノン達であった。

ミラクルミラクルは「ぎゅーっとミラクル！」の撮影でカノンの地元にやって来た。地元の人たちから歓迎され、撮影は順調に進む。そしてカノンのママのケーキ屋さんの取材に来たところ、毒毒団が現れ店員さんをネガティブジュエラーにしてしまう。お店のケーキの味付けがカノンのママのものではないと気づいたカノン達は、ミラクルちゅーんず！に変身するのだった。

カノンは学校で写生大会をする事になる。生徒たちは思い思いの絵を描く。失敗してしまった絵をアートだとほめる羽黒先生に困惑するカノンだった。そこに毒毒団があらわれ、羽黒先生がネガティブジュエラーにされ、生徒たちを次々にネガティブにしてしまう。学校で5人が合流し、ネガティブジュエラーに立ち向かう。果たしてミラクルちゅーんず！はチューンアップして無事に生徒達を助け出せるのか？

夏休みが終わり、新学期が始まる。ミラクルミラクルの冠番組が決まり、喜ぶカノン達だった。番組撮影に妥協しないTVディレクターの小原に苦労しながらも頑張るミラクルミラクル。撮影の合間に柚原とテスト勉強をしているカノンの前にネガティブジュエラーにされてしまった小原があらわれる。カノンがメンバーを呼びに行っている間、柚原がネガティブジュエラー達と対決する事になる。どうなる柚原！？

無事にお笑いオーディションを終えたミラクルミラクル。しかし、チューンアップしたはずのコジローがどこにも見当たらない。毒毒団につかまってしまったのだ。カノンにコジローとサウンドジュエルケースを交換しろという脅迫状が渡される。カノンはサウンドジュエルケースを持って、一人で毒毒団のもとへ向かってしまう。カノンまでいなくなって戸惑うマイ達。果たしてコジローを無事に取り戻す事ができるのか？