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アメリカで大人気の姉妹ユニット「カリカリ」が日本でデビューする事になった。TVで見かけた彼女たちのパフォーマンスの高さにマイとフウカは焦ってしまう。小学校でもカリカリのデビュー話でもちきりに。そんな時、テクノな占い師「ジュピター和夫」がネガティブジュエラーにされてしまい、小学校の友達が次々にネガティブな占いにかけられてしまう。ミラクルちゅーんず！はチューンアップに向かうのだった。

今日はミラクルミラクルがラジオの生放送に出演。カノンは家族に知らせて張り切っている。いよいよラジオの生放送が始まった時、カノンのパパの友達がネガティブジュエラーにされてしまう。柚原が生放送に割り込んで登場し、なんとか３人を抜け出させる事に成功するが。。はたしてミラクルちゅーんず！はネガティブジュエラーをチューンアップして、無事にラジオの生放送に戻ってこられるだろうか！？　　

マイの父が急遽、日本に帰ってきた。マイは驚いていたがすごく嬉しそうだったので、カノンもフウカも嬉しかった。マイは指揮者であるお父さんのコンサートに行く事をとても楽しみしていた。
そんな時、毒毒団が幼稚園に現れて誕生会に来たパフォーマーをネガティブジェエラーに変えてしまう。幼稚園にいた子供たちは大泣きしてしまう。
女神さまから知らせを聞いたカノンとフウカは、２人だけで飛び出していくのだった。はたして２人だけでチューンアップできるだろうか！？

ミラクルミラクルはメイク担当のコジローと買い物に出かける。
買い物を楽しむマイとカノンだったが、フウカはあまりやる気がない。コジローが上手くアドバイスをして徐々におしゃれが楽しくなってくるフウカだった。
そんな時、毒毒団がコジローの知り合いであるカリスマ美容師をネガティブジュエラーにしてしまう。何もしらないミラクル２たちは美容室を訪ねていってしまう。無事にチューンアップしておしゃれアイドルになれるのか！？

小学生アイドルとしてカノンが密着取材される事になった。カノンは少しでも良いところを見せようとする。しかし学校で友達のユンタと大ゲンカしたところをカメラに撮られてしまう。
そんな時、毒毒団がゴミ収集のおじさんをネガティブジュエラーにしてしまう。
このままだと街中がゴミだらけになってしまう。密着取材中のカノンは取材スタッフにバレないように、マイ、フウカと合流しチューンアップに向かうのだった。

ついにTV出演する事になったミラクルミラクル。しかも人気役者栗原リョウ君の番組という事で張り切る３人だった。
収録日。マイがお菓子を作るという内容。ところがマイはめちゃくちゃな調理をしてしまい、とんでもないお菓子が出来上がってしまう。マイはなんでも上手く出来ると思っていたのでカノンとフウカはビックリ！
そんな時リョウ君のファンがネガティブジュエラーにされてしまう。ネガティブなファンが増えてスタジオは大パニックになる。
アイドル戦士×ミラクルちゅーんず！は無事にチューンアップして収録を乗り切れるか？

毎日ダンスレッスンをするミラクルミラクルの３人。カノンはレッスンが大変でついついマイに甘えてしまう。その様子にいらだつフウカだったが、隠れて１人で練習しているカノンを見て少し見直す。
もうすぐ母の日。カノンはお母さんに、フウカはおじいちゃんとおばあちゃんにお花を贈ろうとする。マイが渡す相手がいない事で悩んでいると、カノンとフウカのアドバイスで大切な人にお花を贈る事に決める。
そんな時、毒毒団が新開発したネガティブタクトを持ってお花屋さんに近づいていくのだった。

ミラクルミラクルのデビューイベントに向けて、期待と不安で胸がいっぱいのカノン・マイ・フウカ。そんな時３人の元に音楽の世界から連絡がくる。音楽の国の妖精アルムとソプラから闇の帝王・魔王は破滅の歌を完成さようとしている事やミラクルちゅーんずはサウンドジュエルを集めて祝福の歌を完成させる使命がある事を聞かされる。
新たに決意を固めた３人のもとにトリマーの女性がネガティブジュエラーにされたと知らせがくる！３人は急いでチューンアップに向かう！

ついにミラクルミラクルとしての新生活が始まった。カノンは両親と離れての寮生活でいきなり寝坊の大ピンチ！昼間は学校でお勉強、放課後はレコーディングと大忙し！
そんな時、毒毒団が交通誘導の緑のおばさんをネガティブジュエラーにしてしまって通学路が大混乱になってしまう。３人はレコーディングの直前に飛び出していく。
すばやくチューンアップしてレコーディングに間に合うか？

アイドルユニットのオーディションもいよいよ最終審査。そこでとびきりダンスの上手い橘フウカが現れる。カノンはフウカのダンスに一目で夢中になる。
結果「ミラクルミラクル」に選ばれたのはカノンとフウカだった。
マイは２人にアイドル活動をしながら「アイドル戦士✕ミラクルちゅーんず！」になって一緒に世界を救おう！と話し始める。しかしフウカは戦いたくない！と言って断ってしまう。
そんな時、フウカの通っていた小学校の先生がネガティブジュエラーにされて教室は大混乱になってしまう。どうする？フウカ？