ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2 デコロラアドベンチャー

プラズマ団のアジトで不敵な笑みを浮かべ対峙する、科学者アクロマとロケット団のニャース…。
ニャースはアクロマの研究者としての力をロケット団のために使わないか？と言葉巧みに誘う。アクロマも、ニャースの有機素体としての潜在能力を引き出したいと応える。それを影から見守るムサシ、コジロウ。
早速、ニャースはアクロマの実験台となり、マシンの電波を浴びている。だが、ニャースはコントロールされないための訓練を積んでいたため、ビクともしない。電波はどんどん強くなり、突如、ニャースの目つきが変わる時が…！！真空を切るみだれひっかきを繰り出すニャース！アクロマがわざの攻撃を指示した相手は…！？

霧が晴れると、そこにはヘレナ、バーベナという女性と、“ほうようポケモン”サーナイト、“てんたいポケモン”ゴチルゼルが現れた。泉に浸されるＮ。すると、体に光をまといみるみる傷が癒えていく…！だが、ヘレナとバーベナはサトシたち人間を警戒している…。この場所は、Ｎたちの隠れ家で、人間に傷つけられたポケモンたちの傷を癒しているのだという。
さらに、Ｎの生い立ちを知ることになったサトシたち。プラズマ団、そしてゲーチスとの関係が明るみになっていく…。
すると突然、プラズマ団たちが襲い掛かかってきた！ヘレナ達はサトシたちを侵入者の仲間なのでは？と疑う！ドリュウズやピカチュウが体を張ってＮたちを守るが、一体どうなる！？

とある街を訪れたサトシたち一行とＮ。
その街では、プラズマ団が科学者アクロマを筆頭に怪しげなマシンを使って、ポケモンを操る実験をしていた。
マシンの光線をあびた一体の“あごオノポケモン”オノノクスが暴走を始めてしまい、街が一時封鎖される大騒ぎに！アイリスはドラゴンタイプに悪い子はいないと言って、無理矢理街に潜入。アイリスのカイリューがオノノクスを止めようとするが、カイリューまでもが突如暴れ始めてしまう！
さらに、Ｎは、いつも聞こえるはずの「トモダチ」の声が聞こえないという。これ以上暴れると２体の身体が持たないことを案じたＮは、カイリューとオノノクスの前に立ちはだかるが、２体の暴走は激しさを増すばかり！果たしてどうなる！？

カントー地方を紹介する「カントーフェア」にやってきたサトシたち。
特設ステージでは、“とかげポケモン”ヒトカゲが元気にご挨拶をしている。
サトシは自分の“かえんポケモン”リザードンのことを思い出す。
かつて、一緒に旅をして、最強のパートナーとして大活躍をしたリザードン…。
久しぶりにリザードンに会いたいと思ったサトシは、オーキド博士に転送をお願いすることに。
そんな中、はやくもリザードンをただならぬ視線で見つめる１体のポケモンが！リザードンをただものではないと感じ、激しい視線をバチバチと飛ばすアイリスのカイリュー…！さらにリザードンも負けじとカイリューをにらみかえす！！いきなりケンカが始まってしまうのか！？果たして、どうなる！？

タチワキシティに到着したサトシたち。
遠くで煙が上がっていたので行って見ると、ポケモン湾岸救助隊の、“しゅぎょうポケモン”フタチマル、“ふゆうポケモン”プルリル、“けいかいポケモン”ミルホッグ、救助隊隊長のヒロトが非常時の訓練を行っていた。そんな中、ミルホッグは、もっと自分も役に立ちたいと、監視係以外の仕事を熱望するのだった。と、その時！タチワキコンビナートで事故が発生！急いで救助に向かったが、なんとヒロトたちが地下の部屋に閉じ込められてしまった！
「ポケモンに危険な救助活動をさせるのは好きではない」と言ったＮだったが、施設の外で監視係をしていたミルホッグに、「センサー的な能力を貸してくれないか？」と協力を仰ぐ…！

世界征服を企むプラズマ団のとある作戦は水面下でどんどん進んでいる…。実験の有機素体として使うために捕獲した“ゆうもうポケモン”ウォーグルを運んでいるプラズマ団団員たち。だがそこに、弱るウォーグルを運び出すために、トラックに飛び込むＮの姿が…！プラズマ団員は、“ネコイタチポケモン”ザングースと“キバへびポケモン”ハブネークでＮに襲い掛かる！背中を切り付けられたＮは崖下に転落してしまう！！一体彼の目的は…！？
サトシたちはウォーグルを連れたＮとポケモンセンターで再会を果たす。だが、ウォーグルには小さな発信機がつけられており、プラズマ団によってポケモンセンターは停電に！！Ｎはサトシたちにとある提案を持ちかけるが…！？

サンギ牧場にやってきたサトシたちは、少女エリーと、“ライトポケモン”デンリュウ、“わたげポケモン”メリープたちと出会う。普段デンリュウはメリープの群れをまとめる仕事をしているのだが、これがなかなか言うことを聞いてくれないという。「かみなりパンチ」を習得すればデンリュウを認めてもらえるはずだと、エリーは奮起していたのだった。アイリスはそのコーチにカイリューを任命し、早速一緒に練習を始める。
だが気づくと、メリープが１体消えている…！さらにまた１体とメリープが消えているのだった！牧場主であるエリーの祖父は「もっと見張りにふさわしいポケモンがいるはずだ」と言い出す始末！デンリュウは絶対に大丈夫！とエリーは言うが、その影には怪しい３人組が…！？

プラズマ団の科学者・アクロマが、ポケモンを使った実験をしている。“でんきグモポケモン”デンチュラに謎の光線を浴びせ、潜在能力を引き出そうとしている。叫ぶデンチュラ…。ツンベアーやコジョンドも実験台として、カプセルに入れられている…。一体何の目的で…！？
サンギタウンにやってきたサトシたち。突然、目つきのおかしい“きのこポケモン”モロバレルたちから襲われてしまった！どうやら最近山のポケモンたちが頻繁に暴れているらしい。さらに、町の天文台に怪しい人々がいることを聞き、早速向かうことに。
だが、道の途中で、突如ピカチュウ・キバゴ、野生のポケモンたちが一気にサトシたちに攻撃を始める。驚くサトシたちを助けたのは、山男だったがその正体は…！？

新しくジムが開設されたというヒオウギシティに到着したサトシたち。ジムリーダー・チェレンの元へ向かった先には、なぜか学校が…。
この学校は、ポケモンジム兼トレーナーズスクールだった。そこで教師をしているチェレンは、ジムリーダーの資格を取ったばかりで、ジムも準備中なのだという。
一方、サトシたちのもとを離れ、放送室の機材で遊ぶキバゴ。学校中に響く大音量で音を出したことが原因で、ポケモンハウスにいたポケモンたちが驚いて逃げ出してしまった！手分けをして探すものの、デントとヤナップのコンビはコアルヒーに翻弄され、とんでもないことに…！？
さらに、サトシのミジュマルとチェレンの“ちゅうけんポケモン”ハーデリアがバトル！この勝負、一体どうなる！？

カノコタウンから船で旅立ったサトシたち。伝説と呼ばれしポケモン・レシラムにまつわる場所、「白の遺跡」を目指して…。ヒオウギシティに向かう船旅の途中、ポケモンの心の声が聞こえると言う不思議な青年・Ｎ（エヌ）と出会ったサトシたち。ポケモンの事を「トモダチ」と呼び、ポケモンと人間の関係性はどうあるべきか、を早口で語るＮ（エヌ）に思わず、ポカーンとしてしまう一同。さらにＮ（エヌ）はポケモンにバトルをさせるのは嫌いだときっぱり言い切る。
そんな中、突然ロケット団が襲いかかってきた！モロバレルのしびれ粉を浴び、ピカチュウが危険な状態に…！とっさにＮ（エヌ）が、“かいほうポケモン”ママンボウに呼び掛ける。すると…！？

イッシュリーグを終えたサトシたちは、カノコタウンのアララギ博士の元へ向かっていた。そんな道の途中で出会った新人トレーナー・ノノミ。とっても慎重な性格で、石橋を渡ることさえもためらって、道の真ん中でオドオドしていた。サトシたちはノノミを励まして、研究所へ向かう。
アララギ博士やオーキド博士にイッシュリーグの報告をしたサトシは、カントー地方へ戻る決意をする。するとノノミが研究所へやってきた！
散々悩んだ末に、一番最初のポケモンを“ひぶたポケモン”ポカブに決めたノノミはサトシと組んでＶＳデント＆アイリスとタッグバトル！バトルを楽しみ始めたノノミだったが、突然、メカがサトシたちの前に飛び出してきた！なんだか見たことのある３人組だが、一体誰…！？

激闘が続くイッシュリーグ４回戦！サトシとコテツのバトルは混戦を極めていた！なんと！コテツの相棒・リオルが“はどうポケモン”ルカリオに進化した！
ルカリオのわざは格段にパワーアップ！さらに新技を覚えていて、サトシとツタージャを追い込むが…！？
さらに、既に２戦を戦ったピカチュウがルカリオとバトル！！体力を消耗しているピカチュウは、長期戦を避けるために、スピード勝負でルカリオに挑む！ルカリオ優勢に進むバトルだったが、サトシのアイデアで一発逆転を狙う！！お互いの一撃が確実に効いて倒れこむ２体。イッシュリーグで優勝するという意地と意地とのぶつかり合い！果たして、勝利の女神はどちらにほほえむ！？