ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2 デコロラアドベンチャー

サトシ・アイリスと別れ、ヤナップと共にジョウト地方へとやってきていたデントは、とある湖で釣りをしていた。するとギャラドスが釣り上げられ、早速ゲットを試みるものの、バトルに負けてしまう。ギャラドスのかえんほうしゃでダメージを負ったヤナップを回復させるためにポケモンセンターへ向かい、そこでタケシと出会う。

デコロラ諸島を巡る旅は、ついにカントー地方・クチバシティに到着したことで終わりを告げた。同時に、アイリス・デントとの別れでもあった。３人はそれぞれの夢に向かって旅立っていった。サトシはパンジーと共に、マサラタウンへ帰ってきた。真っ先にオーキド博士の研究所にいるポケモンたちに会いに行こうとするサトシだったが、パンジーに諭されて、まず母親に会いに家に帰ることに。家に帰ってもそわそわするサトシは、結局すぐにオーキド研究所に向かう。久々にイッシュ地方の仲間たちと顔を合わせたサトシは、イッシュの冒険を振り返り、自分の夢である「ポケモンマスター」を改めて誓う。そして、パンジーがやってきた「カロス地方」に思いを馳せていると、ロケット団がまたもピカチュウや研究所のポケモンたちを狙って襲いかかってきた。

サトシたちを乗せた船はカントー地方の港町、クチバシティへ。
デコロラ諸島を巡る船旅もいよいよ終わりに近づいていた。
サトシたちがカントーに到着する前に、なんとしてもピカチュウ達をゲットしようと目論んでいたロケット団。なんと、巨大バルーンで海をゆく客船を空中に浮かばせ、船内は大混乱。ロケット団はいつものようにサトシたちのポケモンを奪いにかかってくるのだが、パーカーさんまでもがサトシたちの邪魔をしてきた。なんとそこには、パーカーさんが２人いて…！？

ガンリュウ島に到着したサトシたちは、デントの兄弟、ポッド・コーンと待ち合わせをしている中、ユキノオーが現われる。ヤナップはデントと拾いにいった木の実を分けてあげようとユキノオーに近づいたところ、突然攻撃を受けてしまう。ちょうどそのとき、ポッド・コーンが合流し、このユキノオーのトレーナーであるドラゴが、自分たちがジムリーダーを務めるサンヨウジムの道場破りであることを聞く。既にポッド・コーンはドラゴとのバトルに敗れており、ドラゴは残るデントを倒すべく、勝負を挑んできたのだった。サンヨウジムを守るため、デントは勝負を受けるのであった。

夕方に出航する船を待つため、草原でのんびりとピクニックをしながら過ごしていたサトシたち。そんな中、アイリスのちょっとした誤解でエモンガがこっぴどく怒られてしまう。ふてくされながら滑空をしていると、バランスを崩して落下をすると、そこにはロケット団が。ムサシ・コジロウのポケモンたちとバトルになるが、エモンガは「メロメロ」などを使って１体で勝ってしまう。
その圧勝劇に、ロケット団はエモンガを団員に勧誘する。
まんざらでは無いエモンガは、ロケット団と行動を共にするのだが・・・！？

サトシたちはポケモンルポライター・パンジーとともに、とある島のポケモンセンターを訪れていた。取材の記事をまとめるパンジーにかわり、ゴーゴートの様子をみることに。カロス地方のポケモン・ゴーゴートに興味深々のサトシ。そんな中、ゴーゴートのところにこの島の少年・トニーが現われる。トニーにじゃれつくゴーゴートは、ふいに角を触れられる。角に触れた人の思いを感じることができるゴーゴートはトニーの思いを感じとり、彼を背中に乗せ、どこかへ行ってしまう。
サトシたちはいなくなってしまったゴーゴートを探すなか、どうやら父親が勤める天文台に向かったのではという情報をつかむ。

デコロラ諸島のとある島に到着したサトシたちは、10数年に一度観測できるという美しいほうき星“ウッデート彗星”を観測するためにパンジーと共に山の頂上へ向かうことに。
この彗星が現われる時、山にポケモンたちが集まり、不思議な行動をとるという。
頂上にたどり着いたサトシたちは、この島の勇者と讃えられたウッデートがバトルを繰り広げていたバトルフィールドの遺跡を発見する。
薄暗い中を進むと、ピカチュウを狙うロケット団が闇にまぎれて忍び寄ってくるのだが・・・！？

サトシたちは、洞窟に住むポケモンたちに会うため、洞窟島（とう）に降り立った。そこで偶然、イブキとの再会を果たす。
イブキはこの島に「色ちがいのクリムガン」をゲットしに来たのだが、途中でカイリューとはぐれてしまったという。
そこでサトシたちはイブキのカイリューを探す手伝いをすることに。
無事イブキのカイリューを発見することができたものの、アイリスのカイリューとケンカをするひと悶着も。
その後、色ちがいのクリムガンを探すイブキと共に、森の奥の洞窟に向かうのだが・・・！？

ヤシ島（とう）に到着したサトシたちは、パンジーから“ポケモンにまつわる伝説のお宝”が近くの無人島に隠されていると聞く。ポケモンルポライターであるパンジーが、以前に海賊博物館に取材に行った際に見つけた「お宝の隠された暗号」を頼りに、無人島にたどり着いたサトシたちは、謎を解きながら宝探しを進めていく。
同じようにお宝の話を聞いたロケット団も、お宝を狙って無人島に向かうのだった。
歩みを進めていくサトシたちに次々と襲いかかるポケモンたち。
果たして無事、お宝をゲットできるの！？

ミノリ島（とう）に到着したサトシたちは、道の途中でポケモンルポライターのパンジーという女性と出会う。パンジーは“ライドポケモン”ゴーゴート、“はつでんポケモン”エリキテルとともに、カロス地方から取材のためにやってきたのだった。
ミノリ島には古い言い伝えがあり、過去の過ちが二度と起こらないよう、そして木々の実りを感謝するためにお祭りを行うようになったという。取材へ向かうパンジーについていくと、祝賀祭が行われていた。
メインイベントであるポケモン相撲の優勝商品は「きあいのハチマキ」とミノリ島特産の木の実だ。サトシはチャオブー、デントはヤナップと、アイリスはカイリューと参加を決めた！一体どうなる！？

ポケモンセンターでオオキナ島での最後の夜を明かしたサトシたち。
すると、デントもアイリスもキバゴも、顔が“ブレインポケモン”オーベムになっているではないか！さらには、ピカチュウもオーベム顔に！ビックリ仰天のサトシは、ジョーイさんとタブンネのもとへ助けを求めに走った！だが、なんと彼女たちもオーベムになっていた！外で出会ったジュンサーさんまでもがオーベム！さらにさらに、町の人々まで！
サトシが人目を避けながら恐る恐る路地裏を歩いていると、真下からサトシの名前を呼ぶ声が！そこにはマンホールに隠れているロケット団のムサシとコジロウの姿があった。２人は、仲間のニャースを探しているのだという…。オーベムの恐るべき計画とは一体！？