ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2 デコロラアドベンチャー

オオキナ島で旅を続けるサトシたち。とある夜、１０００年に７日間だけ目覚めるという“ねがいごとポケモン”ジラーチに出会う。ピカチュウたちがジラーチと一緒に遊んでいる所に、サトシも駆けていく。人間に驚いたジラーチはその場を去ってしまった。
残念がるサトシたちのもとへやってきたのは、少女ホリー。ホリーはジラーチにどうしても叶えてほしい願い事があるのだという。それは、この土地の地脈を取り戻すこと。一緒にジラーチを探すことにするが見つけることができない…。だが、必死なホリーの気持ちが伝わり、ジラーチが遂に姿を現した！しかし、そこへロケット団がやってくる！ジラーチは、ロケット団との戦いで体力を消耗してしまい…！？

デコロラ諸島の中で一番大きなオオキナ島に到着したサトシたち。島を横断する一本道を歩いて対岸へ向かう途中、とても珍しい“つちへびポケモン”ノコッチに遭遇！興奮気味のサトシは早速バトルを申し込む。驚いたノコッチは、いやなおとの攻撃！その拍子につまずいたサトシはアイリスの頭の花飾りを踏んで壊してしまう。そして、ピカチュウがわざを出そうとすると、耳を押さえたキバゴがぶつかってしまい、あえなくノコッチに逃げられてしまった。
ゲット失敗をキバゴのせいにしたサトシにアイリスはカンカン！さらに仲直りをしようとしたサトシの行動が裏目に出て、怒ったアイリスは「絶交よ！」と言い放ち、先に行ってしまう。その様子を静かに見ているデントだったが…！？

ワタリ島にやってきたサトシたちは、“さなぎポケモン”トランセルの群れが“ちょうちょポケモン”バタフリーに進化する瞬間に立ち会う。この島では、スワンナなどの「渡り」を行うポケモンたちが必ず立ち寄る寄港地であるという。
感動するサトシたちの目の前に現れたのは、一体の“いもむしポケモン”キャタピー。群れの進化に乗り遅れた様子だ。サトシは、昔一緒に旅をした自分のキャタピーを思い出し、進化のお手伝いをしたいと申し出る。
早速特訓を開始するが、すぐに居眠りをするキャタピーにサトシたちもタジタジ！そんな中、“とうみんポケモン”リングマの縄張りに入ってしまいピンチに…！だが、キャタピーは小さな体で大きなリングマに立ち向かう！一体どうなる！？

デコロラ汽船の食糧庫から高級な食料を奪おうとしているロケット団。そこへ“おおあごポケモン”アリゲイツと“ふんしゃポケモン”オクタン、“みずうさぎポケモン”マリルリがやってきて、食料を横取りしてしまった！船上をダッシュで駆け抜けるポケモンたち！
警報音を聞いたサトシたちも彼らを止めようとしたが、あっという間に、海で待機していた仲間“みずどりポケモン”コアルヒーのいかだで逃げ去ってしまう。とんでもない悪さをするポケモンの海賊団にジュンサーさんも困り顔だ。彼らのアジトを突き止めるためリザードンが追跡開始！海賊行為をやめるよう説得するツタージャ、チャオブーの気持ちは届くのか！？ニャースは、食べ物の恨みを晴らそうとするが…！？

サトシたちは、ポケモン研究の第一人者であるオーキド博士と合流するため、“プラズマポケモン”ロトムが多く生息していることで有名なムトロ島へ向かった。
博士は「ロトムのフォルムチェンジ」に関する論文を書くために、この島を訪れていた。早速、大きな広場へ向かうと、電線を伝って３体のロトムがやってきた。でんきを使って彼らをひきつけようとすると、ピカチュウのでんきをおいしそうに食べている。でんきにも好き嫌いがあるのかと、デントもマッギョに電気ショックを指示！お味の方は…！？さらに、アイリスもエモンガと一緒にお手伝い！するとロトムたちはフォルムチェンジをし、姿を変えた！
知られざるロトムの秘密が暴かれる…！？研究の成果やいかに！？

霧深い海域にあるマホラ本島へ向かっていると、霧の中からなにやら巨大な影が近づいてきた！とんでもない光景に驚くサトシたち。
そして、数十年前に巨大ポケモンの噂がマホラ本島であったという手がかりを掴み、早速噂の離れ小島へ行くことに。森を歩いていると、突然、ピカチュウが何者かの気配に気づく！そこには大きな“アリクイポケモン”クイタランが！！しかもなぜかピカチュウの攻撃が効かない！さらに、クイタランの攻撃で森が炎に包まれ、森のポケモンたちも逃げ出した拍子に、“きのこポケモン”タマゲタケのきのこのほうしがキバゴに直撃！大ピンチの中見つけた、古びたポケモンセンターで治療をお願いするが、そこは違法のポケモンセンターで…！？

「ホタチキング決定戦」が行われるホタチ島に到着したサトシたち。
早速会場へ足を運んでみると、お祭りの会場が広がっている。そこにはたくさんのミジュマルやフタチマルの姿が！
ホタチキングの栄冠に輝いた者は、金のホタチをプレゼント＆女の子部門で優勝したミジュカちゃんのパートナーになれるという！ミジュマルはミジュカに一目ぼれ！全力で優勝を狙うミジュマル！ホタチのフォルムと曲線を競い、瓦割りでホタチの強度を競い合う…！だが、ライバルのフタチマル「シーザー」も負けていない！さらに、フタチニャルという強力なホタチを持つフタチマルも登場！！あれ？なんだかこのフタチマル、誰かに似ている…！？ホタチキングの座を掛けて、男たちが真剣勝負！一体どうなる！？

船上のバトル大会「マリンカップトーナメント」に出場するサトシたち。大会終了後には有名な宝石コレクター・リップルのコレクションが披露されるという。デントは、チョロネコを連れたあの人か！？と恐怖に慄く！そのチョロネコはというと、リップルの大切にしている宝石「レパルダスの瞳」に嫉妬をしているというのだ。一方、自分の宝石は決して他人には見せないことで有名な宝石コレクター・ショール氏。彼はリップルに宝石を譲ってくれないかとしつこく頼むが、再度断られるのだった…。
そして、大会の終了後、なんと「レパルダスの瞳」が消えてしまった！！ミルホッグが監視していたというのに、一体誰がどうやって…！？助けて！ソムリエ探偵デント！！

デコロラ諸島を旅するサトシたちは、ハニー島へ到着。“はちのこポケモン”ミツハニーが集める甘いみつ「ハニーミツ」を使った食べ物が有名だ。船着場で上陸記念のくじ引きを引いたサトシに、特別賞「ハニーミツを使った151種類のお菓子食べ放題」が大当たり！観光局のガイド３人と共に、早速ハニーミツお菓子工場へ向かう…が、それはなんとロケット団！
コロモリたちの攻撃に応戦するピカチュウ！が、しかし！10万ボルトがあらぬ方向に飛んで行く！すると大量の“さなぎポケモン”コクーンが“どくばちポケモン”スピアーに進化！！両手のドクばりがキラリ！散り散りに逃げたピカチュウは、キバゴ、ミジュマルと迷子に…。そこへニャースがやってきて…！？

プラズマ団との死闘を終えたサトシたち。アララギ博士の研究所で一休みをし、カントー地方・マサラタウンへ帰還を決めたサトシだった。そこでアイリスはドラゴンマスターへの道を極めるために、デントはポケモンソムリエとしての見聞を広めるために、サトシとともにカントー地方へ向かうことを決めた！アララギ博士の提案で、連絡船に乗り、デコロラ諸島を通ってカントー地方へ行くことに。期待をよそに少々ボロい船内だ。だが、ポケモンたちの遊戯施設もあり、ピカチュウたちは楽しそう。しかし、突然部屋のドアが開かなくなってしまいビックリ仰天！サトシたちの部屋のドアも開かない！？
操縦室では、不敵に笑う３人組の姿が…！波乱の冒険の幕開けか！？

Ｎの身を案じて、ヘレナたちがやってきた！プラズマ団の動きを封じようとしたゴチルゼルとサーナイト。だが、マシンの電波が向けられ…！？
そして遂に伝説と呼ばれしポケモン・レシラムは復活してしまった！表情は怒りに満ちている…。さらにゲーチスは早速アクロマに指示を出し、レシラムをコントロールすることに成功。Ｎの必死の叫びも虚しく、レシラムは闇雲にクロスフレイムを放ちまくる！キバゴはアイリスたちを助けようと、拘束具をひっかき続ける！混乱の中、またもアクロマに狙われたピカチュウ！そこに立ちはだかったのはロケット団のニャース！国際警察のハンサムとロケット団の作戦とは！？ポケモンと人間の心が一つになった時に起きる奇跡とは…！？一体どうなる！？

ポケモンに対する思いを互いにぶつけ合うＮとサトシ。そんな中、Ｎは、遺跡の外で聞こえていたポケモンの声が聞こえなくなった、と焦る。一刻も早く遺跡の外に行かなければ！サトシとポケモンたちは力を合わせて、出口を探すために埋まった土砂を掘り続ける。
一方、外ではアイリスのカイリュー、デントのイワパレスがプラズマ団の攻撃に対して猛然と立ち向かっていた。だが、アクロマのコントロールマシンがそれを阻止！博士、アイリス、デントはプラズマ団に捕まってしまった。ロケット団はその様子を固唾を飲んで見守っている。ようやく脱出したＮとサトシたちだったが、ピカチュウがマシンによって操られてしまう！そして、遂にプラズマ団の総帥・ゲーチスがレシラム復活の儀式を始める！

サトシたちは、遺跡近くのリュウラセンの塔の前までたどり着いた。
そこへ、アララギ博士の父の助手がサトシたちを迎えにやってきた。博士は遂に、伝説と呼ばれしポケモン・レシラムが姿を変えたといわれる「ライトストーン」の在処を突き止めたのだという。白の遺跡に到着したサトシたちはアララギ博士の父とともに、早速遺跡の内部へ…。そして、博士がその封印を解いた瞬間、ライトストーンは激しい光に包まれる！さらに、サトシたちのもとへやってきたのは、あのＮだった。博士にライトストーンをどうするつもりなのかを問うＮ。博士の答えを聞いたＮは、「言うことはない。」と言ってライトストーンを奪い去ってしまう！そこへプラズマ団の姿が…！一体どうなる！？