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エルナ率いるキラボシ共和国は地球を征服し、Y学園もキラボシ共和国の領土となってしまった。「そんなことは断じて認められない！」と、ラント率いる地球血盟生徒会はキラボシ共和国軍隊に対抗しようとするが、キラボシキャッスル内の「TJG（トランス・ジャミング・ジェネレータ）」によってウォッチが無効化されてしまい、変身できなくなってしまう。そこでラントは、学園ポリスと学園マフィアで連合軍を結成してエルナに挑むことにする。しかしその矢先、ラントはエルナに拉致され、見せしめのために処刑されることに。何としてもラントを助けたいクウカが、ついに動き出す！

マゼラの母船から放たれたビーム攻撃により破壊されるY学園。しかし、マタロウが目を覚ますと、学園はひっそり静まり返っていた。どうやら学園はまるっと砂漠の真ん中に転移してしまったようだ！！　Y学園をもとに戻す手がかりを探すため学園内をくまなく調べるジンペイたちだが、生徒たちが突然パンで殴り合いを始めたり、おかしな暗いダンスを踊りだしたり・・・と、どこへ行っても変な現象が起こる。そんな異常現象が起こる現場には必ずある人物がいることに、マタロウは気づくが・・・？！　一方、Y学園がどこに飛ばされたのかが気になるチアキと九尾は、ふたりで調査を始めるのだった。

UFOから無数のエイリアンが降下し、宇宙からの本格攻撃が始まった！　さらには犬のような見た目の５人組「イヌー特命隊」がY学園に上陸する。とてつもない戦闘力を誇るイヌー特命隊だが、チアキは彼女たちに見覚えがあるような気がして・・・？　各々が変身し戦い始めようとするそんななか、エマはジンペイが落とした召喚メダルを発見し、ジンペイにそのメダルを届けるため、危険をかえりみず駆け出してしまう。すると、つまずいたエマが変身しようとしているジンペイにぶつかってしまい・・・！　果たしてジンペイたちは、この戦いに勝利することができるのか！？

エマが「キラボシ共和国」に連れ去られてしまった！　エルナいわく、エマの中には大きな力が秘められており、それをエルナの“ボス”が懸念しているらしい。エマが風紀タワーに連行されたという目撃情報を得たラントは、さっそく特殊諜報チームを編成。エマの救出、そして一般の生徒たちを操る電波を発する「エルナチャーミングマッシーン」を破壊するため、特殊諜報チームに任命されたジンペイたちは風紀タワーへの潜入を試みる。ジンペイたちはこのハードなミッションを無事遂行できるのか？！

ついに明らかになる、本当に本当の来星ナユの正体！　ナユはN星人を倒すという、ジンペイたちと同じ目的を持っていることがわかった。その志を胸に、ラントはここに「地球血盟生徒会」の結成を宣言する。地球血盟生徒会初のミッションは、現在風紀委員会側についている学園ポリスを懐柔すること。元風紀委員長であるナユの手腕によって容易に学園ポリスを味方につけ、ラントは風紀委員会の解散を命じてエルナにプレッシャーをかける。エルナは意外に素直に命令に従うが、数日後、日本から独立して国を作ると宣言する。　その真の目的とは？

ラントが生きていたという嬉しい衝撃により、これまでの記憶を取り戻したジンペイたち。完成した「URウォッチ」を使ってジンペイはミケッティオを無理やり憑依し、新妖怪ＨＥＲＯ・アースウォーカーへと変身を遂げた。　アースウォーカーはさっそく、新たに派遣されてきたピットブルと対峙するが、あっという間に倒してしまう。するとエルゼメキアが現れ、ラントを卑劣なやり口で亡き者にしようとするが・・・。そんな絶体絶命のピンチを救ったのは、なんとあの男だった・・・！？

妖魔界・最悪最凶、極悪ランキング100年連続1位の座を誇る妖怪「ミケッティオ」が姿を現した！　ミケッティオは、自分の体と魂を不安定にしている人間・・・すなわちジンペイを始末しようと、突如襲いかかってくる！　ミケッティオの姿が見えないジンペイは、ただならぬ恐ろしい殺気だけを感じとってとにかく学園中を逃げまくる！　このままではジンペイが危ない！　そんななか、首輪のようなものを手にしたクウカがジンペイのもとにかけつける。

穏やかな日常を過ごすジンペイたち。でも、何か大切なことを忘れている気がして、胸がモヤモヤする。そんななかジンペイが、「思い出して・・・あなたたちのやるべきことを・・・」と夢の中で謎の少女が呼びかけてきた話をすると、コマも同じ少女が夢に出てきたという。そのころバケーラたちは、エルゼメキアが作った結界の牢獄に幽閉されていた。狭い中に押し込められたストレスで、バケーラとゴロミ、ブルポンの間でケンカが勃発！　次第にエスカレートし、3匹からピリピリと電気のようなものが放たれて・・・？！

天見エルナこと侵略魔少女エルゼメキアが、新たな風紀委員長に就任してしまった。一方、エルゼメキア、宇宙傭兵ドーベルの異次元の強さを目の当たりにしたジンペイたちは、それに対抗し得る新たな戦力を求めて、砂漠エリアにある第3のYサークルを目指す。しかし、ジンペイたちは水も持たずに出てきてしまい、生徒会に応援物資を持ってきてほしいとお願いするのだった。ラントに頼まれて砂漠への出発準備を進める生徒会メンバーたちだったが・・・。

パワーアップできる新兵器を作ってもらおうと、Y研に相談しに来たジンペイたち。するとクウカが新型のYSPウォッチ「URウォッチ」の存在を明かすが、まだ開発中だという。代わりに、学園内に潜む宇宙人を見つけ出せる装置「Nビーコン」を試してみてほしいと、クウカはジンペイとラントたちにそれを託す。さっそく全生徒が通過する校門前と本校舎前にNビーコンを設置し、様子を見るシンペイたち。ところが、数日経ってもまったく反応がない。そんななか、マタロウがひらめいて・・・？！　はたして、ナユを操る宇宙人をあぶり出すことはできるのか？