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不正をこじつけて特定の部を廃部させる風紀委員会。彼らは学園ポリスを使って半ば強制的にターゲットの部を廃部に追い込み、生徒会以上の地位を確立しつつある。そんな風紀委員会と均衡を保てる力を手にするため、霧隠ラントは学園を裏で牛耳る学園マフィアを味方につけることに！組織のボス「ノーズ」と接触するため、以前学園マフィアに付き従っていたメラを訪れる。ノーズは誰かの味方に付くような奴ではないとメラは言うが…。ラントとYSPクラブのメンバーは、学園マフィアの根城「体育倉庫ソシアルクラブ」へ向かう！

Yチューバーデビューをすることにしたジンペイ。どうすれば人気動画が撮れるようになるのかを教えてもらうため、YSPクラブのメンバーは、人気Yチューバーのヨコキンを訪ねた。さっそくヨコキンは、動画に撮りながら人気Yチューバーになる方法をジンペイに教える。そこでネタにされ面白くないジンペイだが、動画の再生数は数万超え！
そんな中、ヨコキンがY学園のHPリニューアル記念に動画を作ってほしいとえんら先生から直接頼まれたと知り、自分もやる！と言い出すジンペイ。
昼寝以外は寝ずに考えた、人気動画を撮る秘策とは？！

最近毎日変な夢を見るというエマが、ジンペイたちYSPクラブへ相談しにやってきた。その夢には毎回、赤い服を着た金髪のツンツンヘアの男性が現れて、「目覚めよ…時が満ちようとしている」と語りかけてくるという。同じ人が何度も夢に出てくるのは、前世でつながりがあったから？…ということで、エマとジンペイたちは、前世的中率100％で話題となっている新設クラブ「ゼンゼン前世解明部」を訪ねてみることに。「ゼンゼン前世シアター」という装置で、まずはマタロウの前世を映画のように観賞することになったが、そこに映ったのは…？

ある日、えんら先生に呼び出されたジンペイたち。なにやら見てほしい映像があるらしく、その映像を見てみると、今まで戦ってきた怨霊たちの映像の中に、なぜかいつも国語教師の臼見沢が映り込んでいることに気づく。怨霊を狂暴化させていたのは、まさか臼見沢先生！？ジンペイたちは、さっそく臼見沢の尾行を始めるが、人助けばかりしていて怪しい様子はなさそうだ。しかしある日、ラントが誰もいない美術室へ入っていく怪しげな臼見沢を目撃。しばらく美術室のほうを見張っていると、なんと、ある人物が美術室から出てきて…！？

ジンペイたちは、ESPクラブの外楽ユウリがカード透視のショーをしているところに出くわす。名前が似ているということで、ESPとYSPを混同するジンペイ。ユウリも「クラブ名が似すぎているのが気持ち悪い」と思っていたようで、なんと超能力バトルで負けたほうがクラブ名を変更するという勝負を挑んできた！その勝負を受けてたったジンペイだが、超能力が使えるはずもなく、YSPクラブにとってかなり不利な勝負に…。しかし、フブキのアイディア で、ユウリには見えないバケーラたちを使って対抗することに。勝負の行方は…！？

商品の取り合いをし、店内をめちゃくちゃにしてしまったジンペイたちは、罰としてYマートでアルバイトをすることに。働いていると、次から次へと変なお客さんばかりがやってきて、何かおかしい！店長の黒田鬼一に事情を聞いてみると、先代の店長であった父親が亡くなって以降、こんな状態が続いているという。ジンペイたちが調査に乗り出すと、なぜか監視カメラからの映像が動画サイトにアップされているのを発見。あやしんだフブキが、いろいろな道具を使って監視カメラを取り外そうとするが、不思議な力ではじかれてしまい…！？

最近コマの様子が何かおかしい。ジンペイたちが図書館へ向かうコマの後をつけてみると、コマの隣に美少女が！どうやら、偶然図書館で出会った大空サオリに一目惚れしたらしい。ジンペイたちは、コマの告白作戦を成功させるため、ちょうどYSPクラブに相談に来た生徒をマタロウに押し付け、告白の達人・九尾のもとに向かう。一方、取り残されたマタロウは、仕方なく生徒の相談に乗ることに…。話によると、最近学園内で生徒失踪事件が起こっているらしく、親友も姿を消してしまったという。マタロウは事件解決のため、ひとり調査に乗り出す！

トワイライト７のメダルを全て揃えたジンペイたちは、えんら先生の指示で、次なるYサークルを目指すことに。その頃、Y研には風紀委員が突然やってきて、学校に許可なく危険な実験を行った罪「校内危険行為法違反」により、雲池クマ子をはじめとするY研のメンバー全員を隔離謹慎処分にすると言い出していた。窮地に立たされたクマ子は…。

「YYセレクションフェスティバル」を見て回るジンペイたちのもとに大きな歓声が聞こえてきた。どうやらクイズ研究クラブ主催の「Y学園に関するクイズ大会」が開催されるらしい。賞金100万円と聞いたYSPクラブの面々は、賞金の使い道を妄想しながら、大会に参加することに！クイズに正解し、どんどん次のステージへ進んでいくジンペイたちだったが、同じく生徒会長・霧隠ラントも勝ち進んでいた。クイズ大会も終盤に差し掛かり盛り上がる中、発表されたクイズのテーマは…なんとYSPウォッチ！YSPウォッチの秘密が、今明かされてしまう！？

新入生のクラブ勧誘イベント「YYセレクションフェスティバル」が開催。いろんなクラブを見て回るジンペイたちは、新作VRゲームのテストプレイができるゲーム研究会の部室にやってきた。部長のホリコシUGに出迎えられ、ジンペイたちは早速ゲームの中にログイン！すっかりテストプレイを楽しんだジンペイたちが外へ出ると、突如警報が鳴り響く。なんと、先ほどのゲームに出てきた強敵キャラ「ダークアサシン」がリアルな世界に出現して、生徒を襲い始めてしまった！？