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ナユの体は何者かに遠隔操作されているという仮説を立てたクウカ。その説が当たっていれば、電波を辿って真の敵の正体を突き止められるかもしれない！　そのためには、Y研の再結成が不可欠だという。一方、乾タカヒコという生徒から「夜中に部屋を荒らされた」という相談を受けたジンペイたち。「満月だったので狼男のしわざかも？」と話をしていると、モグモグ月見バーガーを片手にフブキがやってくる。バーガーに挟まったまんまるの目玉焼きを見たタカヒコは、様子がおかしくなって・・・。

新学期。学園の各所で銀色の宇宙人らしき者の目撃情報が相次ぎ、ジンペイたちYSPクラブは捜査を開始。ジンペイたちが情報のあったYマートに聞き込みに行くと、なぜか雑誌だけがすべて盗まれたとの証言が。さらに九尾はえんら先生の秘蔵写真集を、学園長は本棚の本を盗られたという。そのころ、生徒会も学園内の監視カメラを分析。宇宙人が本格的に動き出したことを悟ったラントたちは、学園マフィアと共に行動を開始するのだった。銀色の小さな宇宙人の正体とは！？

夏休み最終日。みんなで夏休みの宿題を片付けていると、帰省しないコマを心配したコマの母ちゃんがY学園を訪ねてきた。やさしそうなコマ母ちゃんをもてなすため、ジンペイたちは学園を案内しようとするが、ゴミをポイ捨てした生徒を見た母ちゃんは鬼の形相で大激怒！　コマ母ちゃんを怒らせないよう注意することにしたジンペイたちだが、コマが落語の稽古をしていないことを知った母ちゃんは、いますぐコマを退学させて家に帰らせようとする。コマはY学園での生活を死守できるのか？

夏休みに入り、九尾は実家へ帰省することに。雑誌のモデルとして活躍しながらも文武両道で、財閥の御曹司だという噂もある九尾を待っていたのは、家柄を重んじてプレッシャーをかけてくる父、教育と託つけて子どもを束縛する母、ケンカ腰で嫌味を言ってくる兄・・・。相変わらずの家族と接して違和感を覚えた九尾だったが、かわいがっているオウムのステファニーに出迎えられて、その違和感は確信に変わる。そして、どんどん家族の態度がおかしくなって・・・？！

ジンペイたちは今日もキャンプの真っ最中！だが世間は、Y学園の動物園から、人気のゴリラ「モヒカン五郎」が脱走したというニュースで朝から大騒ぎだった。わいわいキャンプエリア方面に逃走したとの情報がある中、そんなことはつゆ知らず、ジンペイたちは牛肉ステーキの旨みを超える、伝説の巨大キノコを探していた。キノコ捜索班と調理用の薪を調達する班と、二手に分かれて行動することになり、クウカはラントと一緒に薪探しへ。ラントに自分の正体を伝えたいクウカにとっては、せっかくのチャンスだったのだが…？

Y学園は明日から夏休み！寮に残っているのはジンペイ、コマ、マタロウの3人だけだったが、ジンペイはキャンプに行こう！と言い出す。それを偶然聞いていたクウカも、キャンプ場で未確認飛行物体が確認されたと聞いたラントも参加し、5人は学内のわいわいキャンプエリアへ向かうことにする。YSPクラブの面々を目障りに思っているナユはそれを知り、キャンプ場内の危険な場所でジンペイたちに「うっかり」命を落としてもらおうと企む。まずは風紀委員のシノブに、料理に激辛スパイスを混ぜて来いと命じるのだが…。

部長の雲池クマ子の退学処分以降、Y研は風紀委員会によって廃部に追い込まれてしまった。そんなY研の部員だった博野ハルキが、マタロウの特撮ヒーロー同好会に入部することに。お互いに好きなヒーローが同じで、さっそく意気投合する二人。するとマタロウは、YSP基準を満たしていない自分のような生徒でもヒーローになれる変身ウォッチを作ろうと提案するが、ハルキは頑なに拒否する。そこへクウカがやってきて、マタロウが憧れる「シャイニングボーイ」に変身できるウォッチが作れると言い出すのだが…。

Y学園に美少女の転校生がやってきた！彼女の名前は七雲クウカ。2年生のラントのクラスに転入してきたのだった。その美貌は瞬く間に学園中で話題となり、クウカを見ようと大勢の生徒が教室をのぞきに殺到するほど。登校中の突然の出会いからクウカにメロメロのマタロウが、ジンペイの後押しで学校案内役をしようとするものの、結果あっけなく撃沈。そしてなぜかクウカは、ラントに学校案内を頼むのだった。どういうわけかラントに興味がある様子のクウカ…はたして彼女の正体とは？そしてクウカに目を付けている風紀委員会の考えは一体？

ナユが異星人に憑依されている確固たる証拠がほしいラントとジンペイたちは、ナユの動向を徹底的に偵察することに。しかし、ナユはまったくおかしな様子を見せない。それどころか、服屋でワンピースを試着したり、草原で四葉のクローバーを探したり…と、乙女すぎるほど乙女だ。異星人に体を乗っ取られていたら、別人のように変わった時期があるに違いない…そう考えたラントたちは、全生徒のデータを管理する学園のサーバーをハッキングしてもらうため、「正義のハッカー研究会」を訪ねる。だが、部室にはギャルしかいなくて…？！

バイパーコネクターを使った変身で現れた「スカイスネーカー」が、ジンペイたちに襲いかかる。ギターのような武器を構え、弦をヘビーに弾くと、その波動でジンペイは吹き飛ばされてしまった！「ブルームーン」に変身しても、思うように近づけず、変身を解かれてしまったジンペイは生身でスカイスネーカーを相手することに。
戦いの末に話を聞くことになった蛇山チアキは、ラントが学園マフィアを味方にしたい理由は「宇宙からの侵略者たちと戦うため」と言うと、ハッとして胸倉につかみかかる。チアキの過去には一体何が…？