遊☆戯☆王ＡＲＣ-Ｖ

シティの混乱が増す中、ランサーズを率いた零児がついに動き出す！その頃、デュエルチェイサーを難なく跳ね除けたジャックは一気に遊矢を追い詰め、一方の遊矢は自分のデュエルでその想いをジャックにぶつける!!この二人の魂がさらなる高みへとデュエルを導き、新たなモンスターを呼び覚ますのだった…！

ジャックが待つデュエルパレスにたどり着いた遊矢は、自分の決意をジャックにぶつける！遊矢vsジャックの決勝戦という激戦が繰り広げられるデュエルパレスに、ロジェはセキュリティを差し向け、コモンズたちはそれを追うのだった…！シティ全住民が注目する中、遊矢とジャック、互いの信じるデュエルが幕を開けるのだった!!

デュエルの決着とともに、暴徒と化すコモンズたち。切り札を失ったロジェは、シティを再び大混乱へと導く！一方、柚子の決死の願いを聞き動揺する遊矢のもとに、サムがあるメッセージを届ける。それは、ジャックから託されたものだった･･！

ジャックとセルゲイの激しいデュエルによって、大混乱に陥っていたはずのシティは静まり返っていた。セルゲイはじわじわとジャックを追い詰め、究極の選択をジャックに突きつける！ジャックの魂が込められたその答えとは!?一方、遊矢たちは柚子が捕らわれている治安維持局へと向かう！

セレナに続き柚子までも奪われた遊矢は、仲間たちとともに救出に向かう…！そんな中、シティはコモンズの暴動により大混乱に陥っていた。その強行策として、ロジェは準決勝第二試合を決行する！その対戦カードは、キングとしてシティ市民の圧倒的支持を受けるジャックとセルゲイだった…!!

遊矢とバレットの激戦が続く中、そのすぐ近くではユーゴがユーリと対峙していた…！
遊矢、ユート、ユーゴ、ユーリ、4人のドラゴンがそれぞれのフィールドに現れたその時、再び遊矢に異変が起きる!!一方、アカデミア対抗策として柚子の確保に躍起になるロジェに命じられ、セルゲイは柚子のもとへと向かうのだった…！

オベリスク・フォースの襲来により、地下施設では黒咲、権現坂、柚子が混乱の中にいた。
一方、必死に攻防を続ける遊矢だが、バレットの「紋章」効果に苦戦を強いられ次第に追い詰められていく。その頃、零羅とセレナのもとにたどり着いた素良は、自分の素直な気持ちを吐き出すが、その後方にはユーリが近づいていた…！

セレナを守るため、オベリスク・フォースと一人対峙する零羅。その体力が限界に近づいたその時、遊矢が現れる！零羅とセレナを守るため、デュエルで立ち向かう遊矢だが、オベリスク・フォースの援軍となるデュエリストは、あのバレットだった…!!命懸けでセレナ奪回しようとするバレットと遊矢のデュエルが始まる！

突然現れたオベリスク・フォースに驚く素良。ロジェはセルゲイを使い迎撃に備える。一方、デュエルを終え意識を取り戻したユーゴとユーリは再び対峙する。地上に降り立ったオベリスク・フォースに遭遇した零羅と月影は、二手に分かれて立ち向かうが、その勢いに追い詰められていく。その時、月影の前にアカデミア出身の素良が現れ!?

遊矢、ユート、ユーゴ、ユーリ、4人の意識がシンクロし凶悪化する遊矢は覇王黒龍を召喚し、クロウを追い詰めていく。異変を感じた素良は、遊矢の身の危険を案じ、クロウに協力を求める！素良の強い想いを感じたクロウは、遊矢を救うため自身の危険を顧みず全身全霊でデュエルに挑む!!しかしその頃、アカデミア軍がシティに迫っていた…！