遊☆戯☆王ＡＲＣ-Ｖ

急遽、実施されることになったフレンドシップカップ準決勝。その第一試合は、なんと遊矢vsクロウ！遊矢たちランサーズへの誤解を詫びるクロウ、一方遊矢は仲間救出のためクロウに協力を求める。互いの目的のため協力することを誓いデュエルを開始する2人だったが、遊矢の身に異変が起こり…!?

ユーゴとのデュエルに敗れ、地下施設へ送られるセレナ。しかし途中、セキュリティたちに襲撃され、身動きが取れなくなってしまう…！その窮地を救うかのように、デュエルディスクを構えた零羅が現れる!!不安を抱えながらも果敢に3人のセキュリティに立ち向かう零羅。しかし強い決意を胸に、これまでとは違うデュエルを見せるのだった！

ロジェの思惑でセレナに有利なコース変更がされる中、ユーゴとセレナの激しい攻防により、会場の盛り上がりは最高潮に達する！一方、独房内の遊矢の意識はユーゴとシンクロし、目の前にはライディング・デュエル中のユーゴと同じ景色が広がっていた。遊矢とユーゴ、2人の意識がこのデュエルを新たな方向へと導く…！

ロジェの陰謀が渦巻く中、ユーゴとセレナのデュエルが始まろうとしていた。
幼馴染のリンと似た顔をしたセレナに戸惑うユーゴだったが、セレナの一撃に衝撃を受け、全力でデュエルに挑む!!しかし、ユーゴがセレナに攻撃を仕掛けたその時、ハイウェイコースに異変が…。違和感を感じながらも続くバトル、2人のデュエルの行方は!?

フランク、アマンダ、タナーと行動をともにしていた柚子は、ついにセキュリティに包囲されてしまう！それを突破するにもDディスクがなく、抵抗する術がない…。そんな危機的状況の柚子の前に素良が現れる!! 強い絆で結ばれた2人が、セキュリティに立ち向かう!!

激しさを増していく黒咲vsクロウのデュエル！「ファントムシンクロ」でエースモンスターを復活させ勢いに乗るクロウに、黒咲は突然デュエルの中止を訴える…！
そんな声には耳を貸さずデュエルを続けるクロウ、しかし黒咲の視線の先にはとんでもない光景が!?

クロウは敵か味方か…それをデュエルで証明しようとする黒咲と、コモンズの仲間の無念を晴らすために息巻くクロウが激しくぶつかり合う!!　互いのモンスターが白熱する空中戦を繰り広げていたその頃、ロジェは「デュエルでみんなを笑顔にしたい」という遊矢の想いに賛同し、互いの理想を実現するため共闘を申し出るが…!?

デュエルに勝利した遊矢に親しげに近づくロジェ。その様子を見たシンジをはじめとするコモンズたちは遊矢とロジェの繋がりを疑う。そんな中、シンジとのデュエル中に見かけた素良の姿を追って、遊矢はデュエルパレスを飛び出すのだった。そしてついに再会を果たした2人は…!?

素良の必死の訴えにより柚子が無事であることを確信した遊矢は、逆転の一手を引き当てるため、想いを込めたドローをする。
そんな遊矢が引いたのは「使えないカード」として、サムから預かった『調律の魔術師』だった！誰もがミスドローだと思うなか、遊矢だけは『調律の魔術師』を信じ続け…!!

柚子の安否が気になり居ても立ってもいられない遊矢に、無情にもシンジとの対戦が発表される。トップス支配の世の中に革命を起こそうとするシンジの考えに反発する遊矢だが、トップスへの恨みを力に変えるシンジの猛攻に追い詰められてしまう。その時、遊矢の姿を追う1人の影が…!?