遊☆戯☆王ＡＲＣ-Ｖ

セレナに真実を伝えるため、黒咲との接触を試みる柚子の前に、赤馬零王からの命を受けたユーリの魔の手が襲いかかる！ユーリの圧倒的な力から逃れようと必死で逃げ回る柚子は、遊矢にそっくりな顔のユーゴと出会うのだった。その頃、素良と対峙する黒咲のデュエルが続いていた…！

遊矢の新たなドラゴンは、オベリスク・フォースに容赦なく攻撃する！敵を倒してもなお、何かに取り憑かれたように暴れる遊矢を必至で止める権現坂たち。一方、自分によく似たセレナと出会った柚子は、エクシーズ次元が融合次元から受けた惨劇を語り始める。

黒咲と素良が激闘を繰り広げる中、ナイト・オブ・デュエルズがカードに封じられるのを目の当たりにした遊矢は怒りの感情を抑えきれず、オベリスク・フォースにデュエルを挑む！しかし、オベリスク・フォースの卑怯な戦いに追い詰められ、次第に我を失いそうになる遊矢に「魔術師」が新たな導きを示す…！！

柚子VSデニスのエンタメ・デュエルが繰り広げられる一方、遊矢は「古代遺跡」エリアでついに黒咲を見つける！互いに疑問をぶつけあう遊矢と黒咲だが、ナイト・オブ・デュエルズの襲撃を受けバラバラに吹き飛ばされてしまう。更に、2人の前には消えたはずのあのデュエリストが姿を現す・・・！？

遊矢のピンチに突如現れたのは、LDSの留学生「デニス・マックフィールド」！！華麗なデュエルで梁山泊塾の竹田・梅杉の攻撃をかわし遊矢を助けるデニス。一方、勝鬨とのデュエルを思い出し、相手への攻撃を躊躇う遊矢…。今度こそ「自分のデュエル」で勝利することができるか!?

2回戦を勝ち抜いた遊矢たちは、「バトルロイヤル」で戦うことに！！
4つのアクションフィールドと、そこにばら撒かれたペンデュラムカードを巡り、「氷山」エリアでは柚子と権現坂がLDSの留学生と激突！一方、「火山」エリアの遊矢は、塾の汚名挽回を狙う梁山泊塾の竹田と梅杉による1対2のデュエルに苦戦していた。

柚子に似たその少女の名は「セレナ」。なんと零児とセレナは過去に「融合次元」で出会っていた！！父、赤馬零王を追い次元を飛んだ零児と、零王からの解放を望み次元を飛んだセレナ。二人の再会により、ついに赤馬零王の野望と、舞網チャンピオンシップの本当の目的が明らかに…！！

柚子や権現坂の2回戦が進むなか、LDS所属の志島北斗が何者かに襲われ不戦敗になってしまう。北斗を襲った犯人を追う零児は、柚子によく似た一人の少女のもとにたどり着く。その時、少女の従者が零児にデュエルを仕掛ける！何かを確かめるようにデュエルをする零児…いったい少女は何者なのか…？！

舞網チャンピオンシップ、遊矢の2回戦の相手は、武闘派・梁山泊塾の「勝鬨勇雄」。
勝つことが全て、という勝鬨に対し、エンタメ・デュエルで勝鬨を笑顔にさせようと奮闘する遊矢。しかし勝鬨の強引で手荒なデュエルに次第に追い詰められていく遊矢に異変が…！！

ユートとユーゴの戦いの後、意識を失い2日間の眠りから目を覚ました遊矢は、ユート、ユーゴと出会った夜のことを柚子に語り出す。「次元」にまつわる衝撃的な話の真偽を確かめるべく、ユートの「ダーク・リベリオン」を手に、遊矢と柚子はユートの仲間である黒咲のもとへ走る。