自分が何者なのか知る決意をした闇遊戯は、杏子とともに古代エジプト展に向かう。そして地下展示場にある石版を見て、自分は古代に千年パズルに封印された王の魂なのだと確信するのだった。その頃、海馬はイシズから託されたオベリスクの巨神兵の力を試すため、最強デッキをセットされたデュエルロボとのデュエルを始めていた…！

表遊戯の計らいで、闇遊戯と杏子のデート。ダンサーになる夢を語る杏子に不良ダンサーが絡む。ダンサーとのデュエル勝負に勝った遊戯は杏子と共にエジプト展に向かう。

エジプト考古局のイシズが海馬を呼び出し、デュエルモンスターズの原点となった古代の壁画を見せる。海馬は古代エジプトでのデュエルのイメージを見る。さらにイシズは盗まれた神のカードのことを語る。

狂気に駆られたキースが、千年パズルをバラバラに壊してしまう。パズルが鎖に固定されているため、炎に囲まれながらパズルを組み立てようとする遊戯。はたして完成できるのか!?脱出できるのか!?

遊戯の千年パズルを奪い取り、デュエルを申し込む謎の占い師、実は何者かに操られたバンデット・キースだった！次々に繰り出される強力なレアカードに苦戦する遊戯。

遊戯は最も信頼するブラックマジシャンの召喚に成功。遊戯は勝利し、御伽は引き下がる。ＤＤＭはＤＭと並んで、偉大なるゲームデザイナー・ペガサスの遺産として評価される。

終盤戦。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。絶体絶命のピンチ。

遊戯は、ペガサスが残したもうひとつのゲーム「ダンジョン・ダイス・モンスターズ」での闘いに引き込まれる。御伽が勝ったら、遊戯は二度とデュエルモンスターズをプレイしないと約束する。慣れないゲームに苦戦する遊戯。

転校生・御伽龍児が現れ、城之内や遊戯に対して挑発的な態度をとる。新しいパッケージを開けてのデュエルで、御伽が城之内を倒し城之内は犬扱いされる。怒る遊戯に御伽が挑みかかる。「次はお前だ！」

モクバが海馬と出会う。遊戯たちに合流し、最終ボスを倒す。ゲームに介入しようとしたビッグ５をバーチャル世界の中に閉じ込めてしまう。