城之内のカードは、羽蛾の寄生虫パラサイドに寄生されて攻撃が無力化。しかも強力なグレート・モスを召喚され絶体絶命！だがこのピンチに、魔法カード悪魔のサイコロと天使のサイコロで力を逆転！グレート・モスを粉砕する。しかし羽蛾は、さらなる奥の手、昆虫族最上級のインセクト・クィーンを召喚する。場の昆虫族からパワーを得るクィーンは、昆虫化した城之内のカードからもパワーを得てしまう！

童実野市でバトルシティが続く中、街で再会する遊戯、舞、城之内。互いに勝ち残る意気込みを見せる。だがその城之内がデュエルディスクを奪われてしまう！偶然出くわした杏子たちの協力でディスクを取り戻すが、それがインセクター羽蛾の罠だった！そうとは知らず、羽蛾に挑戦する城之内。しかもレアカードとパズルカード、２枚を賭けた勝負をする事になってしまう！

グールズの刺客パンドラと対する遊戯。互いにブラック・マジシャンを失ってしまう二人。だがパンドラはまだ２枚もブラック・マジシャンをデッキに持っている。唯一のブラック・マジシャンを失った遊戯は圧倒的に不利なのだ。そしてパンドラは、罠カードで遊戯のモンスターを消し去り、黒魔術のカーテンを使いブラック・マジシャンを召喚する！

マリク率いるグールズの刺客パンドラと、ゲーム屋のビルの地下で戦う遊戯。一度はパンドラのブラック・マジシャンを封じるが、トラップで復活されてしまい、ブラック・マジシャン同士で対決することになる。互いにトラップと魔法をくりだし、互角に戦う遊戯とパンドラ。その頃、反応が消えた遊戯を探し、海馬も動いていた。そして遊戯とグールズのバトルの場所をつきとめる…！

モクバの言うことを聞かずトラブルを起こす参加者の前に、海馬瀬人が現れる。彼はオベリスクの巨神兵を使って違反者を倒すが、それにより、オベリスクのカードの存在をグールズ総帥のマリクに察知される。一方、遊戯の前に現れたグールズのデュエリスト・パンドラは、３枚の「ブラック・マジシャン」をデッキに入れたブラック・マジシャン使いだった。

絽場のサイコショッカーの前に、城之内の作戦は次々と蹴散らされてしまう。あきらめかけた城之内だが、「静香ちゃんが見てるのよ！」という杏子の声援に再び気力を取り戻す。そして最後の策、ルーレットスパイダーに全てを賭けるのだった。

城之内の最初の相手は、ダイナソー竜崎を破ったエスパー絽場（ろば）。手札を次々に言い当てる絽場に、城之内は大苦戦を強いられる。しかし天使のサイコロを見抜かれた時、絽場のトリックに気付くのだった。そんな城之内の戦いを、インターネットを通じて静香と本田が見守っていた。

レアハンターの作戦を見破った遊戯だが、次のターンで「封印されしエクゾディア」は完成してしまう。「光の封殺剣」で時間を稼ぎつつ、遊戯は言葉でレアハンターを追いつめていく。

いよいよバトルシティが開幕。闇遊戯は遊戯に「この闘いは自分を探す闘いになるはずだ」と告げる。舞、羽蛾、竜崎、梶木たちも姿を見せる中、海馬が開会を宣言！遊戯が最初に出会った相手は、城之内からレッドアイズを奪ったレアハンターだった!!

１週間後のデュエルモンスターズ大会を宣言した海馬。この町に強豪デュエリストが集結するのだ。参加資格となるニューディスクをなんとかを手に入れた城之内は、妹の手術に立ち会うために病院へと急ぐ。しかしその前に、レアカードを狙う集団グールズが立ちはだかる…！グールズの狙いは、城之内の持つ「真紅眼の黒竜（レッドアイズ・ブラックドラゴン）」だった！