幼い頃、母の爽夜から不思議なおとぎ話を聞かされた草太。
成長した今でも、おとぎ話は夢として形を変え、草太の前に現れていた。
そんなある日、草太は秋葉原で夢と同じ謎の怪物に襲われる。その時、一人の少女と狼が草太を救う。その姿を見た草太は驚く。
なんとその少女は夢に出てきたあの愛くるしい少女だった！

草太をナイトメアリアンから救った少女と狼は、ファンダヴェーレと呼ばれる魔法の国からやって来た四つ葉騎士団の三銃士の赤ずきんとその仲間のヴァルだった。二人は「エルデの鍵」を持つ少年を探すために、この世界にやってきたという。そして、その少年こそ草太自身だった。そんな中、再びナイトメアリアンに襲われ、苦戦する赤ずきんたち。その時、三銃士の一人である白雪姫が現れた。

ナイトメアリアンに狙われ続ける草太。だが、赤ずきんたちの忠告されながらも父に迷惑をかけないため学校へと向かう。しかたなく、草太を守るため学校へ忍び込む赤ずきん。一方、草太のクラスに転校生の静森えりかがやってくる。草太同様、おとぎ話に興味があると話すえりかと仲良くなる草太。だが、翌日から学校で七不思議と呼ばれる謎の出来事が続出する。

草太と赤ずきんの身に危険が迫っていることに気づいた白雪姫とヴァル。二人が学校に駆けつけると、校舎は邪気に満ちた強力な魔法に包まれようとしていた。やがて、草太を探し出した白雪姫は隣にいるえりかの正体に気づく。彼女はサンドリヨンの配下、グレーテルだったのだ。草太を守ろうとする白雪姫たち。だが、グレーテルが発動させた亜空間魔法が草太たちに襲い掛かる。

ある日、草太は写生大会のため、公園にある植物園を訪れる。たくさんの花々の声を聞きながら、楽しい一時を過ごす草太。やがて、バラの声に導かれた草太は驚きの光景を目にする。そこにはバラに囲まれて眠っている少女の姿があった。彼女の名はいばら姫。それは草太の前に三銃士が全員勢ぞろいした瞬間だった。

突然、赤ずきんたちの前に現れたいばら姫にエルデへ来た理由を尋ねようとする赤ずきんとヴァル。その頃白雪姫はフェレナンド王の力が弱まり、エルデとファンタヴェーレを結ぶ道が閉ざされようとしていることに気づく。赤ずきんたちは急いでファンタヴェーレに戻ろうとする。その話を聞いていた草太がファンタヴェーレへ行きたいと言い出してしまう。

草太をおびき寄せるため、りんごを連れ去ったグレーテル。彼女は赤ずきんたちに「エルデの鍵」である草太を連れてくるよう要求する。草太に告げずに、一人でりんごを助け出そうとする赤ずきん。だが、りんごが人質になっているため赤ずきんは手も足も出せない。夜明けまでにはエルデとファンタヴェーレの道が閉まってしまう。はたして赤ずきんはりんごを救えるのか！！

赤ずきんたちに導かれ、ついにファンタヴェーレにやって来た草太。だが、フェレナンド王はすでにサンドリヨンの手に落ち、騎士団の仲間であるハーメルンも囚われの身になっていた。赤ずきんたちはハーメルンを助け出そうとするが、彼らの目の前にランダージョ率いるブレーメン暗殺部隊が立ち塞がる。

フェレナンド王を救うため、サンドリヨン城へ向かう赤ずきんたち。その途中でハンスという少年に出会い、彼が住むトアール村へと案内される。そこで草太は母が教えてくれた昔話がファンタヴェーレに伝わる『ふたつの世界の物語』だと知る。その頃、白雪姫は魔法を使ったことでハンスと喧嘩をしてしまう。なぜハンスが魔法を嫌うのか、その理由を知った白雪姫は・・・・・・。

目覚めた時と、寝ぼけている時の性格が極端に違ういばら姫。草太はその理由を尋ねようとするが、彼女に一蹴される。そんな中、赤ずきんたちは千年蕾を育てているリリという少女に出会う。リリはその蕾が咲くと人々が幸せになるという言い伝えを信じていた。だが、ランダージョの手により怪物になった千年蕾が赤ずきんたちを襲う。

再会したハーメルンと共に、母校の魔法学校を訪れた赤ずきん。ハーメルンは学校でサンドリヨンのことを調べようとするが、赤ずきんたちには何も語ろうとしなかった。そんな中、赤ずきんたちは戦いを忘れて年に一度行われる学園祭に参加する。だが、りんごだけは学園祭に参加せず、空を飛ぶで魔法を覚えようとする。

旅の途中、ワインの産地で有名な「エンゼル」の町を訪れた赤ずきんたち。草太は町の活気に誘われて、一人で町中を探索する。やがて草太は廃墟になった一軒の酒屋で地下室に謎の怪物がいるという噂を耳にする。興味を持った草太は、りんごと共に酒屋へと忍び込むのだが・・・。

ナイトメアファングとの戦いの最中、小さな村を見つけた赤ずきんたちは、そこでサラマンドラという巨大な竜を崇拝する人々と出会う。村長のカテジナは赤ずきんたちにこの村に古くから伝わるおとぎ話を話す。それは遥か昔、村に突然現れた魔物を一匹の炎の竜が倒し、村人を救うという内容だった。だが、赤ずきんたちを見つけ出したグレーテルがサラマンドラの石像を破壊してしまう！！