幼い頃、兄のヘンゼルと共に「おかしな森」で暮らしていたグレーテル。だが、ヘンゼルは幼い頃の記憶を忘れていた。その様子にグレーテルは兄がサンドリヨンに操られているのではと思い始める。兄を救うため、グレーテルは赤ずきんたちの前に現れるとある取引を持ちかける。

霧が立ち込める山間の道を進む赤ずきんたちの前に突然、魔女トゥルーデが現れる。周りの草木を灰と化していくほど強力な魔力を放つトゥルーデに苦戦する赤ずきん。やがてトゥルーデが放った魔法により赤ずきんたちは離れ離れになってしまう。トゥルーデの作り出した迷宮で次々と敵に襲われる赤ずきんたち。はたしてトゥルーデの迷宮から逃れられるのか！！

旅の途中、いばら姫が生まれ育ったエルフ族の国を訪れた赤ずきんたち。しかし、いばら姫は再会を果たしたエルフ族の人々や両親である国王と女王の前でも眠 り続けてしまう。心配する赤ずきんたちに国王は幼い頃からいばら姫が「四葉の園」と呼ばれるクローバーの咲く場所が好きだったと話し始める。だが、ある日を境にいばら姫がそこへ足を運ばなくなってしまったのだと言う。

山道でおとぎ話の歌う小鳥を見つけた草太は赤ずきんたちが止めるのも聞かず、そのまま灰が降りしきる町へと迷い込んでしまう。降りしきる灰から逃れるため町に入ろうとする赤ずきんたち。だが、町の人々は何故か赤ずきんたちを避け家へ籠もってしまう。そんな中、詩を歌っていた小鳥が赤ずきんたちに話しかけて くる。

いつも赤ずきんたちにやられてばかりのランダージョ。今日も赤ずきんたちを倒すために悪知恵を働かそうとブレーメン遊撃隊の仲間と共に赤ずきんたちの後を 追う。やがて音楽が好物だという「音楽カボチャ」の存在を知ったランダージョたちは赤ずきんたちを倒す方法を思いつくとさっそく実行するランダージョだ が・・・。

ヴァルを先頭に旅先を急ぐ赤ずきんたち。だが、沼に引きずり込まれようとする少年を助けたヴァルが巨大ナマズに襲われて毒を受けて倒れてしまう。草太は ヴァルを救うために一人、薬を探しにリドムの町へ向かう。だが、そこは夜になると狼が徘徊する恐怖の町だった！！

再び魔女トゥルーデに襲われた赤ずきんたち。トゥルーデの強大な呪文の前に成す術もなく追い詰められる赤ずきんたち。そこにハーメルンと謎の老人が現れ、 赤ずきんたちを救い出す。老人の名はサルタン。彼はファンタヴェーレを古くから守ってきた七賢者の一人であり、千年前にサンドリヨンを封印した人物だっ た。

今日は年に一度の、夜空の２つの月がまるで落花生のように重なり合う「パイルムーン」の日。赤ずきんたちはその光を浴び、パイルムーンを楽しむ。そんな中、捕らえられているフェレナンドを想う赤ずきん。そこへ、ふたたびランダージョがおそいかかってきた。プリンセスモードに変身して、ナイトメアリアンと戦う赤ずきんたちだったが…。

キュピの案内により、森を進んでいく赤ずきんたち。その途中、空の上までそびえ立つ高い塔に住んでいる女の子・ラプンツェルと出会う。彼女は、遠い国の王子様と明日結婚式をあげるのだという。ラプンツェルを祝おうと考えた赤ずきんたちは、「サムシングフォー」と呼ばれるプレゼントを用意することに。だが、ラプンツェルはなぜか悲しそうな表情。そして、そこにヘンゼルとグレーテルの影が…。

川辺で水遊びをする赤ずきんたち。そこで偶然、ノドにガラスのクツをつまらせていた大きな魚を助けることに。そのガラスのクツをりんごがはいてみると、とつぜんクツが回り出し、りんごは川に流されてしまう。りんごを助けるため追いかける赤ずきんたち。だが、さらに草太も川に飲みこまれてしまった。意識をうしない、おとぎ話の中をさまよう草太。彼はそこである少女と出会い…。

ある雨の日、草太はお母さんの小夜と再会する夢を見る。そしてなんと、その夢はすぐに現実となることに。小夜との再会をよろこぶ草太。赤ずきんたちも２人の再会をうれしく思う。だが、ヴァルだけが小夜に対してうたがいの目を向けていた。その直後、ナイトメアリアンにおそわわれた草太は、幼いころの悪夢を思い出してしまう。そして草太は、小夜といっしょに元の世界にもどりたいと赤ずきんたちに話すのだった。

峠の市場をおとずれた赤ずきんたち。そこは、たくさんの旅人たちでにぎわっていた。さまざまなテントの店がならんでいる中、白雪姫はとある雑貨屋で１本のクシを見つける。古いけど美しいそのクシに心をうばわわれる白雪姫。だが、赤ずきんが白雪姫の髪にそのクシをさした瞬間、光が周りを包みこみ、ひとりの少女があらわれた。それはなんと、おさないころの白雪姫のすがたで…。

ウィザースベルの町についた赤ずきんたち。そこには、白雪の故郷をうばった魔女が住んでいるという。いつもとちがい、敵を警戒する白雪。その前に、美男子の青年デュードがあらわれ、白雪をちやほやしはじめた。そのころ、教会をおとずれていた草太は、マレーンの肖像画を見つける。そしてその絵は光を発し、草太は絵の中へ吸いこまれてしまうのだった。