赤ずきんたちは、ついにサンドリヨンの城へとたどりついた。サンドリヨンとの戦いで草太やりんごの身に危険がおよんでしまうことを心配した赤ずきんたちは、２人をのこして城へ向かおうとする。だが草太は、「おとぎ話が何を語りたいのか、その答えを自分自身で見つけたい」と赤ずきんたちに語る。草太の気持ちを知り、いっしょに行くことにした赤ずきんたち。だが、その城そのものがサンドリヨンのワナで…。

赤ずきんとグレーテルの戦いの最中、草太は洞窟へ落ちてしまった。そこはドワーフ族の国の入り口で、草太は彼らに捕まってしまうことに。草太を助けるため、赤ずきんたちはドワーフ族の国へ向かう。ドワーフ族の長老のところに案内された赤ずきんたち。平和を愛する長老は、草太が災いの元だと考え、国から追い出そうとする。その時、ランダージョがあらわれて…。

赤ずきんとの戦いで、グレーテルは草太とともに谷底へ落ちてしまった。そして、いちごの森にたどりつくが、これまでの赤ずきんとの戦いでキズついていたグレーテルは、その場にたおれこんでしまう。草太や赤ずきんたちに看病されるグレーテル。そこへ、ランダージョとともにあらわれたヘンゼルが、赤ずきんたちにおそいかかってきた。ヘンゼルは妹のグレーテルにまで攻撃してきて…。

すでに廃墟（はいきょ）となっているヴィーゼ村にやって来た赤ずきんたち。そこは赤ずきんが生まれた村で、彼女がヴァルと出会った場所でもあった。いつものように明るい赤ずきんとヴァル。しかし、彼らが無理をして元気にふるまっていると思った草太は、その夜、ヴィーゼ村で起こった悲しいできごとのことを赤ずきんから聞くのだった。それは、赤ずきんにとってもヴァルにとっても永遠に忘れることのできない過去のお話で…。

ジェドとの戦闘中、赤ずきんはヴァルの過去を知ってしまう。それは、ヴァルがジェドの弟であり、それが理由で赤ずきんの故郷が悲劇にみまわれたということだった。その事実を知った赤ずきんは、戦いに集中できなくなってしまう。そんな２人が心配でしかたがない草太に、ヴァルは11年前のことを語り出すのだった。

いつの日か、ランダージョといっしょに劇場で演奏会を開きたいと思っているブレーメン遊撃隊。しかし、彼らが慕っているランダージョは、失敗をくりかえしていることをサンドリヨンやヘンゼルから責められていた。ランダージョがおいこまれていると知ったブレーメンたちは、彼を助けるため、ナイトメアリアンになることに…。

サンドリヨンにさからったため、牢（ろう）に入れられていたグレーテルは、兄・ヘンゼルのことを心配していた。そんな彼女に、とつぜん、サンドリヨンの命を受けたヘンゼルがおそいかかってきた。必死になって外へと逃げ出したグレーテルだったが、兄から命をねらわれたことにひどく心を痛めるのだった。そしてグレーテルは、赤ずきんたちに助けをもとめることにするが…。

おさない妹をまもるために、邪悪な魔女サンドリヨンにさまざまなことを教わったヘンゼル。そして、そんな兄に追いつくため、必死になっていたグレーテル。だが、2人のきずなはサンドリヨンの手により失われてしまっていた。兄を救うために、新たな仲間・赤ずきんたちとともに前へ進み出すグレーテル。だが、その前にサンドリヨンの力に支配された兄が現れる。兄を慕う妹の想いは、奇跡を起せるのか……。

赤ずきんたちは、サンドリヨンが封印されていた場所へとやって来た。するとそこには、サンドリヨンの力によってナイトメアリアンに変身していたジェドの姿があった。圧倒的な強さを見せるジェドに苦戦し、傷つけられていく赤ずきんたち。それを見ていた草太は、ついにエルデの力を解き放ってしまう。

サンドリヨンに連れ去られてしまった草太。救い出そうとする赤ずきんたちだったが、サンドリヨンの強大な魔力に苦戦してしまうことに。そして草太は、トゥルーデのしかけたワナにより、しだいに追いつめられてしまう。しかし、母・小夜を前にした草太は、トゥルーデに対して自らの意志で「エルデの鍵」の力を発動させてしまう。

ついに草太が「エルデの鍵」を解放してしまい、さらにはフェレナンドも鍵の力を発動させてしまった。ついにサンドリヨンは２つの鍵を手に入れることに。エルデにはサンドリヨン城があらわれ、人々は混乱におちいってしまう。草太を助けに向かおうとする赤ずきんたち。ところが、暗黒魔法の力に取りこまれた草太の力が、彼女たちにおそいかかり…。

２つの鍵を手に入れたサンドリヨンは、エルデ侵略を開始する。さらに、草太とフェレナンドを体内に取り込んだまま、城と一体化するサンドリヨン。このままでは草太とフェレナンドはサンドリヨンと同化してしまう。傷つきながらも、草太たちを助けようとする赤ずきんたちだったが…。

サンドリヨンとの戦いも終わり、草太はおだやかな日々を過ごしていた。ただし、そんな彼のとなりには、赤ずきんやヴァルたちのすがたはなかった。エルデとファンダベーレというふたつの世界は、人の心が育まれるまで交わってはいけないのだ。しかし、草太は新しい「鍵」を手に入れていた。それは、たがいを信じるという大切な想いだった…。