クルックの協力を得て、ガレオンへと到着したシュウ達。話し合いに応じるロギに、戦争を止めるよう頼むシュウ。しかし、ロギはそれを真っ向から拒否。それは、失われたアルバローズの民の思う気持ちと、相手が誰であっても勝利を収める事の出来る確実な自信があったからであった。そして、シュウ達の努力も虚しく、ついに白の旅団との交戦が始まってしまう。それでもまだ必死に食い下がろうとするシュウを尻目に去っていくロギ。すると、外ではアンドロポフが待っていた。

ローゼンクロイツと白の旅団の戦争は始まってしまった。だが、少しでも戦争の被害を抑えようと諦めずに戦うシュウの元に、クルック達が合流。シュウはフェニックスの能力で兵士達を戦場から遠く離れた場所へ運ぶよう頼む。両軍の戦いが激しさを増す中、ついにローゼンクロイツの新兵器・スレイプニルが出撃。火力と機動性の両方を備えた機体は、白の旅団の兵器を瞬く間に破壊していく。

戦争は佳境に入り、シュウは現れたヴァーミリアンとの一騎打ちに突入。それぞれの立場で問答を交わす中、ヴァーミリアンから『お前がプリムラを殺そうとする』と告げられる。一方、戦況を見守るタルコフスキーには焦りが見え始める。プリムラの見た神託の期間が終わりに近付いていたのだ。そしてロギと相対するフリオーソは、何としても神託の期間内に勝利を収めなければと果敢に攻め入る。しかし、ロギを追い詰めるも仕留められず、逆にアリュールら部下を失ってしまうのだった。さらに神託の時は過ぎ、途端に白の旅団の統制が崩れ始めると、ローゼンクロイツが反撃を開始。ロギは切り札の空中要塞を始動させ、一気に白の旅団を追い詰めていく。その時、上空から紅い光が落下してくる。

独断で人間を滅ぼしに現れたミヒャエル。しかし、その勝手な行動に上位生命体の長であるルドルフは、ミヒャエルの処分と共に世界を二分する巨大な壁を創りだし、戦争をいとも簡単に終結させるのだった。
一方、ジーロ及びスィーと壁で分かたれたシュウ達は、過度の瞬間移動により意識を失ったクルックの看病をしていた。そこで、シュウとアンドロポフはクルックの事で大喧嘩。ブーケとマルマロはこの状態を払拭する為に、目を覚ましたクルックとシュウを二人きりにさせ、互いの気持ちをはっきりさせようとする。

ニルヴァーナに帰還した白の旅団。プリムラは、運命は受け入れるものと云いつつ、戦争で多くの人の命が失われた事に、その胸を痛めていた。その頃、タルコフスキーとヴァーミリアンの二人は、今回の戦闘内容から運命の克服は不可能では無いと確信し、次なる運命改変となるポイントの特定を行う。そして、未来の映像から導き出された場所は、封印の地であった。その時、何者かの気配に気付くヴァーミリアン。だが、部屋の外に人の姿は見当たらない。思い過ごしかと中へ戻ると、デルフィニウムが姿を現す。そして貴重な情報を得たデルフィニウムは、何処かへと去っていく。

廃墟の街を訪れたシュウ達は、この街で美食のコンシェルジュをしていたというミシェランと出会う。何があったのか尋ねると、この街にファギーノが現れた事を聞く。

新兵器開発の為、巨壁の向こうにある開発施設への道を開こうとするローゼンクロイツ軍。その指揮を任されたマチルダは、破壊に最も適した壁付近の村の人々を強制的に退去させ、あらゆる手段を使って壁の破壊を試みる。だが、状況は思わしくなく秘密兵器・ユグドラシルの投入を決断。しかし、その破壊力はすさまじく、使用すれば村は跡形も無く消し飛んでしまうと躊躇する兵達に、マチルダは「ときに非情も英断となる」と言い放つ。
一方、村を追い出された人々から事情を聞いたシュウ達は、まだ村に人が残っていることを知り、壁の破壊をやめさせようとする。

シュウ達はヒルデガルドの試練に挑むため、理想郷をうたうモアの街を訪れる。そこで、街の代表・ユンガーをはじめ、笑顔で歓迎してくれる街の人々に大満足のブーケとマルマロ。だが、街全体に奇妙な違和感を覚えるシュウとノイは、それこそが試練に関係しているのだと察し警戒。そして、違和感の正体を突き止めるため、一行は街の人々が誰も近づこうとしなかった施設にやってくる。

街でノイが足を怪我し、身動きの取れなくなったシュウ達。一時の休息だと、ブーケに街へ連れ出されたシュウは、占い師の店を発見。占って貰う事に。そこで占い師に「自分は預言者である」と「力に頼るものは、いずれ力に滅ぼされる」と告げられる。困惑するシュウ。そんな中、いつの間にかブーケの姿が消え、その声だけが聞こえる。声を頼りにブーケを探すシュウ。その耳に別の人の助けを呼ぶ声が。迷った挙句、ブーケの捜索を優先するシュウの前に、再び預言者が現れる。それは上位生命体の長・ルドルフが変身した姿で、自ら試練を与えにきたのだった。

ルドルフ自らがシュウに課した試練の結末を見届けた上位生命体達は、いよいよ人類に対する最終評議に入る。
　太古よりこの星の観察を行ってきた上位生命体達は、二年前にシュウ達光の戦士の末裔が闇を封印したことを受け、人類へのより積極的な観察を開始。それが世界の代表としてシュウを選び、試練を与え、シュウがどのような選択を下すかを見ることだった。
　そして、これまでのシュウと仲間たちの行動や、白の旅団と復活したローゼンクロイツが始めた戦争を振り返り、人類を好戦的な種族であると判断する上位生命体達。だが、ロッタレースだけは、人類にそれだけはない何かを感じていた。

シュウ達が上位生命体の攻撃から人々を守るため奮闘する中、ヴァーミリアンらに伴われたプリムラが「クルックが白き竜に貫かれる」と神託を伝えに来る。思いも寄らぬ言葉に動揺するもクルックを救おうとする強い意志を見せるシュウ。ヴァーミリアンはその意志を確認する為にシュウを呼び出す。

ヴァーミリアンの命を賭した行動に救われたシュウ達。その想いを無駄にせず運命を克服する為、当初の目的であったズメイにはノイが向かい、ブーケとマルマロはクルックを助けに旅立つ。そしてシュウは、プリムラと共に白の旅団と上位生命体との決戦に加わろうと向かう。その道中、突如ロッタレースが現れシュウに戦うよう要求。ここでロッタレースを倒せればクルックを救えるとシュウが考えていると、ロッタレースは時間と場所を指定し、戦いまでに「人間の一番大切なもの」を考えておけと云って去っていく。

ロギが新兵器の開発を進める基地にスパイ活動で潜入し捕まってしまったジーロとスィー。二人が脱出の機会を窺っていると、そこに飛竜を率いたヒルデガルドが現れる。そして基地を守る為に出撃するロギ達を見た二人は、戦闘の混乱に乗じて脱出を試みる。しかし基地には、今まさにヒルデガルドの攻撃が迫っていた。止めようとするロギだが間に合わない。駄目かと思われた時、その危機を一機のスレイプニルが救う。