ネネとの直接対決を迎えるシュウ達。しかし、ゾラの想像以上にネネの力は圧倒的で全く歯が立たない。さらに、影を発動させたネネの前にゾラさえも敗れてしまうのだった。
絶体絶命の危機に、どうすることもできずにいたクルックが無謀にもネネに立ち向かう。すると、仲間を護りたいと強く願うクルックの想いに、彼女の中に眠っていた影・フェニックスが応え、その姿を現す。それを見たネネは空間を消し去るほどの強大な力をクルックに向けて放ち大爆発が起きる。そして、シュウ達の姿が跡形も無く消し去ったのを確認したネネは、完成させた空中要塞ガレオンを始動し全世界へ宣戦布告を行う。

ネネとの戦いに敗れたシュウ達。フェニックスを発動させたクルックのおかげで一同は一命を取り留めたものの、そのクルックの意識が戻らない状態は続く。そんなクルックの姿に、シュウは守れなかった自分の所為だと落ち込む。そこへジーロが現れ、二人は互いの思いをぶつけ合って喧嘩を始めてしまう。
　気持ちはバラバラとなり、これからどうするのかさえ見えなくなった一同の前に、盗まれた「エクストラセブン」の情報を持ったレゴラスがやってくる。

世界中の本が集められているロジックの街へと訪れるシュウ達は、街の図書館に所蔵された「はじまりの書」の写本を閲覧する。ゾラは改めてそこに書かれた内容を一同に説明し、そして世界を救った光の戦士達の末裔がシュウ達であると告げる。一方、空中要塞で侵略を開始したネネ。最初の矛先はジブラルへと向けられ、搭載された主砲によって、一瞬にしてジブラル城をその地ごと消し去ってしまうのだった。　そんな事態を知る由も無い一行。図書館での話を終え一人街の外へとやってくるシュウは、ブルードラゴンを呼び出す。

最高の情報師と噂されるホメロンの店を訪れ、文書を奪った女性を探してもらう依頼をするシュウ達。しかし、そこで働く助手からホメロンは死んだと聞かされる。別の情報師を探すしか無い一同。すると、シュウは情報師を雇う為のお金稼ぎにと、一人報酬のでかい危険なモンスターを倒しに向かう。何とか止めようとする助手だが、このモンスターを倒せないようならばネネに勝つ事など出来ないと、ブルードラゴンと共に戦うシュウ。その姿に、助手はシュウが伝説と言われた影使いであると気づく。

シュウ達とはぐれたマルマロは、見つけた宿屋で一晩を過ごす。すると、その宿を営む主人の女房らしき美しい女性を見たマルマロが突如発情し始め、サーベルタイガーは大慌て。しかし、主人は女房などいないと云うのだった。怪しむマルマロ。だが、美味しそうな料理にそんな事など忘れたように夢中で食べる。暫くして主人とマルマロが見た女性が現れると、そこには倒れたマルマロの姿が…。

フェニックスの遺跡を訪れたシュウ達が、何か隠された秘密が無いかと手分けして調査していると、突如クルックだけが遺跡の最深部へと飛ばされてしまい、その意識の中に再びフェニックスが現れる。どうすれば呼び出す事が出来るのか、クルックはその方法を聞くのだったが、その問いにフェニックスは「求めるものは力では無い」とだけ残して消え去る。そして現実へと戻されたクルックは、目の前に落ちてくるクリスタルを手にするのだった。
　その頃、文書を奪った女に強力な後ろ盾が控えている事を掴むホメロンの身に命の危険が迫る。

女の背後に潜む組織を暴こうと動き出すホメロン。まずはその可能性が一番高いグランキングダムを調べるため軍事施設に潜入しようというのだが、厳重な警備のせいで容易ではない。そこでホメロンはシュウ達に協力を求めてやってくる。すると、その軍事施設の近くにある収容所にコンラッドが捕えられているという情報も聞いたゾラの提案で、一行は陽動作戦を開始。しかし、作戦よりもコンラッドを助け出す事しか考えていないシュウは、ゾラの指示によりジーロと共に収容所内部へと侵入する。そして無事コンラッドを発見すると、そこからの脱出を試みるシュウとジーロの前にシンシアとルメールが現れる。やむをえず戦うシュウ達だが、敵の連携の取れた攻撃の前に苦戦。

シュウ達の活躍により軍事施設内部への侵入に成功したホメロンは、厳重な警備と幾重にも張り巡らされたセキュリティを次々と突破しコンピュータールームへとたどり着く。
　一方、ホメロンの無事を信じて、次の遺跡を目指そうとするシュウ達。そこへ、ギリアムが部下のトッドとビショップを率いて奇襲を掛けてくる。
その頃、グランキングダム本国にあるマスターコンピューターへのアクセスを開始したホメロンも、エクストラセブンに関する情報は一切得られず作業は難航していた。そこへ件の女が軍事施設へと侵入、ホメロンのいる部屋へと迫る。

次の遺跡を目指すシュウ達。訪れた検問所では兵士たちがブーケの話題で盛り上がっている所を目撃すると、ブーケのお色気を使った作戦であっさりと突破していく。検問所の異変に気づいて駆けつけたシンシアは、うわ言のように笑顔でブーケの名を呼ぶ兵士の姿に嫉妬の炎を燃やし、峠を進んでいたシュウ達に襲い掛かる。だが、その攻撃で足場が崩れ、シュウ達だけでは無くシンシア自らも谷底へと落ちてしまう。
谷底でバラバラとなったシュウ達。最悪にもブーケの所へシンシアが現れる。

グランキングダムの元同盟国・サバルでシュウ達と落ち合うホメロン。先の潜入活動により女の正体と文書奪取後に戦艦ノーグに搭乗していた事を掴んだが、渡航データが抹消されていて誰の元へ運んだのかは直接ノーグを調べるしか無いと言う。しかし、肝心のノーグはサバル鎮圧に向かうグランキングダムの艦隊に組み込まれていた。そこで、シュウ達はホメロンの手助けをする為、奪った小艇でサバル艦隊に紛れて戦場へと向かう。
　一方のノーグは既に役目を終えた老朽艦だった。クルー達も今回の出撃命令には納得いかないものの、自分達に出来るベストを尽くそうとする。戦闘に乗じ、無事ノーグに乗り込んだホメロンだが、ここのデータも消されていた。

墜落する戦艦ノーグから救命ポッドで脱出し、森に着陸したホメロンとクルー達。そこからサバルに向かおうと進み始めるのだが、ウルバックというモンスターに襲われ、ホメロンと艦長以外のクルー達が捕まってしまう。一方、ホメロンの安否を気遣うシュウはジーロ・マルマロと共に捜索を始める。

エクストラセブンがロギの手にあると判明し、その奪還のためロギの戦艦へと向かうシュウ達。それに対し、ロギは２つの防衛ラインを敷いてシュウ達を迎え撃つ。最初にシュウ達の前に現れたのはギリアムとその部下トッド・ビショップの３人。
ゾラは、あくまでも目的は奪還であるとシュウ達を先へ行かせ、マルマロと二人でギリアムらと戦い始める。均衡した戦闘が続く中、突如ギリアムらが奇妙な機械を発動させる。

ロギ側が投入してきた秘密兵器により、危機的状況へと追い込まれたシュウ達。そこからの突破口を見つけようとするゾラは、攻撃に耐えながら様子を窺う。一方、連携を取りつつシンシアと闘うシュウ達も、いまだ攻略の糸口は掴めず成す術が無い。それでも諦めずに立ち向かうシュウの姿に、ジーロもまた感化されシンシアへの攻撃を続ける。その戦況を見つめるロギは、圧倒的な力の差があるにも関わらず、仕留め切れずにいる現状に何かを感じていた。