グランキングダムを倒し捕らわれていた子供達を救出したシュウ達はロジックの街へと帰還する。そこで一同を待っていたのは、コンラッドやレゴラスを始め各国から集まった人々だった。ようやく目的を達した事を実感するシュウ達だが、ジーロはどこか元気が無い。さらに、ゾラがシュウ達の前から姿を消し、自分達の置かれた状況にクルック、ブーケも一抹の不安を抱き始めていた。

グランキングダムから離脱したロギは、影至上主義国家である『ローゼンクロイツ』を旗揚げし、元グランキングダム勢力であった都市を回り自身の傘下におさめていく。そしてアンドロポフには、再び旅を始めたシュウ達を監視させていた。アンドロポフは休息中に仲間から離れ一人となったクルックを狙おうとするのだが、クルックの花を愛でる姿に心を奪われ、その存在が気になり始める。
その頃、秘密裏に入手した情報により、ゾラ達の向かう先が『封印の地』である事を知ったロギは、ゾラの目的を聞きだすため奇襲を掛けてくる。

ロギの居城へと連れ去られたクルックは、影の力を封じられ逃げ出せない状態に陥っていた。そんなクルックに尋問を始めるロギ。ゾラの行動には何か裏があると考え、何を企んでいるのかを聞きだそうとするのだが、仲間であるゾラを信じるクルックに、ロギも思うようには事を進められないのだった。
一方、ゾラはクルックを助けに行くのでは無く、本来の目的通り封印の地を目指そうとする。

封印の地にたどり着いたシュウ達５人。一体ここが何なのか、ここで何をするのかをゾラに問うジーロだが、肝心な事は何も語ってくれない。一同に不安がよぎる中、そこにシュナイダー・アンドロポフと共にロギが現れる。ロギの姿を見たシュウはクルックを助け出すため戦いを挑む。応戦するロギだが、ネネを倒したブルードラゴンの力はヴァルキリーを寄せ付けない。軍配はシュウに上がったかと思われた時、ロギから新たな影・オーディンが姿を現す。

クルックの登場に喜ぶシュウ達。しかし、光の戦士の末裔が封印の地に揃い始めた事により、周囲に結界が生じ閉じ込められてしまう。危機を察するロギは、ゾラの思惑を阻止するため末裔の一人を欠けさせようとするのだが、ゾラが身を呈して守り抜こうとする。その姿に改めてゾラを信じるシュウ達。そこへ、突如デルフィニウムが現れ、この地に隠されていたデスロイを見つけ出すと、その身を捧げキメラを発動させるのだった。

突如出現した闇の球体の中にゾラが消え、呆然と立ち尽くすシュウ達。そうしている間にも徐々に広がりつつある闇から影が現れ、大地を、人を飲み込んでいく。応戦するシュウ達だが、決め手となる方法が無く、この地からの離脱を余儀なくされる。そして戦艦へと帰還したロギは、エクストラセブンにはまだ自分の知らない何かが隠されているのではと、その解析を始める。
一方、少し離れた場所へと避難してきたシュウ達の元にやって来たデルフィニウムは、闇の封印を解く鍵となった最後の光の戦士の末裔がデスロイである事を告げると、さらにゾラの思惑によってシュウ達は最初から操られていたのだと指摘。信じたくない一同だが、突きつけられる疑惑に思い当たる節が次々と浮かび上る。

闇に飲み込まれようとする人々の救済活動を行うシュウ達。しかし、いまだ闇そのものに対する手立てはなく、これからどうすればよいのか不安と苛立ちを募らせていた。そんな中、依然としてゾラの事を信じようとしているシュウにジーロが絡み出すと、それをきっかけに一同が言い争いを始めてしまう。
気まずい雰囲気のまま夜を迎え、就寝に付く一行。そこから一人川辺へとやってきたシュウがゾラへの思いに耽っていると、寝付けずに水浴びに来た全裸のブーケが現れる。

闇の封印を解いた７人の光の戦士の末裔の力で再び闇を封印できるのではないかと仮説を立てたシュウは、その協力を求めるためにロギの基地を訪れる。一方、ロギもまたその仮説を立てており、既に闇の中へ入る方法を見つけていた。しかし、そのためにゾラを倒す覚悟ができているのかと問うロギに対し、シュウ達は封印とゾラを倒すのは別だと真っ向から否定。互いに意思を譲らないシュウとロギの二人は、主導権を得るために戦闘を始めてしまう。そこへデルフィニウムが現れ、二人の戦闘に割って入ってくる。

それぞれの目的の為に再び集結した７人の光の戦士達。一同を乗せた戦艦が闇の中へ進入すると、闇の影達が現れ襲ってくる。ロギに指揮を預けられた艦長は戦艦の全砲門による攻撃でこれを対処。しかし、あまりの数の多さに、戦艦内への進入を許してしまう。
　一方、部屋でシャワーを浴びるデルフィニウムの所へシュウがやってくる。シュウはホメロンの件を許す事が出来ず、デスロイさえ居れば再封印は可能だと考えデルフィニウムを倒そうとする。

ゾラに会うため再び封印の地を目指すシュウ達の前に、闇の門番達が立ちはだかる。そこでロギは、シュナイダー・アンドロポフと残りシュウ達を先へ行かせようとする。だがシュウは、一緒に残ると言い出すのだった。見兼ねたアンドロポフはクルックに必ず生きて帰ると約束を交わし、シュウの説得を頼む。クルックはその言葉を理解しシュウを説得。そして、ロギ達以外が門を通過した時、シュナイダーが戦闘に乗じてロギも門の内へと閉じ込める。世界を救う為に判断した部下の行動に、ロギは先へ進む事を選ぶ。

封印の地でゾラとの再会を果たしたシュウ達は、闇の封印を解いたのには何か事情があるのではと各々が疑問を投げかける。しかし、ゾラはそれを一切否定。全ては世界を本来のあるべき姿であった闇に戻すために行ったのだと告げる。その目的を邪魔するのならば、シュウ達であっても容赦はしないと。シュウはそんなゾラに自分達は仲間では無かったのかと問う。その答えをも否定するゾラ。だがシュウは最後まで仲間としてゾラを止めようと戦う決意をするのだった。

ブローチを壊され、闇に飲まれ消滅するシュウ。ゾラは残るジーロ達も瞬く間に闇へと葬り、最後の希望は潰えてしまう。闇の中、目を覚ましたブルードラゴンが自身に下半身があるのに気付くと、突如聞える闇の声に、その姿こそが本来在るべき姿だと言われる。
一方シュウは、ブルードラゴンの体内に飲まれていた。そこでブルードラゴンを誘惑しようと、闇が見せる世界の真実を同調して見ていたシュウの身体が消え始める。

キラーバットとの融合により、パワーアップしたゾラ。ジーロ達が闇影達と応戦しながら見守る中、シュウは互角以上の戦いを見せる。それでもゾラから余裕は消えない。遂には無限に供給される闇の力を吸収し、さらなる変貌を遂げるのだった。