ロギの戦艦を目指すシュウ達の前に現れるルメール・シュナイダー・アンドロポフ。対するゾラは、エクストラセブン奪還の鍵を握るブーケをシュウ・クルックと共に先へ行かせる。そこへ、ルメールがゾラとの一騎打ちを仕掛けてきた為、ゾラとも分断されてしまうジーロとマルマロ。二人は先を行くシュウ達の為にと、決死の覚悟でシュナイダーらとの闘いに臨む。一方、シュウ達の前には、これまで戦況を観ていたロギが現れる。

アンドロポフらと戦い続けるジーロとマルマロの二人だが、敵の集中攻撃にマルマロが戦線から脱落。一人となったジーロを襲う絶体絶命の危機に、ゾラが駆けつける。一方、クルックの援護を受けて、ついにロギへのダメージを与える事に成功するシュウ。だが、その代償としてロギの攻撃を一身に受けたクルックが倒れるのだった。その頃、ロギの戦艦へと潜入したブーケは、特殊能力を駆使しエクストラセブンを入手する。しかし、そこにはデルフィニウムが待ち構えていた。

ブーケの変身能力によりエクストラセブンの内容を知ることに成功したシュウ達。さっそくその解読を試みるゾラは、古代文字で書かれた上に複雑に仕掛けられた暗号によって一筋縄には行かないものの、冒頭部分の解読に成功する。その内容は光の戦士達がそれぞれの影を封印した件が書かれていた。今までは可能性だけであったパワーアップが実現に近づき、シュウ達の士気は一気に高まる。

タタ村近くの遺跡へ向かう途中、村の様子を遠巻きに窺うシュウ達。そこで復興しつつある村と人々の笑顔を見たシュウは、もう二度と同じ目に合わせない為にもパワーアップしてネネを倒すのだと改めて決意する。
さっそく遺跡の調査を開始した一同。遺跡に仕掛けられた謎を解き、遺跡の最深部へと飛ばされるシュウは、ブルードラゴンと同じ姿をした黒いドラゴンと対峙する。

ジーロの遺跡へ向かう途中、立ち寄った街で仲間の元から離れて行動するジーロ。そこへ、ネネの命を受けたザボが四天王を引き連れて現れる。復讐の相手とあって一人で敵を倒そうと躍起になるジーロだが、気負うあまり本来の力を出し切れず撤退を余儀なくされる。さらに、逃げた事に対してミノタウロスと口論になると、ジーロは“強くなる”と誓った日の事を思い出す。

シュウ達の乗る小艇が故障し、代えの部品を求めて近くの村へ向かうシュウは、道中で盗賊から追われるトントという少年を助ける。そして、村へ案内されたシュウはトントの家が鍛冶屋であることを知ると、壊れた部品が見つかるのではと期待する。しかし、そこにいたのは家業を継いだ姉一人。トントの両親は影使いによって殺されたのだが、その事実を姉の冗談としか受け止めていないトントは、姉に影使いであるシュウの弟子になると言い出す。

次のパワーアップは自分の番だと意気込むマルマロは、故郷と同じ方角を示すエクストラセブン第三章が自身のものであると確信。急ぎ故郷へと向かうと、行方の分からなかった息子の帰還に喜ぶマルマロの両親。その一方で、パワーアップするにはパンツを見る必要があると自分なりに解釈したマルマロは村娘を片っ端から狙い打ち。すると、被害にあった娘が両親の元へ苦情にやって来る。シュウ達にマルマロの暴走を止めるよう指示し居残るゾラは、実は第六章こそがマルマロのものである事に気付く。

クルックとブーケが互いに次に向かうのは自分の遺跡が先だと主張し大喧嘩。そして、クルックの放った「役に立っているのか」という言葉にブーケの表情が一変するも、そこへゾラが仲裁に入る。小艇の燃料が切れかけていたのだ。敵の基地へ補給に向かったシュウ達は、そこで兵士に変装した情報師から、ネネがブーケの遺跡を狙っている事を聞く。
一路ブーケの遺跡へと急ぐ一行の前に、死んだと思われたギリアムが現れる。仲間の仇に執念を燃やすギリアムは、新型の影黒参式をシュウ達と戦わせゾラを狙う。

奪われたブーケの遺跡へと入るシュウ達をネネが待ち構えていた。一同が対峙する中、ブーケが遺跡の力で奥へと飛ばされると、ネネはブーケがパワーアップする前に遺跡を破壊すると言い出す。それを止めようと戦うシュウ達。以前と違い戦いは優勢に見えるが、ネネから余裕は消えない。しかし、思わぬゾラの力に初めて戸惑いを見せる。そこへザボが現れると、ネネはその場をザボに任せ、コンラッドらが集結しているというコリンへ遺跡を落下させる為、空中要塞へと戻っていく。

ブーケのパワーアップが完了し、自身のパワーアップも済んでいる事を話すゾラは、７人目の末裔がネネである事を告げる。驚愕の事実に信じられない一同だが、全てを終わらせるために再び空中要塞へと向かう。
一方、ネネは未だ現れないロギに代わってザボにゾラ達の相手をさせる。大量の影黒が居並ぶ部屋へと誘き出すザボ。次々と影黒を破壊していくシュウ達だが、倒した筈の影黒が元通りとなり困惑する。そんな一同をよそに、パワーアップして自信満々のブーケが影黒へと突っ込むのだが、返り討ちにあう羽目となり落胆。しかし、ヒポポタマスは自身の中に何かを感じていた。

最大の敵であるネネを前にしたシュウ達は、それぞれの決意のもと一丸となって攻撃を仕掛けていく。さすがのネネもパワーアップした一同の攻撃に防戦一方。しかし、自身の影の研究によりネネはキメラを７体に増殖してみせる。これまで優勢に戦いを進めてきたシュウ達だったが、瞬く間に形勢を逆転されてしまう。

ネネとの激戦の中、ゾラが倒され５人となったシュウ達。そしてネネは、増殖させたキメラを今度は１体の巨大な姿へと変化させる。驚愕するシュウ達だが、クルックの指示のもと力を合わせてキメラに向かっていく。しかし、何故か全ての攻撃がキメラに通用せず、シュウはネネの驚異的な力に敗れ意識を失ってしまう。残されたジーロ達は必死に抵抗するも、次々と傷ついていく。そんな中、クルックがキメラ攻略に気付きジーロに伝える。