カームに住む少年・ゼッドは、もっと自分を生かせる場所を求めて、街中の門や扉を壊して回っていた。そうすれば、どこかへ行けそうな気がしたのだ。教師達はそんなゼッドに手を焼くが、親友のノアだけは優しく気遣う。ある日、入院中の母親・サラを見舞ったゼッドに、追ってきた教師が襲いかかった。そのとき、記憶を失っていたはずのサラが、謎の力を発動させてゼッドを守る。目の前の出来事が理解できないゼッド。
そして、ゼッドの左腕に奇妙な紋様が現れて…!?

時空を超えて異世界の国・テンプラーにやってきたゼッドは、シャードキャスター同士の戦いに巻き込まれ、危ういところを老師ジーコと弟子のロイアに助けられる。ここがシャードキャスターによる戦争が繰り広げられている世界であること、そして自分の左腕に現れたエンブレムがシャードキャスターの証であることを知るゼッド。さっそくシャードを使って騒ぎを起こしたゼッドを、ロイアのスピリット・アプカレルが救うが、それを見てアプカレルを狙う刺客が迫る…!!

ゼッドのシャードエンブレムから突然現れて暴走した強力なスピリット「アミル・ガウル」。それを見たジーコは、ゼッドを一流のシャードキャスター・デュマスに預ける。デュマスが気に入らないゼッドは戦いを挑むが、デュマスの力にはかなわない。ある夜、デュマスが農園に秘密の病院を作り、負傷した敵のジーモット兵にまで救いの手を差し伸べていることを知り、ゼッドは複雑な思いを抱く。ところがその頃、ジーモット兵たちはテンプラーへの反乱を企んでいて…!?

デュマスとロベスによる一流のシャードバトルを目のあたりにして、自分にも大きな可能性を感じ始めていたゼッドは、最強のシャードキャスターを決定する試合「ジャウスト」の開催を知って興味を持つ。しかしテンプラーの人間ではないゼッドには、出場の資格がない。そこでゼッドは、世間を騒がせている怪盗・ノーフェイスを捕えて自分の力を認めさせ、出場の権利を得ようとする。だがノーフェイスの正体は、意外な人物だった。そしてついに、ジャウストの当日…!!

デュマスの代わりにロベスと対戦するゼッド。一方ノアは、何者かによってネオトピアへと召喚されていた。傷つき倒れていたノアを助けたのは、心優しい夫婦・カーターとケティだった。シャードの力で体力を回復したノアは、その村で人々の公園作りを手伝いながら新しい暮らしを始める。そんなある日、国の中央で軍人として働いていたカーター夫妻の息子・ゲイルが現れ…。

ほんの些細な理由で、自分の息子であるゲイルに処刑されるカーター。その光景を目の当たりにしたノアはショックを受けるが、それが絶対正義の国・ネオトピアの現実だった。
ゲイルの幼なじみ・キースも、行き過ぎた規律の厳しさに疑問を感じていた。一方、国に無断で公園を作ったとして、強制的に転居させられる事になるラトの住民たち。ノアは彼らを救おうとゲイルに直訴するのだが…。

ロベスとその強靭なスピリットシャード・ベラドンナはゼッドを圧倒する。はたして勝者は。そしてジャウストを終えたゼッドの中に芽生えた思いとは。一方デュマスは、ロベスから借りていた土地を返すよう命じられていた。ゼッドはそんなデュマスのために、怪盗ノーフェイスにかけられた懸賞金を手に入れようとノーフェイスを追う。ところがノーフェイスは…。

怪盗ノーフェイスが、ゼッドのスピリット・シャードを奪うと予告してきた。現れた３人目のノーフェイスは、一体何者なのか。ゼッドは戦いを挑むが、力及ばずシャードを奪われてしまう。そして、怪盗ノーフェイスとして逮捕されるロベス。だがゼッドはシャードを奪った３人目の怪盗を追い続ける。ついに明かされる３人目の怪盗の正体。そしてその時…!!

ジーモットのスパイだったデュマスは、テンプラーへの攻撃を手引きし、奪ったアミル・ガウルでゼッドに迫るも、アミル・ガウルの拒絶反応に襲われ姿を消す。アミル・ガウルの力の前に、退散するしかないジーモット兵。そしてゼッドとロイアの前に現れる、負傷した謎の少女。アミル・ガウルの力を見て、ゼッドに力を借して欲しいと頼む彼女の正体とは…!?

ジーモット王族の最後の生き残りであるレベッカは、王家復興のためゼッドに助けを求めたのだった。レベッカとともにジーモットへやってきたゼッドはしかし、そんな事情には興味がない。一方、デュマスを追ってジーモットに赴いたロベスらと同行するロイアは、早速激しい攻撃を受けていた。そして単独行動をとるゼッドにも、更なる災難が襲いかかり…!?

ゼッドとレベッカの前に、かつてレベッカを利用し、彼女の父・国王バッカムを裏切った男、ヒューが現れた。レベッカの体内に封印された国王のスピリットを狙うヒューは、ゼッドの目の前でレベッカをさらう。戦力を求め反乱軍の北の砦に向かうエルダと、同行するゼッド。だが、そこには何者かの仕掛けた罠…。そして、ヒューがレベッカに迫った決断とは…!?

ヒューはレベッカに、デュマスとの結婚を強いる。思わぬ展開に愕然とするレベッカ。一方、未だアミル・ガウルを制御できないゼッドは、レベッカを救うための新たな力を手に入れるため、エルダに導かれ伝説の場所へと向かった。辿りついた森の奥の泉で、ゼッドは得体の知れぬ巨大な存在と対峙する。そして婚礼の日が近づく中、ヒューの思惑と反乱軍内部の策謀が交錯して…。

エルダに助けられ、ヒューの元を抜け出したレベッカだが、ヒューの思わせぶりな言葉が頭から離れない。父はまだ生きている…!?　その思いを捨てきれないレベッカが選んだ道とは。一方、婚礼の余興として開かれたデュマスとの試合に臨んだロベスは、デュマスの猛攻の前に窮地に陥る。だが試合が白熱する中、ヒューは密かにその真の目的を達成しようとしていた。その時…!