ついに、ジャウストがはじまった。第一回戦は、テンプラー代表のゼッドと、ウルバークス代表・モレノの対戦。機械化した体で、今までに見たことのないシャードの操り方をするウルバークスの戦法に、ゼッドは驚き戸惑う。複数のスピリットを召喚しゼッドを攻め立てるモレノに苦戦するゼッドだが、その様子をじっと見つめていたノアは、ゼッドの勝利を確信していた。そして…。

タスクでの一件でアイデンティティーを見失い、戦いの実力でもゼッドに差をつけられてしまったことで、自分の存在意義を見出せずにいるロイア。そんなロイアは、ネオトピア代表・キーラとの戦いの中で、もう一度強さを取り戻そうとする。だが迷いを捨てることができないロイアに、勝利は訪れるのか。一方、ゼッドを呼び出したハイラムは、思いがけない提案を持ちかけるが…。

無断でヒーリングを行ったとして連行されたロイアを助けようとするゼッド。その前にノアが立ちはだかった。絶対規律のもとで強くなった自分の力を、ゼッドとの戦いで試したいと語るノアに、ゼッドは反発する。一方、ロイアは捕らわれながらも、新たな生き方を見つけたことに喜びを感じていた。その間にも会場では次々と試合が行われ、いよいよロベスの出番となるのだが…。

ついに始まる、ゼッド対ノアの試合。一方的に闘志を燃やすノアだが、対するゼッドはノアと戦うことに躊躇いを捨てきれず、劣勢を強いられてしまう。大勢の観客に囲まれながら、二人には互いの姿しか見えていなかった。脳裏を巡る幼い頃の記憶、そしてノアがゼッドにぶつけた思いとは…。そんな中、ロイアの処刑が決まり、知らせを受けたテンプラーの審議会に動揺が走る。

ネオトピアの絶対規律はいかなる例外をも認めようとせず、ロイアは処刑場へと連れて行かれる。ゼッドは助けに急ぐが、アミル・ガウルを奪われていることに気付き愕然とする。果たしてロイアの運命は…。一方、エルメイダと獣人ゲゲの試合が予想外の展開を見せ、会場は驚きに包まれる。そして次の試合、ノアに対峙するラジャが召喚したスピリットが、さらなる衝撃を呼ぶ…!!

ネオトピアでの大波乱のジャウストから帰国したゼッドたち。審議会は、同盟国であるネオトピアとの間に軋轢を生んだことを問題視するが、ジーコが事態の収拾を申し出る。ジーコとハイラムは旧知の間柄だった。ネオトピアを訪れたジーコに、ハイラムは胸中の思いを語る。ジーモット、タスク、ウルバークス、そしてネオトピア……各領域の思惑が静かに動き始めていた……。

束の間、穏やかなひと時をすごすゼッドたちだったが、ゼッドは原因不明の高熱で倒れてしまう。寝込んだゼッドが夢の中で見たのは、飛び去っていくアミル・ガウルだった。その頃ネオトピアでは、ハイラムの即位十周年を祝う建国記念式典の日が近づく。式典でハーモニカを演奏することになったサギリが練習に励む一方、ノアはキーラたちとともに首都の警備を任されるのだが…。

着々と建国記念式典の準備が進むネオトピアには、ヘリック率いるウルバークスの一派が、ハイラムの命を狙い潜入していた。ハイラムが唱える絶対規律が過去にもたらした悲劇を語るヘリック。彼には生き別れた妹がいて、ネオトピアで生きているはずだというのだが…。一方ノアとキーラはそんなヘリックたちの討伐に向かった。ノアはゼッドへの複雑な思いをキーラに吐露する。

ネオトピアに進軍するタスク・ジーモット連合軍。ノアやキーラたちは防戦に奮闘するが、突然の攻撃にネオトピアの都市はたちまち制圧されていく。テンプラーでは、同盟国であるネオトピアに援軍を送るべきかが協議されるが、賢者たちは及び腰で結論を出そうとしない。一方ヘリックは、混乱に乗じてハイラムへの復讐を果たそうとするが、ヴェンダー博士やギンガは反対する。

絶対規律のもと、負けるはずがないと信じるハイラム。だが、タスク・ジーモット連合軍とネオトピア軍は依然、一進一退の戦闘を続けていた。そんな中、野心を剥き出しにするヒューに不安を覚えるガリ。一方ヘリックは、ベンダー博士らの反対を押し切り、無断で複合体スピリット「エクスマキーナ」を持ち出すが、その強大すぎる力はヘリックの想像をはるかに上回っていて…。

再び姿を現したアミル・ガウルは、サチュラ、プロニモとともにエクスマキーナに立ち向かう。だがエクスマキーナは、倒れた兵士たちからエネルギーを吸い取り、力を増した。ぶつかり合う三体のキー・スピリットとエクスマキーナ。その時、アミル・ガウルの姿に変化が…。一方テンプラーでは、一向に情報が伝わってこないことに苛立つロイアはセバスチャンを問い詰めるが…。

ジーコの手助けによりヒューの攻撃から逃れたハイラムとダイアナは、ノアやキーラ、ゼッドたちと合流すると、街外れのストゥーバに立てこもる。ハイラムは、ストゥーバの地下にあるものが眠っていることを明かし、その力があれば必ず勝てると言うのだが、既にネオトピアの兵たちの多くが傷つき弱っていた。一方ゼッドは、スピリットを感じることができなくなったままで…。

ハイラムをヒューの前に引き出したゼッド。ヒューはハイラムに、人質の命と自らの命、どちらかを選べと迫る。絶対正義の名のもと、ハイラムの選択した道は…。そして再び激しい戦闘が繰り広げられる中、ストゥーバの地下に眠るキー・スピリットが、ついに発見される。だがそれを手にしたのは、ネオトピアの者でも、ジーモット・タスク軍の者でもなかった。その人物とは…。