地下の奥で、フット団の遺伝子研究所を見つけたタートルズに、3体のモンスターが襲いかかる！しかし、何やら様子がおかしい。
モンスター達の過去の話を聞き、行動を共にすることにしたタートルズをさらに待ち受けていたものとは！？

ドナテロや仲間となったモンスターたちが消えてしまった！
レオナルド、ラファエロも次々と消えてしまい、
取り残されたミケランジェロはさらに地底の奥へと進む。
廃墟となった地底の街で出会ったエンティティという一人の男。
彼の隠されたたくらみとは！？

エイプリルのアパートに世話になっているタートルズとスプリンター。そこでドナテロはアパートの地下室に住む、カービーという男に出会う。
彼がクリスタルのついた鉛筆で絵を描くと、なんとその絵から描いたものが飛び出してくるのだ。
カービーの描いたドアをくぐった二人が目にしたものとは！？

早朝に一人でトレーニングに出かけたレオナルドに、
フットソルジャーたちがおそいかかる！
ハイテクフットソルジャーやハンをしりぞけたレオナルドの前に、新たな敵エリートフットソルジャーが現れ、そしてその先には生きているはずのない奴の姿が…。
レオナルドあやうし！

ボロボロに傷付いたレオナルドが口にした言葉は
「シュレッダーが生きていた…！」。
一同がショックを受けている間もなく、フットソルジャーたちがエイプリルのアパートに次々と侵入してきた！
そして最後に現れたのはあの男、シュレッダー！
タートルズの運命やいかに！？

タートルズたちは、シュレッダーの襲撃から逃れるため、ケイシーのおばあさんが住んでいた農場に身を隠す。
そこで、一向に目を覚まさないレオナルドに対して、タートルズとスプリンターは一人一人がレオナルドとの思い出を語り始める。目を覚ませ！レオナルド！

いまだレオナルドが受けた心の傷は癒えることなく、ひとりで納屋に閉じこもっていた。
そんな中、自称モンスター・ハンターのフィン博士がケイシーの農場に現れる。
フィン博士はビデオテープに写ったミケランジェロの姿を、グリーン・モンスターだと勘違いしているようだが…？

久しぶりに下水道基地に戻ってきたタートルズ。
エイプリルはシュレッダーのアジトのコンピューターシステムに侵入し、タートルズとスプリンターは奇襲攻撃を仕掛けるべくアジトに潜入する。
シュレッダー率いるフット団とタートルズとの戦いの火ぶたが切って落とされた！

3体のシュレッダークローンがタートルズとスプリンターに襲いかかる！
シュレッダークローンをやっつけて、数々のワナが仕掛けられたフロアをかいくぐった先では、大地、炎、水、風、金属の5つの要素をつかさどる戦士に行く手をはばまれた。そこでスプリンターが取った行動とは！？

シュレッダーとタートルズの最終決戦が始まろうとした矢先に、あの執念深い男、ストックマン博士が現れた！
何度でもよみがえるストックマン博士をなんとか撃退すると、再び、宿敵シュレッダーとの戦いが始まった。勝負の行方をにぎるのはテングソード！最終決戦の行方はどうなる？がんばれタートルズ！

スプリンター先生が見つからずイライラをつのらせるラファエロ。その気持ちを察したレオナルドは「外に出て頭を冷やしてこい」とラファエロを夜の街に送り出す。そこでラファエロは母親を捜している少年、タイラーと出会う。子供が苦手なラファエロだが放っておくことができずに…。

いまだに見つからないスプリンター先生。ガーディアンが何か知っているかも、
と考えたタートルズは、ひそかに後を追う。
途中で見失った先にあったのはTCRI社というテクノロジー企業のビルだった。
タートルズはこの企業名の書かれたビンの液体をかぶって
突然変異したことを思い出すが…。

ビルの奥まで突入に成功したタートルズ、意識を失ったスプリンターをタンクの中で発見する。

TCRIビルからワープしてしまったタートルズがたどり着いた先は惑星ドゥーニブ。
そこではフュージトイドというロボットが兵士たちに追われ、捕まえられそうになっていた。フュージトイドと下水道に避難したタートルズは、フュージトイドが元はハニーカット教授という人間であったという話を聞くが…。