連合軍から指名手配されてしまったタートルズとフュージトイドは、惑星ドゥーニブから脱出するべく、変装して街を歩くことにする。
瞬間移動装置の鍵を握るフュージトイドをめぐって繰り広げられる、連合軍とトリケラトン族の争いに巻き込まれてしまったタートルズだが…

誘拐されたフュージトイドを追いかけて宇宙船に乗り込んでしまったタートルズ。
しかし酸素が無くなりあわや窒息という事態に！
トリケラトン族に捕らえられた彼らは、フュージトイドに瞬間移動装置を作らせるための人質にされてしまう。
脱出を試みるタートルズだが、ラファエロが思わぬトラブルに巻き込まれ…

トリケラトン族に捕らえられたタートルズは、「罰ゲーム」として観客の前で巨大なモンスター、スパスモサウルスと戦わせられるがレオナルドの作戦で見事勝利する。
トリケラトン共和国のザンラモン最高指揮官はさらにタートルズを苦しめるべく、奴隷とともに剣闘士として戦わせようとするが…。

ザンラモン最高指揮官を人質にとったタートルズは、フュージトイドとともにトリケラトン共和国から脱出することに成功。
ブランク将軍率いる連合軍とトリケラトン族の攻撃を切り抜けつつ、小惑星にたどり着いた。
はたしてタートルズは瞬間移動装置を完成させ、地球に帰ることができるのか！？

ついに瞬間移動装置が完成し、TCRIビルに戻って来たタートルズ。
するとスプリンター先生は既にガーディアンによって助け出されていた。
実はガーディアンは「ユートロム」という一族で、シュレッダーのみならずタートルズやスプリンター先生とも過去につながりがあるとのだいう。知られざる彼らの過去とは一体…？

タートルズが「オラクル・ポッド」でユートロムの過去を体験していた所、なんとシュレッダーの姿を発見！
すると突如過去の世界が現実のものとなり、武器も無くシュレッダー達の前に放り出されてしまう。
襲われてダメージを負いつつ、からがら撤退するタートルズ。どうすれば過去の世界から抜け出せるのか！？

何と、シュレッダーは生きていた！
過去の世界から戻って来たタートルズの前に倒した筈のシュレッダーとストックマン博士らが現れ、
ガーディアンも参戦してＴＣＲＩビルは大混戦となる。
瞬間移動装置を使いユートロムを絶滅させようと目論むシュレッダーの悪しき野望を打ち砕け！！

休養のため再びケイシーの農場を訪れたタートルズだが、厳しい修行に休みはない。
要領よく修行を終えたレオナルドをからかいつつ、ふとラファエロがシュレッダーとの戦いの軌跡を振り返る。
切りたくとも切れない因縁を今改めて思い返し、タートルズが、スプリンター先生が、そしてケイシーとエイプリルがそれぞれ思う事とは？
※ミケランジェロが有名な映画のシーンの物真似をするぞ！

下水道の我が家に戻ったタートルズたち。エイプリルやケイシーと映画を見たりして楽しく過ごしていたそのとき、レオナルドが背後から狙われる。
それは1対1の勝負を行う、決闘の申し込みの合図だった！
かくして謎のニンジャとレオナルドの一騎打ちが始まる。負けるな、レオナルド！
※最近、スプリンター先生の毛並みがキレイらしい。その理由が次回、明らかになるぞ！

第5話で登場したナノボットが廃品置場でよみがえった！
刑務所に入れられている泥棒ハリー・パーカーのことを父親だと思い込んでいるナノボットは、ハリーの脱走を手助けしてしまう。
遊園地を舞台に、巨大化したナノボットとタートルズが対決だ！
※エイプリルにキスしてもらうのは誰かな？ケイシーだといいんだけれど…。

ドナテロの手伝いで水路に潜ったミケランジェロ。
そこに居たのは巨大なワニのミュータント、レザーヘッド！
言葉を話すこともできるこのワニはあのユートロムの友人で、彼らに再会するために瞬間移動装置を作っていたのだ。しかし、それを裏で操る影が…！？

第15話で地下の街に残してきたシドニー達を助けるため、解決の鍵となるクリスタルの研究を重ねてきたドナテロ。
ついにクリスタルから解毒剤を作ることに成功し、皆で早速地下に向かうがどうも様子がおかしい。なんと、再びモンスターになったシドニー達が現れ、襲い掛かってきた！
一体何が起きたのか！？