シュレッダーがいなくなったニューヨークの街は、パープル・ドラゴンとギャングとフット団が縄張り争いを始め罪の無い人々が巻き添えになっていた。責任を感じたレオナルドは、ラファエロ達が止めるのも聞かずフット団とギャングの戦いに飛び込んでしまう。
その頃、ギャングと手を組んだストックマンはある準備を進めていた…

ストックマンのカミカゼ・ロボットに加えて、ハン率いるパープル・ドラゴンも現れあたりは大混乱！
一時的にフット団と手を組み、ケイシーの助けもあってどうにかその場から逃れたタートルズ。
しかしレオナルドとラファエロの仲はすっかり険悪に…するとそこに、謎の女、カライが現れた！

カライは日本で活動するフット団の一員だった。
カライはタートルズにニューヨークを戦争状態から救うための作戦を持ちかけるが、ラファエロだけは頑として聞かずその場を立ち去ってしまう。
カライの作戦はうまくいくのか！？
レオナルドとラファエロは仲直りするのか！？
そしてカライとシュレッダーに秘められた過去とは！？

ニューヨーク港で船が突然消えるという事件が相次ぐ中、完成したばかりの潜水艦「タートル・マリン号」に乗って、ミケランジェロとドナテロは処女航海へ出発する。
すると、川底は何やら怪しい雰囲気…詳しく調べようとする二人。
何と、そこに現れたのは、あのとき川底深く沈んでいったはずのアイツだった！！

俺がいつもかぶってるのは何のマスクか知ってるか？
え、俺が誰かって？ケイシーさ！
そう、俺がいつもかぶってるのはアイスホッケーのマスク。
そのアイスホッケーのシンボルこそがゴールデン・パックだ。
だがそのゴールデン・パックを盗もうとする奴らがいる。
そんな奴らはこのケイシー様が許さねえ！
※ケイシーにとってゴールデン・パックは、自由の女神像や○○と同じくらい大事なもの。○○が何かはアニメを見れば判るよ！

シュレッダーが完全によみがえった！
ハンはストックマンに作らせた、9体の人造人間「フット・メカ」をシュレッダーに見せる。
その中にはなんとスプリンター先生そっくりのニセスプリンターもいた！
タートルズに襲いかかるニセスプリンター。そこに地球に迷い込んだトリケラトン族のゾグも加わり、下水道での戦いが始まる！

ひょんな事から仲間になったトリケラトン族の兵士ゾグと共に、タートルズとスプリンター先生はフット団の船へと潜入する。
しかしレオナルドとラファエロは闘いの中で先生を人質に取られ、捕まってしまう。
そこへ彼等を処刑するため現れたのはなんと、カライ！
忠誠と武士道の間で揺れ動くカライの決断は…？

エイプリルのお店のリニューアル・オープンを手伝っていたタートルズとケイシーは、片付けの途中でガラクタの中から謎のパズル・キューブを見つける。それはエイプリルのおじで現在行方不明のオーギーのものだった。
すると突然パズル・キューブが光を放ち、エイプリルとタートルズは奇妙な世界に迷い込んでしまった！ここは一体どこなのか？
そしてタートルズに巨大な影が襲いかかる！

ミケランジェロがレアなコミックを探していると、一緒についてきたタートルズとケイシーはノースハンプトンに辿り着く。

ある日のこと、スプリンター先生は行き先も告げずに一人出かけてしまう。
不思議に思ったタートルズはこっそりと後をつけるうち、次元の狭間の世界「ネクサス」に入り込む。
そこで彼らが目にしたものは、激しい戦いを繰り広げる戦士達！
そこにはトリケラトン族のトラクシマスの姿も。
宇宙最強の戦士を決める「バトル・ネクサス・決勝トーナメント」が今始まる！

決勝トーナメントを前にして、突如謎の暗殺者達に襲われたレオナルドは、同じくトーナメントに出場するミヤモト・ウサギに助けられる。
その場を切り抜けまずは決勝第一回戦を勝ち抜いたレオナルドだが、その姿をなおも暗殺者が付け狙う。そしてその後には、暗殺者達を操る見覚えのある姿が…。

究極のニンジャの差し金によって毒矢を受けてしまったレオナルド。
その頃時を同じくして大明神が暗殺者によって襲われ、何とスプリンター先生が犯人の疑いをかけられ捕らえられてしまう。
一方トーナメントは準々決勝まで進み、よりによってラファエロとミケランジェロが対戦することになり…。

バトル・ネクサス・トーナメントもいよいよ大詰め、一体誰が優勝するのか？
囚われのスプリンター先生は？救出に向かうラファエロとトラクシマスの作戦とは？
突如暗殺者に襲われたドナテロとウサギの運命やいかに？倒れたレオナルドは復活するのか？
そしてドレイコと究極のニンジャのたくらみとは？
全ての決着はその目で確かめろ！