米合衆国大統領の専用機エアフォース・ワンでトラップ海軍中佐が突然死亡する。彼はインフルエンザにかかったケリー少佐の代理で核関連の書類が入った鞄を運ぶ任務に付いていたところだった。大統領との昼食後に死亡したことから大統領を狙った可能性もあり、海軍捜査局（ＮＣＩＳ）のギブスはシークレット・サービスのケイト・トッド捜査官と共に合同捜査することになる。食材には毒は仕込まれておらず、解剖の結果、中佐の死因は脳塞栓だと分かる。若く健康な彼がなぜ脳塞栓を起こしたのか？当初は原因が分からず自然死と判定された。ギブスは大統領の警護に戻るケイトと共に新たなエアフォース・ワン（代替機）に乗り込んで、さらに捜査を進める。その最中、ケリー少佐も脳卒中で死亡したとの知らせが入る。ケリーと交際していたケイトは直前に彼と会っており、ギブスはケイトを疑うが・・・。一方、トラップ中佐の軍服を調べていたアビーから連絡が入る。中佐の軍服から毒蛇の毒が検出されたのだ。その手口からアルカイダによる犯行の線も浮上してきたため、ＦＢＩも捜査に加わってくる。