謎のテロリスト（アリ）の正体がつかめず焦燥感を募らせていたギブス。ある日、マクギーが写真から年齢を突き止め、大学卒業の年に絞って調べることで身元の割り出しを早める方法を考え付く。一方、トニーはジョギング中に知り合ったマルタという女性に夢中になっていた。ギブスはケイトにテロリストのプロファイリングをさせ、動機が宗教とは関係ないことを知る。ケイトは金ではないかと推測したが、ギブスにはただそれだけとは思えなかった。アリはアラブの青年たちを率いて新たなテロを企てていた。ブッシュ大統領とイスラエルのシャロン首相を乗せたヘリ、マリーン・ワンを訓練用ミサイルで脅して緊急着陸させ、二人を誘拐するという計画だった。ダッキーらと昼食を共にし、先に帰ろうとしたケイトは、途中アリの乗ったバイクを見かけて追跡しようとするが逆に拉致されてしまう。マリーン・ワンは別のヘリ二機が一緒に飛ぶため、見分けさせるために誘拐されたのだとケイトは気づく。その頃、ダッキーがアリの言葉から彼が解剖学を学んでいることに気づき、ついに彼のテロリストの正体を突き止めるが・・・。