黒須ゼロが開催を宣言した真・Xタワーウォー。果たしてどんな刺客が待ち受けているのか考えを巡らすペルソナだったが、バードは誰が相手でも関係ないとチームに気合を入れ、真・Xタワーへと出発する。ファーストステージの舞台に到着すると、そこに待ち受けていたのは黒須一族最強のブレーダー、黒須ワンだった！まさかの相手の登場に驚くペルソナだったがワン曰く、先客が来ているという。果たしてその先客の正体とは…！？

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バードのチーム「授業参観」の最終バトルは冥殿が出場。かつてXタワーの頂上に登り詰めると期待されたチームでプロブレーダーとして活動していた冥殿は、とある事情で現役を引退していた。過去の活躍を知る観客は冥殿の登場に盛り上がる。バトルの前に、ベイを手にしたまま意味深なことを告げた冥殿が、このシャッフルバトルフェスに参加する意図とは一体何なのか…！？そしてイベントは終わり、更なる闘いの幕が開ける。

シャッフルバトルフェス最終日を迎え、バードが所属するチーム「授業参観」が出場する。エクスとマルチの活躍もあり、ペルソナに票が集まっているが、チーム投票1位にはまだ届かず更なるアピールが必要！バードは助言を受けてカスタマイズしたランチャーに持ち替え、新たな相棒と共にバトルに挑む。万全の準備をしてきたバードはこのイベントで活躍し、ペルソナに票を集めることが出来るのか！？

チーム「マルチ様とアタシ」と「男独楽」の対戦は、ついに最終戦に！サードバトルはマルチと、Xタワー運営でもあるカドバーの対決！マルチは派手な演出でステージに登場し、アイドルの衣装で会場を盛り上げる。ペルソナがチームとして投票数を獲得することを意識し、目立とうと仲間のために動くマルチに対して、カドバーはバトル前から1人チームで活動していた頃のマルチの話を持ち出し始め…！？

シャッフルバトルフェス2日目、マルチが所属するチーム「マルチ様とアタシ」と、チーム「男独楽」の闘いが始まる。ファーストバトルで登場したゾナモスは、得意のナゾトキベイバトルを提案してくる！トグロはナゾトキに対し乗り気ではなかったが、会場の盛り上がりにも押されて受けることに。続くバトルでは、ゆに、そしてペルソナとも因縁深いあの男が激突！！果たして2つのバトルのゆくえは…！

仮面X対パンのバトルが始まる。キングは、ズーガニックのメンバーとの出会いを語り、仲間達が真の強者であることを思い知るだろうという。煽ってくるパンに対して仮面Xはどう出るのか！ペルソナはシャッフルバトルフェスで活躍し、票を集めることが出来るのか！？各チーム最後の対戦は、まさかのブレーダーがついに登場！4XマスコットAIのイチゴーちゃんは一体どうやってバトルをするのか！？

ついにシャッフルバトルフェスが開幕！！現役プロだけでなく引退したプロやスポンサーからもブレーダーがイベントに参加し、まさかの編成チームが出揃う。オープニングマッチから早速、未知の組み合わせチーム同士が激突しアツい闘いが繰り広げられる。誰も予想しなかったまさかのブレーダーまで参入する大注目チームの対決と、メンバーがバラバラになったペルソナの、投票のゆくえはいったい！？

バードがアマチュアアリーナを通りかかると罵声が耳に飛び込んでくる。中ではなぜか石山が多数のアマチュアを相手に、負けたブレーダーのベイを壊すこともなくただひたすら闘い続けていた。バードに気づいた石山は煽りながらバトルを挑んでくるが、幾度ものバトルを終えて明らかに限界を超えており、何か事情があるように思い詰めた表情をしている…。やがて自分のベイを持ち、あらぬ行動に…！そこへまさかの人物まで現れ…！？

既存のチームをバラバラにし、運営が新たにランダムでチーム編成を行うイベント「シャッフルバトルフェス」が開催される。バトルの勝敗ではなく人気投票によって順位が決定し、最終的に最も人気のあるチームと、人気のある個人ブレーダー上位3人で組むチームでのバトルが行われる。結果を出せばXタワー頂上への挑戦に近づけるこの大会を前に、バードは今までのペルソナの闘いを振り返り、1人考え込む様子で…。

ペルソナ対ユグドラシル、チームの勝敗が決まるバトルがついに始まった。仮面Xは得意のエクストリームダッシュで仕掛けていくが、バーンは余裕の笑みで迎え撃ってくる！自身の最大の武器でもあるスピードでバーンに上回られ、ピンチに追い込まれた仮面Xは、「ベイタイムシフト」を起こしたバーンとの戦いに果たして勝利することができるのか…！？ペルソナのチーム存亡の行方はいかに！？

ユグドラシルとの決戦、ついにバーンがヘリで駆けつけ、バトルアリーナに現れる。緊張感が場を包む中、バーンは闘えることに興奮し、突如仮面Xを抱擁する！？負けたチームは解散という無茶な提案をしてくるバーンに対し、なんと仮面Xは提案を飲んでしまう。Xシティ中を賑わせた謎のベイから更に進化を遂げた最速のベイがついにそのベールを脱ぐ！「最速」対「最速を超えた最速」のバトルが始まる…！