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ベイブレードの未来は変わったと、満足気に立ち去ろうとするゼロ。バードは、まだ決着はついていないとゼロにバトルを挑む。気が乗らない様子のゼロだったが翻意し、全ブレーダーが待ち望んだ未来のベイ、ドレイクブレイブを手に構える。このベイさえあれば、真のベイブレードの未来が訪れる。そう断言するゼロに対して、バードはヘルズネザーとともに立ち向かう。ベイブレードの未来をかけた真・超頂上決戦が、ここに決着する！

セカンドセットの開始目前。仮面Xを前にワンが掲げるのは新ベイ グローリーワルキューレ。これまでの黒須兄妹たちの、未来のベイを使ったバトルで蓄積されたデータを元に作り出された黒須の技術の結晶で、“全てのベイを過去にする。”そう豪語するワンを前に、興奮を抑えきれない様子の仮面X。ゼロの未来予測に基づき勝利を確信しているワン。果たして仮面Xはその予測を覆すことができるのか！？未知のバトルが今、始まる！！

いよいよ真・超頂上決戦が幕を開ける。モニター越しに大勢のプロたちやベイファンが見守っている。ペルソナの前にゼロとワンが姿を現すが、黒須側は1人足りないと指摘するバード。ゼロが人数は揃っていると告げるとともに、ナインがゼロの元へと静かに歩き出す。突然のナインの裏切りに戸惑うペルソナ。だが、ナインは裏切りではないと告げる。ナインがペルソナに加入したことも、全てはゼロの未来予測に基づくものだった…。

ついにバードの新ベイが完成する。ペルソナ初のユニークラインのエクスパンドブレードだ。エクスは早速バードをバトルに誘うが、マルチがナインと先にバトルをするよう促す。ナインが新ベイ開発に込めた想いにバトルで応えるバード。周囲も温かく見守る。バトルが一息ついたところに慌てたタイショーがやってきて外の異変を告げる。外に飛び出した一同の前にホログラムのゼロが待ち構えており、真・超頂上決戦の開催を宣言する！

ナインがバードの新ベイの設計図を完成させ、マルチはベイクラフト作業に専念するため駒刃寿司に残ることに。フォースステージ会場に到着すると、ペルソナの目の前にはゲームのような空間が広がっていた。そこに現れたのは4Xアバターの黒須セブン。セブンとの対決方法は最新のフル4Xベイバトル。実際のベイは使用せず、ランチャー構えてシュートするだけでAIが計算して4Xでベイバトルを再現する驚異のシステムだった！

真・頂上決戦まで残り二戦。駒刃寿司で気合いを入れて出発するペルソナ。サードステージの会場に到着するとゼロが現れ、唐突に決戦進出を告げ、戸惑うペルソナ一同。ただし、決戦は3対3のチームバトルのため、ペルソナ4人のうち、1人を落とすためのテストを行うと告げるゼロ。最初のテストに選ばれたのはバード。相手は黒須シックスだった。果たしてバードは、ゼロから課されるテストをクリアすることができるのか！？

第二の刺客、黒須ツーに挑むペルソナ。何故ゼロを裏切ったのかとナインへ問いかけるツー。ナインは予測通りに動く未来は面白くないと反発。ツーはナインとのバトルに臨もうとするが、マルチがナイトフォートレスをかかげ前に出る。キワミとのバトルでバレットグリフォンを分析済みのマルチには勝算があるようだ。しかしツーは怯むことなくマルチを挑発。分身することで数の利に勝るバレットグリフォンに対する戦略とは…！？

真・Xタワーに現れた新たな挑戦者は、アマチュア界では有名で、高層階プロ並みの実力を持つ宮仕キワミだった。ぱっくんが開発したユニコーンデルタを構え勝利を宣言する。迎え撃つ黒須一族の長女、黒須ツーはワンに次ぐ実力者。ツーが使用するのはゼロが新たに開発したバレットグリフォン。過去にない特殊機構を備えるというバレットグリフォン、果たしてその威力とは！？新ベイ同士がぶつかり合う激しいバトルから目が離せない！

エクスVSワンのバトルは激しいものになると予想されていたが意外な展開に。実はワンは、ゼロからバトルをコントロールするように指示されていた。ペルソナは対策を練り直すために一度駒刃寿司へと引き返す。一方、ワンとゼロがバトルを振り返っていると黒須一族に立ち向かう新たな挑戦者登場の報せが入る。相手はペルソナだけではないと語るゼロだが、その正体とは…！？対する黒須一族側も新たな刺客が待ち構えていた！

ワンが使用するバハムートブリッツは、かつてナインが開発中のデータをゼロが盗んで完成させたベイだった。その事実を知り、悔やむナイン。だが、仲間の励ましとマルチの協力を得て新ベイを開発する。ナインは新ベイを掲げ、ワンを倒すと力強く宣言する。ゼロの未来予測で、ナインが新ベイでバトルを挑んでくることも知っていたワン。黒須一族最強の実力者、ワンを前にナインはどう立ち向かうのか。因縁の兄妹対決が火蓋を切る！