ナインがバードの新ベイの設計図を完成させ、マルチはベイクラフト作業に専念するため駒刃寿司に残ることに。フォースステージ会場に到着すると、ペルソナの目の前にはゲームのような空間が広がっていた。そこに現れたのは4Xアバターの黒須セブン。セブンとの対決方法は最新のフル4Xベイバトル。実際のベイは使用せず、ランチャー構えてシュートするだけでAIが計算して4Xでベイバトルを再現する驚異のシステムだった！

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真・頂上決戦まで残り二戦。駒刃寿司で気合いを入れて出発するペルソナ。サードステージの会場に到着するとゼロが現れ、唐突に決戦進出を告げ、戸惑うペルソナ一同。ただし、決戦は3対3のチームバトルのため、ペルソナ4人のうち、1人を落とすためのテストを行うと告げるゼロ。最初のテストに選ばれたのはバード。相手は黒須シックスだった。果たしてバードは、ゼロから課されるテストをクリアすることができるのか！？

第二の刺客、黒須ツーに挑むペルソナ。何故ゼロを裏切ったのかとナインへ問いかけるツー。ナインは予測通りに動く未来は面白くないと反発。ツーはナインとのバトルに臨もうとするが、マルチがナイトフォートレスをかかげ前に出る。キワミとのバトルでバレットグリフォンを分析済みのマルチには勝算があるようだ。しかしツーは怯むことなくマルチを挑発。分身することで数の利に勝るバレットグリフォンに対する戦略とは…！？

真・Xタワーに現れた新たな挑戦者は、アマチュア界では有名で、高層階プロ並みの実力を持つ宮仕キワミだった。ぱっくんが開発したユニコーンデルタを構え勝利を宣言する。迎え撃つ黒須一族の長女、黒須ツーはワンに次ぐ実力者。ツーが使用するのはゼロが新たに開発したバレットグリフォン。過去にない特殊機構を備えるというバレットグリフォン、果たしてその威力とは！？新ベイ同士がぶつかり合う激しいバトルから目が離せない！

エクスVSワンのバトルは激しいものになると予想されていたが意外な展開に。実はワンは、ゼロからバトルをコントロールするように指示されていた。ペルソナは対策を練り直すために一度駒刃寿司へと引き返す。一方、ワンとゼロがバトルを振り返っていると黒須一族に立ち向かう新たな挑戦者登場の報せが入る。相手はペルソナだけではないと語るゼロだが、その正体とは…！？対する黒須一族側も新たな刺客が待ち構えていた！

ワンが使用するバハムートブリッツは、かつてナインが開発中のデータをゼロが盗んで完成させたベイだった。その事実を知り、悔やむナイン。だが、仲間の励ましとマルチの協力を得て新ベイを開発する。ナインは新ベイを掲げ、ワンを倒すと力強く宣言する。ゼロの未来予測で、ナインが新ベイでバトルを挑んでくることも知っていたワン。黒須一族最強の実力者、ワンを前にナインはどう立ち向かうのか。因縁の兄妹対決が火蓋を切る！

黒須ゼロが開催を宣言した真・Xタワーウォー。果たしてどんな刺客が待ち受けているのか考えを巡らすペルソナだったが、バードは誰が相手でも関係ないとチームに気合を入れ、真・Xタワーへと出発する。ファーストステージの舞台に到着すると、そこに待ち受けていたのは黒須一族最強のブレーダー、黒須ワンだった！まさかの相手の登場に驚くペルソナだったがワン曰く、先客が来ているという。果たしてその先客の正体とは…！？

白星流道場でベイの修行に励むチームペルソナ。バードは稽古をつけてもらい、マルチとナインは新ベイ開発に取り組むなど、黒須一族との戦いに備える。数日後、特訓を重ねてきたバードたちは白星流の昇格試験に挑む。修行を終えペルソナがXシティへと戻ると、そこには以前のXシティとはすっかり変わってしまった異様な光景が広がっていた。驚くペルソナの上空に巨大な黒須ゼロが現れ、新たなバトルの開催を宣言する。

クロムを待つエクスに声をかける刃威斗。だが、クロムの事しか考えていないエクスには声が届いていない様子。再起を目指す戯画谷もエクスのもとにやってくるが、もう利用価値はないと判断した未来プロたちに連れ去られてしまう。まもなくしてクロムが現れ、喜ぶエクス。遅れてバードたちも追いつく。クロムはメテオドラグーン、エクスは新ベイ ドランストライクを構えて対峙する。互いに待ち望んだ闘いがついに幕を開ける！

クロムの前に立ちはだかり、ベイバトルを強いる戯画谷。そこへ現れたシエルが代わりにバトルを引き受け、クロムはエクスのもとへ向かう。戯画谷の卑劣な手段による超人的なパワーに苦戦するシエル。追い込まれたシエルに戯画谷の手が迫る。だが、それを制止したのは引き返したクロムだった。今度はクロムがバトルに挑む。一方、クロムたちの様子を遠くから眺めていたワンだったが、彼の背後に静かに歩み寄る意外な人物の姿が…

クロムのもとへ急ぐエクスを、ベイバトルで強引に阻止しようとする黒須兄妹。エクスを先に行かせるため、バトルを引き受けるバードたち。バードVSエイト、マルチVSファイブ、ナインVSスリー・フォーの激闘が始まる！だがゼロに見放されたくない黒須兄妹の執念を前に次第に追い込まれていく。そこへ白星流が駆けつけ、バトルは新たな局面へ向かう。同じ頃、クロムの目の前に、不気味な笑みを浮かべ待ち構える人物がいて…