黒須ゼロが開催を宣言した真・Xタワーウォー。果たしてどんな刺客が待ち受けているのか考えを巡らすペルソナだったが、バードは誰が相手でも関係ないとチームに気合を入れ、真・Xタワーへと出発する。ファーストステージの舞台に到着すると、そこに待ち受けていたのは黒須一族最強のブレーダー、黒須ワンだった！まさかの相手の登場に驚くペルソナだったがワン曰く、先客が来ているという。果たしてその先客の正体とは…！？

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プロデビュー当初から連勝し続け、順調に頂上へ駆け上がるペンドラゴン。そして有名になればなるほどバトル以外の仕事が増えていく日々。クロムはエクスと共に戦えるチームのリーダーとして多忙な日々を送っていた。しかし、とにかくバトルだけしたいエクス、プロの仕事とバトルを両立させるクロムとシグル。少しずつ狂い始めた歯車により、あるメンバーはついに行動を起こす…。

仮面Xにバトルを挑んだ仮面Zだが、突然バトルを中断し立ち去ってしまう。そしてエクスは隙をついて再び失踪…さらに騒動解決までペルソナが謹慎処分！？ショックを受けたマルチは寝込んでしまう。エクスを見つけるため1人奔走するバードは、逆に仮面3人をまとめて呼び出す作戦を思いつく。B4とプロブレーダーたちに協力してもらい実行した作戦は、予想外のハチャメチャな展開に…！果たして仮面騒動は解決するのか！？

仮面Yに続いて、プロブレーダー狩りを行う仮面Zも現れる。仮面Zは仮面Xに対して強い対抗心を抱いているようだが…。ブレーダー同士で仮面Y、Zの情報共有をしている最中、彼らに関わることを禁止する命令がB4より届く。納得がいかないエクスは突然姿を消し、各地で神出鬼没に押し掛けバトルを挑む騒動を起こす！やっとの思いでエクスを見つけ、勝手な行動を怒るマルチとなだめるバード。彼らの前に現れた人物とは一体…！？

突如、謎の人物仮面Yにバトルを挑まれたバード。その後も仮面Yは立て続けにXシティ中に出没し、仮面Xが闘ってきたプロブレーダーたちにバトルを挑み続ける。プロに引けを取らないその実力は徐々に噂になり、マルチはタイトルマッチ直前で仮面Xに疑惑がかかりそうな状況を不安視する。仮面Xを真似し、バトルを再現する目的は一体何なのか？バトル後に残す不可思議な言葉の真意とは…？

相手の攻撃を受け流し無効化する万獣クインと、未知のエクストリームダッシュを放つ仮面Xが激しくぶつかり合い、勝負は決着がついた。試合後にクインはプロのベイブレーダーの在り方を語る。それはあるブレーダーの心に強く刺さり、自身の今までと今後を考えさせるものだった…。一方、頂上決戦に向けて自主練に取り組むバード。ベイの力を最大限に引き出そうと奮闘する彼の元へ、突然謎の来訪者がバトルを仕掛けてきて…！？

9999勝9敗の記録を持つ万獣クインの1万勝目か、仮面Xの無敗記録更新かを懸けたラストバトルに会場では大歓声が巻き起こる！大勝利宣言をする仮面Xだが、不敵に笑うクインは豊富なベイブレードの経験と知識を生かした戦略で迎え撃つ。バトル直前、クインは仮面Xのこれまでの戦法を見透かす発言をして…！？数多のブレーダーも息を呑んで見守る中、伝説のブレーダー万獣クインと仮面Xの闘いが始まる！！

ドリームズ2人目のブレーダーは、無敗殺しと呼ばれる珠羅レックス。猛々しさが持ち味で、血沸き肉踊るバトルを求めるファンからの支持は圧倒的。レックスの登場に観客からは大歓声が上がる！終始飛び跳ね暴れまわる、予測不能な猛攻を繰り返すレックスに対しペルソナは苦戦を強いられる。何が起こるか分からないバトルに仮面Xを心配するバードとマルチだったが、いつもの調子でバトルへ臨む仮面Xが取ったのはまさかの戦法で！？

オールスターバトル初戦を勝ち抜いたぱっくんと対戦する、ペルソナのセカンドブレーダーはマルチ。天才ベイクラフターとはいえ、プロブレーダーとしてあるまじき方法でコピーしたバードのベイを初戦で使用してきたぱっくんに対し、マルチは静かに怒りを燃やしバトルに臨む…！ベイのコピーの真相に迫る会場に戸惑いや非難が広がり高まる中、万獣クインの宣言で試合の続行が決まる…！！

シャッフルバトルフェスの投票で選ばれた者たちの闘い、オールスターバトルが始まる！ペルソナの対戦相手は、個人投票トップ3で組まれた即席チーム「ドリームズ」。そのチームの1人、生ける伝説と言われるブレーダー万獣クインによって、バトル形式が勝ち抜き戦へと変更されてしまう！ファーストブレーダー、バードが対峙するのは超人気ベイチューバーのぱっくん。取り出したのは、なんとバードと同じベイ…！？

エクスとバードが駒刃寿司の手伝いをしていると、Xタワーのチャンピオンチームの一員、七色シグルが突如店を訪れる。ペルソナのエクス以外のメンバーの実力を認めないシグルは、エクスにペンドラゴンへ戻らないのかと問いかけるが、エクスはシグルにバードとのバトルを提案する。更にそこへマルチも現れ、シグルとの意外な関係が明かされる…！シグルに対し、ペルソナはチームの実力を証明することが出来るのか！