黒須ゼロが開催を宣言した真・Xタワーウォー。果たしてどんな刺客が待ち受けているのか考えを巡らすペルソナだったが、バードは誰が相手でも関係ないとチームに気合を入れ、真・Xタワーへと出発する。ファーストステージの舞台に到着すると、そこに待ち受けていたのは黒須一族最強のブレーダー、黒須ワンだった！まさかの相手の登場に驚くペルソナだったがワン曰く、先客が来ているという。果たしてその先客の正体とは…！？

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ユグドラシルとの闘いは、いまだにバーンの姿が見えないままセカンドバトルを迎える。2戦目のバトルはマルチ対ゆに。ゆにはマルチに、お互いインフルエンサーの引退をかけて闘うことを提案してくる。リスクある提案に対し、マルチは臆さず受けて立つ！序盤から激しいアタックを繰り出し、派手にバトルを進め、マルチを追い詰めるゆにに対しマルチも反撃を始める。インフルエンサー同士の対決、果たして勝つのは…！？

Xタワー50階まで登り詰めたペルソナと、強敵揃いのチーム「ユグドラシル」との対戦が決まる。しかし、入場コールが終わってもステージに肝心のリーダー・不死原バーンの姿は無い。ユグドラシルはどのような作戦でペルソナに挑んでくるのか！？ファーストブレーダーのゾナモスはペルソナに変則ナゾトキバトルを提案してくる！ゾナモスお得意の「ナゾ」が再びペルソナに襲いかかる！

「日ごろ見た目を気にしなさすぎ！」とマルチに叱られ、エクスとバードは身なりを整えるためブレーダー御用達のアパレルショップ「ブレーダーズドレス」へ連れてこられた。バードが店で服を探していたところ、アンバサダーと名乗る人物からプロブレーダーとしての魅力がないと言われてしまう。さらに、ブレーダー特性の測定のためのシュートも「期待はずれ」と言われてしまい、納得いかないバードはバトルを申し込む…！

Xタワー上層階を目指すためにはバードの人気を上げることが重要！ペルソナは駒刃寿司の新商品を考案しつつ、ベイの特訓をする動画の配信をする事に！バトルで負けたブレーダーが個性的なオリジナル寿司を試食し、レビューをしていくが、エクスとマルチの考えたお寿司は上手くいかず。そんな2人に対し、バードはまさかの才能を発揮する！一方、エクスはお寿司を見てふとペンドラゴンの頃の思い出を思い浮かべ…。

ズーガニックの万獣キング主催のイベント『DATTO』にゲスト参加するペルソナ。バードはなぜかアマチュア参加者に間違えられ、逃げる側で参加することに！？各所でベイバトルが繰り広げられ、アマチュアブレーダーにはXシティで話題の謎のベイを使用する者も。終盤に差し掛かるにつれ、さすがのプロブレーダーたちにも次第に疲れが見え始める。プロもアマチュアも脱落していく中、なんと最後まで残ったのは…！？

人気低迷により、プロの地位が危ぶまれたファランクスとの3度目の対戦が決まる。スポンサーの意向で、ファランクスのメンバー全員が、Xシティ中で話題の謎のベイを使用していた。勝利を重ねて一気にXタワーを駆け上がってきた彼らが、再びペルソナの前に立ちはだかる！！永久スポンサーを獲得するために自らの信念を曲げてまで勝利にこだわる石山たちは、どのように襲いかかってくるのか！？

Xシティ中にばら撒かれた謎のベイ。バードがその存在を知った頃には、既にたくさんのブレーダーたちの手に渡っていた。それを手にしたアマチュアブレーダーたちの力はプロにも匹敵し、無邪気にバトルをする子供たちが放つシュートですら、そのベイでは目で追えない程のスピードを出していた。いたるところでそれを目の当たりにしたバードは驚愕する。圧倒的な速さを誇る謎のベイが、Xシティを包み込む…！！

ゾナモスハウスのメインアトラクション「ナゾアンドベイ」で数々のナゾトキをクリアしたペルソナに、ゾナモスハウスの管理人、ゾナモスから更なる難問が出題される。「実行せよ！ Do it！」という掛け声からスタートした謎が解けずに苦戦する仮面Xとバードだったが、マルチは2人のバトルを見ている中で何かに気づく。かつてこの「ナゾアンドベイ」をクリアした者はいないというが、ペルソナはクリアすることが出来るのか！

ベイとナゾトキを同時に楽しめる新感覚テーマパーク「ゾナモスハウス」から、インフルエンサーであるマルチに招待状が届いた。一番人気の4Xアトラクション「ナゾアンドベイ」では、数々の謎と、未知の生物とのバトルがペルソナを待ち受けていた！？バード達はチームで協力しながら挑戦する！いくつもの問題を乗り越え最終的に辿り着いた先で、謎の人物が登場し、更なる難問がペルソナに繰り出される！！

最近緊張感がなく、たるんでいるエクスに、冥殿はブレーダージムでの特訓を命じる。トレーニングメニューをこなせばノルマクリアの特典として、冥殿自らベイバトルの相手をするという。様々なベイが収められたケースを見せられ、エクスのテンションは最高潮に！用意されたメニューはバトルとは関係がない筋トレやランニング、水泳！？冥殿は、特訓はエクスのためだけでなくバードのためでもあるというが…。