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キャップの兄・ギャップの狙い…。それはゼーロの力を利用して水文明をリセットし、滅びる事のないデータ世界として復活させる事だった。ギャップの目的を阻止すべく、水文明の未来をかけた激しい兄弟デュエルの幕が開く。

ジョーが生み出したジョーカーズが、じつはあんな所やこんな所で活躍していた！？数々のデュエマシーンの陰で奮闘するジョーカーズに注目し、実はがんばってたジョーカーズ大賞を決めることになる。

今回は、なんとデュエマ史上初の10本立て！主人公のジョーはもちろん、ジョーカーズ、ガイアハザード、博士たちがハチャメチャなショートストーリーを展開する。

デュエマの夏はツッパリの夏！ジョー達ツッパリ番長が、ツッパリ激戦区を制する大番長を決める熱き闘いを繰り広げる！友情、裏切り、青春、決闘、すべてが詰まったこの夏一番の大乱闘デュエマが幕を開ける！！

便秘に悩むデッキーの体内から飛び出してきたおしり警察のボス・オケツ団長。デッキーの体内にいる凶悪な尻テロリスト集団を倒すため、協力要請を受けたジョーは、デッキーの尻の中へ飛びこむのだった。

ボルツが釣り大会の優勝賞品としてゲットした水文明のお城。ボルツに誘われ、ジョーも遊びに行くことに。しかしゲジスキーに城の警備システムを乗っ取られてしまい、警備ロボから攻撃を受けるハメになる。

とある地下デュエマ場で、史上最強の「デュエキング」の称号をかけたデュエマグランプリが幕を開ける。歴戦のデュリストらが激闘を繰り広げる中、決勝戦に勝ち進んだのは・・・！？

ゼーロを封じこめるバリアの材料となる魚クリーチャーを集めるため、文明対抗の釣り大会が行われる。ジョー、キャップ、ボルツによる激しい釣りバトルの行方は！？

いきなり始まったジョーと神楽坂ハカセのデュエマ。しかし、途中で相手がいなくなったり、カードではなくパンツをドローしたりと、なんだかグダグダな感じで・・・！？

ある日、ジョーが通う学校の生徒達が行方不明になる事件が発生。それはジョーがうっかり蹴り倒した石碑に封印されていた大妖怪が引き起こしたものだった。