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ギャップの思惑により、ゼーロとの真のデュエルに挑むことになったジョー。闇の強大な力を前に劣勢のジョーだったが、切札のジョラゴンを引き当て反撃の一手を繰り出すのだった！

水文明で遊んでいたジョーとキャップは、傷だらけで倒れている水文明クリーチャーを見つける。それが闇文明の侵略者によるものだと知ったキャップは、水文明中枢部へと向かう。

力子先生の代わりとしてジョーのクラスにやって来たのは、なんとカバまろだった。人間の言葉を喋れないカバまろに反発する生徒たちだったが、ある事をきっかけに生徒が次々とカバ化していき…！？

消えたジョーを探すため、金田一ハカセとデュエマで対決するキャップ。果たしてキャップはデュエマに勝利し、ジョーを見つけ出せるのか！？そして「禁断のラーメン」とはいったい何なのか…！？

ラーメン地獄村にあるという「禁断のラーメン」を求め、ジョーたちは旅立つ。その村はかつての人気ラーメンテーマパーク跡地だった。果たしてジョーは禁断のラーメンを食べることが出来るのか！？

ひょんな事からお見合いパーティーに興味を持ったジョー。しかし、お見合いパーティーがどういうものか分からないため、新たなジョーカーズ「パッパラパーリ騎士」を生み出し、お見合いパーティーを開催しようとする。

皆の記憶から消えたはずのももちゃんの事を、なぜか覚えている川守田ハカセ。ジョーとキラは理由を聞くために後を追うが、そこで驚きの研究内容を目にするのだった。

デュエルウォーリアのルブブがジョーの住む街へ観光に訪れた。自分を人間だと思い込んでいるルブブに対し、ジョーは彼がデュエルウォーリアである事をわからせようとするのだが…。

自然文明が突然、水不足におちいった。火文明が原因ではないかと疑われたボルツは、真相を突き止めるため水源を探る事にする。そこで謎の栓を発見したボルツが引き抜いてみると…！？

ある日、遊園地のような建物を発見したジョーとキャップ。中に入ってみるとそこは、謎の研究に没頭している10人の科学者たちが集う、あやしい研究所だった。