１万年ぶりの力の解放。ゴッドスピンの力はすさまじい。燃たちは早速バーニングトリックで対抗するが、肝心の聖獣たちが飛び立たない。すると、聖獣たちの声がする。「ファイナルバーニングトリックを本当に使っていいのか」燃、翔、以蔵は自分たちの覚悟をもう１度問われる。それぞれの覚悟を確認した聖獣は、魂を燃たちに託して空高く飛び立つ。異変に気付いたテイラーはファイナルバーニングトリックを止めようとするが、聖獣は燃たちと融合し、光はゴッドスピンを包み太陽に目掛けて飛んでいく。

ゴッドスピンは回転の全てを司る神。「回転」を感謝をしない人類に１万年に１回試練を与えるために現れるという。人類に残された時間は１時間。１万年前、伝説のスピナーたちがレジェンドクラスターの封印した時に使っていたヨーヨーがマッハフェニックス、ブレイズグリフォン、サンダードレイクという事はわかっているが、どうやってゴッドスピンを倒したかはわかっていない。途方に暮れる燃たちに聖獣たちが語りかける。「ファイナルバーニングトリック…」。地球停止まで残り４０分。燃、翔、以蔵は再びゴッドスピンの元へ急ぐ。

レジェンドクラスターの復活を見事に阻止したかに見えたが、そこに現れたのは紛れもなく復活を果たしたゴッドスピンだった。復活したのならば封印させればいいと以蔵はバトルを挑むが、為すすべなくやられてしまう。封印しないと世界中の回転が止まってしまう。テイラーは全ての責任を感じ、１人で挑もうとする。そしてその後ろにはトップスピナーの姿が。…以蔵が目を覚ますと燃たちの姿が…事情を察した以蔵は燃に詰め寄るがテイラーの姿はそこにはなかった…と、そこにテイラーがひょいと現れる。どうやらゴッドスピンは自分の使命をど忘れしたらしい。

トップスピナーを前にして、テイラーは再びゴッドスピン２体を現わせる。すると唯は故障中である自分の体に鞭うち、ヨーヨーの舞でゴッドスピンの力を弱めさせ、燃たちに究極のバーニングトリックでテイラーに対抗させようとする。トップスピナーの助けもあって、究極のバーニングトリックはゴッドスピンの体を貫き、テイラーの野望は打ち砕かれた。…テイラーの本当の目的。それはレジェンドクラスターに匹敵する力でゴッドスピンの復活を阻止する事だった。見事にレジェンドクラスターの復活を阻止したかに見えたが、怪しく光るレジェンドクラスターを拾う手が…

テイラーの野望を知った燃たちは阻止すべくバトルを挑む。テイラーはレジェンドクラスターを２つに増やすと、ゴッドスピンも２体になり、さらなる力を見せつける。もはやバーニングトリックも通用しない。以蔵の秘策、それはトリックの量で圧倒する事だった。しかしテイラーの究極奥義「グランドクロス」の前では、それも単なる○○に過ぎなかった。舞台は解放の間に移り、いよいよレジェンドクラスター眠るゴッドスピンの目覚めの時が迫る。、あまりにも強すぎるテイラーの前にどうする事もできない燃たち。と、そこへトップスピナーのタイガ、シュン、ゼロが現れる。

唯のヨーヨーの舞は全てのヨーヨーオーラをコントロールできる。ＭＡＸパワーのヨーヨーの舞を前に手も足も出ない以蔵。スーパーヒーローノッチは以蔵をかばって倒れてしまう。対抗するには、あのトリックしかないと、燃、翔、以蔵の３人は唯に向かってバーニングトリックをしかける。完成したバーニングトリックはヨーヨーの舞を突き破り、唯は倒れこむ。すると唯の体から煙が出始める。そして唯は自らの過去を語り出す。そこには唯の誕生に隠された驚きの秘密が隠されていた。

燃と翔のFACE OFFバトル。対戦成績は翔の１８５勝０敗。少し前までは翔に敵わなかった燃も、成長し次々とトリックをきめていく。燃の成長に改めて驚く翔。そして燃は翔に問う「ヨーヨーは楽しいだろ？」と。一方、以蔵と唯のバトル。「テイラーは居場所を与えてくれた」と唯はテイラーを信じ続ける理由を教え、以蔵の前で精密で高速なトリックを決めて、本当の実力を見せつける。そして燃は翔にいよいよ勝利し、燃と翔はテイラーにヨーヨーを楽しさを教えるため、再び一緒に行動を始める。

燃たちの前に現れたスーパーヒーローノッチ。ノッチは姿を消した翔の居場所を知っていた。その翔はテイラーの城「スピナーズキャッスル」にいるという。と、そこへ燃のヨーヨーを狙ってチンピラがやってくる。ノッチは早速トリックを繰り出すが、弱々しいオーラが当たるだけ。燃にチェンジしてもらってチンピラを追い払う。何となくノッチの実力にギモンを抱えつつ、燃たちはスピナーズキャッスルに向かう。二手に分かれて、燃は翔、以蔵は唯と、それぞれの相棒と闘う運命に。

「どうやら全てを明らかにする時がきたようだな」テイラーの口からいよいよレジェンドクラスターを手にする目的が語られる。テイラーの真の目的、それはレジェンドクラスターの封印を解いて、「ゴッドスピン」を蘇らせる事。ゴッドスピンは世界の回転を司る存在、世界中の回転をコントロールできるという。燃と翔にレジェンドパーツを集めさせていたのは、ヨーヨーの回転力を吸収させてゴッドスピンを目覚めさせるためだった。燃と以蔵はテイラーを止めようとするが、翔は師匠であるテイラーに歯向かう事はできない。そして月日は流れ、世界中の回転が異常をきたし始めていた。

八方尾のおかげで笑い合えた燃と翔。唯は博士とのバトルに敗れてしまった。以蔵は博士の白衣に何か仕掛けがあると気付く。見事に白衣の仕掛けを破った燃。そして再び博士の前に立ちはだかる翔。博士に逆らう事はテイラーに逆らうことにつながる。それでも翔はテイラーを信じて、博士と戦う決心をする。３人がくりだしたバーニングトリックで博士は破れたかに見えたが、博士はレジェンドパーツを取り出し、自分のヨーヨーに取り込んでしまう。するとレジェンドクラスターは今までとは違う暴走を始める。

ヨーヨーの魂を復活させる方法は「ない…ことはない」というタイガ。聖獣は今、電撃を受けて痺れている状態。筋肉をほぐす必要があり、それには「笑い」が必要だという。燃と以蔵が一緒に心の底から笑いあえた時、ヨーヨーの魂が復活するのだという。２人は笑わせようと色々試すが、なかなかお互い笑い合う事が出来ない。そこへ、奪ったパーツがニセモノだと分かった博士が再びやってくる。翔は2人の邪魔をさせないと、博士とのバトルを始める。ところが翔はテイラーへの思いから、博士の攻撃を防いでばかりで、攻撃する様子がない。そして翔がいよいよ限界を迎えた時、唯が現れる。

レジェンドパーツを奪おうとする出鱈博士と燃、以蔵の攻防が始まる。燃はバーニングトリックを繰り出そうとするが、翔は気持ちに迷いが生まれ、戦えないでいた。すると博士がバーニングトリックを繰り出し、以蔵のボディーバーツをあっさり奪ってしまう。博士とのバトルで手に痺れを感じ、おかしいと思った燃と以蔵は、トリックをしてみるが、聖獣たちはぐったりして動くなってしまっていた。聖獣たちを元に戻そうとタイガに相談すると、燃たちからヨーヨーの魂が感じられなくなっているという。そしてヨーヨーの魂を復活させる方法は「ない...」という。

レジェンドパーツが揃い、記念パーティーを開いている時、以蔵はテイラーの部屋で「ゴッドスピナー計画（仮）」という書類をみつける。「テイラーはレジェンドクラスターで魔人の復活を計ろうとしている」以蔵からテイラーの野望を聞いた燃は、なかなか信じないながらも、以蔵がレジェンドパーツを持ち去るのを黙認してしまう。次の日、テイラーからレジェンドパーツの奪還を言い渡された燃は、迷いながらも翔、唯と以蔵の元へ向かう。ところが以蔵を目の前にして、燃はやはりパーツを奪うことができない。さらに翔も燃と同じく、テイラーへの信頼が揺らぎ始める。そんな時、燃たちの前に妙な博士が現れる。